另外，土耳其对伊斯兰国家的征战，一直继续到塞利姆一世的继承者苏里曼大帝时期（1520～1566），1520年，土耳其海盗海雷丁，绰号为巴巴罗萨（红胡子），宣称自己是土耳其君主的时候，征服了阿尔及利亚。
从1533年起，土耳其中央政府向阿尔及利亚派遣地方官僚——贝勒贝伊。
1534年，土耳其人第一次试图征服与阿尔及利亚毗邻的突尼斯，甚至占领了突尼斯，但是次年这个地方又被西班牙人所据有，不过很快土耳其人击败了西班牙人，完全占领了这个国家。土耳其侵占的黎波里（今利比亚）约在1551年左右。
土耳其的扩张也波及到了阿拉伯半岛，1547年，土耳其占领也门，1550年占领巴林，1557年在阿曼马斯喀特击败葡萄牙人，并控制阿曼。不久，土耳其人征服了红海沿岸的厄立特里亚与索马里。接着，摩苏尔成了土耳其向伊拉克推进的新的出发点。土耳其与波斯争夺伊拉克的百年之争，以土耳其的胜利而告终。继伊拉克之后，土耳其人又征服了波斯湾沿岸的哈萨。
这样，仅百余年的时间，几乎所有的伊斯兰国家都被土耳其所征服，只有摩洛哥和阿曼仍独立于土耳其之外，并以藩属国形式存在。在以后300～400年的时间里，这些阿拉伯国家饱受土耳其的军事压迫。直到19世纪～20世纪则为欧洲国家更为沉重的压迫所代替。
伊斯兰各国依附土耳其的程度有所不同。北非马格里布地区的阿尔及利亚、突尼斯、的黎波里（今利比亚）形式上是土耳其的边远省份，实际上在17～18世纪期间就已经脱离土耳其政府而独立。
也门在17世纪中叶前就已经独立。
在波斯湾南岸，葡萄牙人在军事对抗中几乎丧失所有殖民地之后，16世纪末期又以商人的身份卷土重来，并以贸易优势将土耳其人不断排挤，并重新建立了一些据点，直至17世纪初被波斯人的萨法维帝国驱逐。甚至在土耳其统治者——帕夏们坐镇的叙利亚、巴勒斯坦、埃及和伊拉克，土耳其中央政府的权威也常常受到地方官僚的挑战。时而帕夏们策划反苏丹的阴谋，时而当地阿拉伯封建主起来反抗土耳其帕夏，强大的人民起义更是彼伏此起，震撼着整个奥斯曼帝国。
（三）、衰变中兴
苏莱曼一世逝世后，土耳其的领土扩张逐渐放缓。西欧海事力量的增长、发展由欧洲前往亚洲的海路及新大陆破坏了土耳其的经济发展。以往有效的军事及官僚体制因苏丹的管治失当而变异。虽然帝国面对着这些困难，它仍然是欧洲的主要扩张势力，直至1683年的维也纳之战，维也纳之战标志着土耳其终止在欧洲继续扩张。
欧洲各国开始着手应付土耳其对陆路贸易通道的控制。西欧国家绕过土耳其的贸易垄断，建立她们的海路通往亚洲。从新大陆大量涌入的白银导致土耳其货币的贬值及通胀，这对土耳其社会的各阶层有严重的负面影响。塞利姆二世时期的大维齐尔索科鲁�6�1穆罕默德�6�1帕夏开始进行苏伊士及伏尔加航道的开发，以挽救经济，但这些计划在后来被取消。
1571年焚烧位于东欧平原上的莫斯科后，土耳其支持的克里米亚可汗道拉特.格莱一世，计划征服沙皇俄国。翌年，克里米亚军在摩洛迪战役被击败。当时的克里米亚汗国无疑是东欧的一个强大势力，直至17世纪末。
在南欧，腓力二世领导的天主教联盟在地中海挑战土耳其的海军，他们在勒班陀战役击败土耳其舰队，对于土耳其海军不败的姿态造成打击。现今的史学家认为，勒班陀战役的象征意义重于军事。
