清军进军江南的过程中，烧杀抢掠，激起江南人民的强烈反抗，特别是剃发令强制执行，各地燃起抗清的熊熊烈火。清廷残酷镇压，在扬州、嘉定、江阴等地进行了大肆屠城，史称“扬州十日，嘉定三屠”。此后清军各地“剃发易服”，清军采取多次屠杀以镇压之，造成人口骤减，发生西南地区民生萧条、万里无人的景象，史称甲申国难。[41]1659年，清军占领西南地区。并迁移湖广人口填川，以补充劳动力的不足，视为历史上的第二次“湖广填四川”。清廷制定的圈地和投充政策使人民放弃土地，增加更多流民。为此又制定严禁奴仆逃亡的逃人法，激化京畿地区的民族矛盾。后来清廷下令停止这些政策，并实行奖励垦荒、减免捐税的政策。并且正式开科取士，追尊崇祯帝与明朝忠臣。
延平王郑成功在1661年收复了当时为荷兰殖民地的台湾。永历帝被害后，郑成功之子郑经继续使用南明永历年号，礼待南明宁靖王朱术桂，但未再拥立明朝宗室称帝和监国。1683年，清朝攻克台湾，明郑结束，1684年设立台湾府。清军入关后历经20多年的战争，基本占领中国大陆。
（四）、矫枉过正
1、康熙时期
1662年康熙帝即位，在位期间，对内平定了三藩之乱，平定台湾郑氏政权，设立台湾府，使中国重新归于统一。[43]
康熙帝采取了一系列有利于社会经济恢复和发展的措施。1669年，康熙下令废除圈地令，以后永远停止圈地，并规定所圈土地应退还给农民。从1671年起，陆续放宽垦荒起科年限，并规定垦荒有成绩，据开垦多少，给予不同官职，这促进了垦荒的积极性，到康熙末年，全国荒地基本上得到开辟。1685年，康熙又规定民间新垦田亩，“自后永不许圈”，从而在一定程度上限制了贵族旗主的经济扩张，有利于自耕农民。康熙还下令将明朝藩王的庄田改为“更名田”。
1685年和1686年，他命令清军两次进攻盘踞雅克萨的俄军，遏制了沙俄侵略的野心；1689年，他派代表与沙俄代表签订了《尼布楚条约》，划定了中俄东部边界线；平定了回疆、准噶尔等贵族的叛乱。自康熙时期至十九世纪中期，中国在北起外兴安岭，南至南沙群岛的曾母暗沙，西起巴尔喀什湖和帕米尔高原，东抵鄂霍次克海、库页岛和台湾广大的领土内，实现巩固了全国的统一，加强了中央集权。
康熙中期以后，因战乱而遭到严重破坏的手工业逐步得到恢复和发展。至乾隆年间，江宁、苏州、杭州、佛山、广州等地的丝织业都很发达。江南的棉织业、景德镇的瓷器都达到了历史高峰。至18世纪中叶，清朝人口也大大增加。
2、雍正时期
1723年雍正帝登基。对外方面，雍正初年青海亲王罗卜藏丹津意图复兴和硕特汗国而乱，隔年年羹尧与岳钟琪等人平定。为此雍正帝占领部分西康地区，又在西宁与拉萨分置办事大臣与驻藏大臣以管理青藏地区。听从鄂尔泰建议推行改土归流，废除具自治性质的土司，以地方官管理少数民族。将喀尔喀蒙古并入清朝；于1727年与沙俄签订恰克图条约，确立塞北疆界。1729年听从张廷玉建议，以傅尔丹与岳钟琪兵分二路于科布多对抗准噶尔汗噶尔丹策零，最后于和通泊之战战败。1732年噶尔丹策零东征喀尔喀蒙古，兵至杭爱山，被喀尔喀亲王策棱击败。1734年清准和谈，以阿尔泰山为界，西北大致和平。
另外，雍正帝对许多的事情做了重大的改革，特别是对一些制度方面做了些改革。雍正起了“康雍乾”三代承上启下的作用。 然而他所派遣的特务遍即天下以监控地方事务，还屡兴文字狱打压异己。
（五）、盛世与没落
