巴布尔曾尝试在中亚扩展自己的疆土，受挫后就把目光投向南方人心涣散、四分五裂的德里苏丹国。恰在这时巴布尔有了一个方便的借口：旁遮普省总督邀请他出兵把他从其领主苏丹的手中“解救”出来。于是，他向南方进行了“圣战”。
印度的德里苏丹国遭受严重的打击，名存实亡，北部印度陷于分裂状态。1510年时，蒙古贵族巴布尔就已经统治着印度北部。1525年，巴布尔南下进攻印度，次年攻占德里，屡败印度诸侯联军，征服北印度大部分地区，建立莫卧儿帝国。可见莫卧儿帝国最初是外族在印度建立的政权。[5] 从此，印度的不同教派，分散的村社走上了民族统一的道路，成为当时世界上最富有、最强大的国家之一。[6]巴布尔开始转战于整个印度次大陆，在很短的时间里，就占领了大半个印度半岛。他采用“以印治印”的手法，把印度半岛北部尚未征服的地盘划分给每一个印度的封建主，不管他们采用什么方法，只要管理那就是他们的领地。不久，印度北部就基本统一了。1527年春天，巴布尔与拉那�6�1桑伽两军交火。经过十分激烈的拼杀，拉那�6�1桑伽身受重伤，身上又添13处伤，全身受伤总数突破百块大关。尽管如此，拉其普特人最终还是被巴布尔打败了。1528年，马茂德召集10万阿富汗联军于比哈尔，准备与巴布尔争一雌雄。在恒河与哥桥拉河交汇处，两军摆开战场。巴布尔亲自指挥蒙古人在强大炮火掩护下强渡哥桥拉河，分兵夹击敌军。两军相遇勇者胜，阿富汗人全线崩溃，马茂德逃亡孟加拉。这一仗成了巴布尔一生中征战之绝笔。1530年12月26日，巴布尔英年早逝，年仅48岁。著有《巴布尔回忆录》。巴布尔在一生的征战中，占领了东起哥桥拉河，西至阿姆河，南起瓜廖尔，北至喜马拉雅山脉的大片领土。
2、改制与中断
1530年，巴布尔因病去世后，其子胡马雍继承皇位。企图以察合台的突厥人、蒙古人、波斯人、阿富汗人和印度人组成的混合军队，征服全印度，以实现父亲的遗愿。其三位异母兄弟卡姆兰、欣达勒和阿斯卡里出兵攻击他，与他争夺王位。分散在各地的许多阿富汗贵族纷纷起兵反叛。1539年：起兵谋反的东部阿富汗王公舍尔沙，在Chausa剿灭胡马雍的军队，后建立苏尔王朝。
在此之后，他进行了一系列改革，莫卧儿皇帝胡马雍于1555年恢复权位之后运用了这些改革。将全国划分为若干伊克塔（省），下设47个萨卡尔（行政区），萨卡尔又划分为帕尔加纳，各设阿明（法官）、希克达尔（税务官）、司库、文书等地方官吏。为了防止任何腐败行为，规定按时向官员支付薪俸，官员每隔2-3年调动一次。
1540年，胡马雍在曲女城战役中为比哈尔阿富汗酋长舍尔沙击败，流亡波斯和阿富汗，莫卧儿帝国在印度的统治暂告中断。
1555年，胡马雍重征印度平原，占领德里和阿格拉，恢复了莫卧儿帝国在印度的统治。1556年，阿克巴继位，实行了进步的内政改革，采取宽容的宗教政策，扩大了莫卧儿帝国统治印度的社会、政治基础。他建立中央集权制，开疆拓土，统一了次大陆广大地区，推动了印度社会经济的向前发展。
3、国势日盛