在土耳其海军战败后的六个月内，一支约250艘战船、其中八艘配备现代三桅帆装军备的新舰队建成。在君士坦丁堡的码头，造船高峰时每天都有船舰落成。土耳其大维齐尔在与威尼斯的部长讨论时说：“在我们夺取塞浦路斯时，我们除去了你们的一支军队，而你们击败了我们的舰队也只不过是刨掉了面包的一层皮。”土耳其海军惊人的恢复能力使威尼斯于1573年签订和约，土耳其得以在北非扩张及巩固其地位。
哈布斯堡王朝的边界则没有太大的变动，只有多次争夺个别要塞的小型战役。这是由于欧洲发展了星形要塞，这是奥地利在边界建造的一种低堡要塞，这种要塞须经长期围攻方可攻破。土耳其对这种堡垒毫无办法，帝国以往所使用的大炮都变得无效。这亦反映出其地理限制，在初春至晚秋的战争季节里，土耳其军从君土坦丁堡进军，维也纳是土耳其军的最远点。除此之外，土耳其亦须在前线部署军力，一方面须防范奥地利人，另一方面又要对抗波斯什叶派穆斯林的萨法维帝国。
在战场上，土耳其逐渐被欧洲大陆的军事技术赶过，宗教及知识份子保守派的壮大扼杀了土耳其的军事革新。欧洲军事革命对战略及军备的改变使以往令人闻风丧胆的西帕希骑兵的威胁减弱。在对抗哈布斯堡王朝的冗长战争里，帝国需要大量配备火器的步兵，于是放宽募兵政策，使土耳其新军的数量大为提高，但却引起了军纪、兵士素质等问题，政府甚至需要应付军士哗变。
欧洲提倡火枪而发展的长矛与火枪及线性战术对土耳其军造成致命打击。土耳其军招募了一些非正规的狙击手应付战争，在复员后一些狙击手在杰拉里叛乱里沦为土匪，杰拉里叛乱让安那托利亚在16世纪末及17世纪初陷入无政府状态。
至1600年，奥斯曼帝国的人口达到三千万，对土地短缺的诉求亦对政府构成压力。
苏丹女权时期（1648年～1656年）是土耳其后宫对政治有很大影响力的一个时期，由太后代表儿子行使权力，这并非前所未有，许蕾姆苏丹在1530年代初继承鲁班纽苏丹成为苏丹皇太后，她被威尼斯拜罗安德里亚�6�1杰里迪形容为“极度善良、有胆识及聪慧的女人”。由于伊卜拉欣一世无力管治国家以及1646年年幼的穆罕默德四世登位，政务就交帝国后宫治理，这时期最著名的女性是柯塞姆苏丹及其儿媳杜亨�6�1哈提婕，其中柯塞姆苏丹因摄政招致政敌在1651年将她杀害。
接下来进入科普律鲁时期（1656年～1703年），在这段时期，帝国由科普律鲁家族的成员出任大维齐尔。
1656年9月15日，时年八十岁的科普律鲁�6�1穆罕默德�6�1帕夏得到杜亨�6�1哈提婕保证帝国后宫不会干预他处理政务。科普律鲁�6�1穆罕默德�6�1帕夏是一位激进的保守执法者，他恢复了中央权力及帝国的军力，其子及继承人科普律鲁�6�1法奇尔�6�1艾哈迈德奉行其父的路线。科普律鲁家族重振军威的成果可见于重夺特兰西瓦尼亚、1669年征服克里特及1676年扩张至乌克兰南部，占领科丁、卡缅涅茨-波多利斯基及波多利亚地区。
1683年5月，刚得到重振的军事力量再遭到毁灭，卡拉�6�1穆斯塔法�6�1帕夏再次举兵进攻维也纳，土耳其军被波兰国王约翰三世领导的哈布斯堡王朝、德国及波兰联军击败。