1735年雍正帝去世，其子弘历继位，即乾隆帝。乾隆帝执政期间，文治武功方面都有建树，为巩固中国统一的多民族国家，发展清朝鼎盛局面作出了重要贡献，但也是在他统治期间世界发生了翻天覆地的变化，中国也逐步落后世界的浪潮。
1757年乾隆帝粉碎了准葛尔贵族割据势力，统一天山北路。1759年平定天山南路的大小和卓叛乱。1762年，清朝设伊犁将军，统管包括巴尔喀什湖在内的整个新疆地区。自从1762年起，清朝陆续派遣大批军队进驻新疆。永久驻军的官兵携带家眷，主要来自东北、河北等地的达斡尔族、满族等。这些驻军为保卫中国、开发边陲作出了贡献。
《四库全书》从1772年开始，经十年编成，为清理和总结中国历史文化遗产作出了重大贡献，但很多珍贵材料丧失。乾隆帝酷爱汉文，勤于写诗，留下了约42613首各体诗作。由于清朝的文字狱，诗选的编选者不敢收录、评价当朝皇帝的诗，而原著（《御制诗集》）又卷帙浩繁，所以乾隆的诗没有流传开来，大部分是帝王体打油诗。然而为维护统治却严厉控制思想，编书期间藉机割裂焚毁大量不符其思想的书籍。此外大兴文字狱使如戴名世等人被株连杀害或者流放。这些都让文人思想受到严厉阻碍，迟滞文化的发展。乾隆六下江南，并仿制江南园林广修园林，劳民伤财。
1771年，西迁伏尔加河下游的漠西蒙古土尔扈特部，在领袖渥巴锡的率领下，为摆脱沙俄的统治，踏上了回归祖国的征途。他们粉碎了沙俄军队的围追堵截，历经艰险，万里跋涉，终于回到中国。土尔扈特部回归，为巩固统一的多民族国家做出了贡献。
清朝于1792年打退了廓尔喀对西藏的进犯。1793年，清朝中央政府制定和颁行了《钦定藏内善后章程二十九条》，对西藏地方的人事、行政、财政、军事、对外关系等各方面做了明确规定，并以法律形式予以确定。主要内容包括清政府掌握确定西藏各大活佛包括达赖喇嘛、班禅额尔德尼去世后认定转世灵童和批准继位的大权，一切西藏涉外事宜均由驻藏大臣全权处理等。该章程是中国对西藏行使主权的重要历史文献证明。
西方传教士将中国文化介绍给欧洲人，引发18世纪中国风的热潮。欧洲人追崇中国文化、思想与艺术，到18世纪末，清朝鼎盛进入尾声，欧洲人出现负面评价。与乾隆帝不欢而散的英国特使马戛尔尼认为清朝已经衰落。
康乾时期虽然人口数倍于明朝，然而铁和布匹这两项指标性的工业产品的总产量却始终未能恢复到明末的水平。到1840年左右，中国工业产量仅为全世界的6%。无论是总产量还是在全世界的比例，都不及200年前的明末。无论是在繁荣的质上还是量上，清朝时期的盛世都远逊明代，具有历史上罕见的全面颓废崩溃之势。
清朝从乾隆末年开始有衰落的现象，政治日渐腐败[65]。当时人口暴增与乡村土地兼并严重，使得许多农民失去土地；加上贪官和珅等官员腐败，于乾隆晚期到嘉庆时期陆续爆发民变。白莲教于1770年代举兵，后来又于1796年爆发川楚教乱，八年后被清军镇压，领袖王三槐被处死。台湾天地会领袖林爽文于1787年发动林爽文事件。1795年乾隆帝禅位于子顒琰，即嘉庆帝。乾隆至1799年去世，嘉庆帝方得以亲政。然而嘉庆帝未能解决弊端，清朝继续走向衰落。[55]道光帝也失去了早期君主锐意进取的精神，掌政风格日趋保守和僵化 。官场中，结党营私、相互倾轧、买官售爵、贿赂成风。军队里，装备陈旧、操练不勤、营务废弛、纪律败坏。财政上，国库日益亏空、入不敷出。阶级矛盾激化，民变四起。