1556年，胡马雍重登帝位六个月后逝世。年仅十三岁的阿克巴继承了帝位。阿克巴幼时未受到良好的教育，他在将军巴伊拉姆汗的辅佐下，开始治理莫卧儿帝国。他刚继位时，莫卧儿帝国的领土很小，首都德里被阿富汗贵族希姆占领。希姆聚集起十万军队想一举消灭莫卧儿人。而阿克巴的军队总共只有两万人。一些大臣劝阿克巴退出印度，回喀布尔休养生息。但巴伊拉姆汗将军力排众议，提议调动一切力量与希姆决战。阿克巴采纳了这建议。决战的地点，是德里以北的帕尼帕特，三十年前阿克巴的祖父巴布尔取得重大胜利的地方。
阿克巴18岁时，他夺回大权，命令他的舅父到圣地麦加退隐。阿克巴终于自己独力执政了。 阿克巴摆脱左右羁绊后，便开始扩张领土的征讨，他对不同的地区采用不同的政策。对表示愿意归顺的地区，他仍让原来的头领管理土地，并对他的子孙委以重任。1567年，阿克巴攻打梅瓦尔，用了4个月的时间攻下，屠杀了3万人，并把作为王国象征的大铜鼓和母神座上的大烛台拆下，当做自己的战利品。阿克巴用武力和怀柔的手段，15年的时间里统一了北印度。他又用16年时间把版图扩大到遥远的西北地方。最后，他又用了3年的时间，平定了南方的几个王国，从而建立了一个强大的莫卧儿帝国。
为了巩固自己的政权，他对自己国家的内务进行改革整顿。他命令官员重新丈量土地，将帝国分为182个税区，严格分别等级征税；他还废除将战俘卖为奴隶的习俗；下令取消人头税、香客税（对朝圣的印度教徒征服的税）、田赋附加税，遇到天灾人祸，则一律免交田赋；阿克巴统一了全国度量衡，有力地促进了工商业的发展。阿克巴信仰伊斯兰教，而印度长期流行的是印度教，因此印度教和伊斯兰教之间经常发生矛盾冲突，这极大地影响了国家的安定团结。为了协调印度教和伊斯兰教教徒们的关系，阿克巴采取了一系列的措施，他宣布各教派平等，他选用印度教人士做高级官员。阿克巴自己还在宫庭中采纳印度教惯例。阿克巴出于自己“宽容大度的个性”和自己“对宗教思想的追求”，他还创立了一个没有上帝、没有先知、没有教务的“圣教”。
1605年10月，阿克巴去世。他去世后，他的后代统治印度的五十多年（1605—1657年）是莫卧儿帝国兴盛、封建经济发展的时期。阿克巴为莫卧儿帝国的繁荣发展打下坚实的基础，他是莫卧儿帝国功勋显赫的最著名的人物之一。
4、鼎盛时期
阿克巴去世后，莫卧儿帝国先后由贾汉吉尔和沙贾汗统治。贾汗吉国王（1605—1627在位）时期，锡克教第五代祖师阿尔琼把教区改为行政机构，向信徒征收赋税。这一举动在莫卧儿帝国内引起震动，它显然具有分庭抗礼的意味。阿尔琼还在阿姆利则建立金店，作为锡克教圣地和行政管理中心。锡克教圣典《阿底格兰特》也成书于这个时期。锡克教过去一直标榜为和平静修的团体，祖师只关心传教，从不干预政治。阿尔琼却卷入了莫卧儿皇室的纷争，庇护叛乱的王子，从而遭到贾汗吉国王的嫉恨，1606年引来杀身之祸。以此为发端，锡克教和平发展时期结束。
1633年，沙贾汗击败并兼并了艾哈迈德讷格尔王国。然而，这次胜利却激起几股力量的反抗，这些力量将加速莫卧儿帝国的灭亡。沙贾汗于1638年重新占领坎大哈，但于1649年再次失去了它。在一次徒劳无功的攻占撒马尔罕的尝试中，他损失了5,000人。他只在南方取得了胜利，在那里，他首先追击一位因被怀疑叛国而于1629 年逃到艾哈迈德讷格尔王国的将军。沙贾汗在布尔汉布尔指挥军事行动。