倒幕派在取得政权后分化了，一部分主张复古，另一部分主张维新，维新派最终取得统治权。维新派意识到，要想拯救日本，就必须搞中央集权，也就必须废藩置县。这一想法得到了明治天皇的首肯，也得到了西南武士的支持。
不过，心急吃不了热豆腐，骤然废藩有如政变，这可不是闹着玩的。“王政复古”之所以成功，是因为新政府只与幕府一家为敌，废藩置县可就不同了，那是要与天下藩主为敌啊！闹不好，藩没废成，朝廷倒让人家给端了。西汉的晁错不就是因为主张“削藩”而被“清君侧”的嘛。
富兰克林教导我们说，政治是一种可能性的艺术。那么，如何把“藩”变成“县”呢？
维新派的思路是分两步走：
第一步，把现有的藩从法理上非法化，然后再把它合法化。
第二步，执行废藩置县，武力迫使藩主移居东京，赐予其贵族身份及待遇。
我们先看第一步，要如何做，才能把现有的藩从法理上“非法化”呢？这也很简单，因为现有的藩不是天皇分封的，而是将军分封的。在法理上，日本的土地属于“天照大神”，而天皇是天照大神的嫡系子孙，是日本三岛（不含北海道）的现人神。分封土地乃国之大权，只有天皇才握有此柄，将军处分国土乃“僭越”行径。如今，天下统于朝廷，治权归于天皇，新朝当然有权重新置划土地。藩主们要想让新朝认可他们的治权也可以，他们得先把土地和人民退还天皇，然后让天皇再分封给他们，这样不就合法了嘛。
明治二年（1869）旧历一月二十三日，萨摩、长州、土佐、肥前四藩藩主联名上书朝廷，奏请天皇收回其领地，应予应夺悉遵皇命。瞎子都能看出来，这是四位藩主与天皇朝廷合演的一出戏，导演是大久保利通和木户孝允。有意思的是，其余藩主明知这是一出戏，但还得像模像样地跟演。没办法呀，谁让他们的财产有“原罪”呢。在接下来的一个月，大部分藩主效法四大藩主奉还了领地，也有死硬不交的，但谁也没能抗多久。当年六月份，新政府实施了藩政改革，任命原藩主为其所在藩的“知藩事”，任命原藩府重臣为“大参事”和“少参事”。这一政治事件被称为“版籍奉还”，“版”即版图，也就是土地，“籍”即户籍，也就是人民。版籍奉还是中央集权的第一步。
也许有读者会问，这不是瞎折腾嘛，这折腾来折腾去有意思吗？
有意思，不仅有意思，而且意思大了去了。
首先，新政府获得了版籍，了解了日本有多少土地、各藩有多少人口，山川河流如何分布，森林矿产位于何方，士农工商什么情况。国家是什么，国家就是土地和人民！要治国先知国，要知国先知版籍。
其次，通过这一来一去的折腾，封建领主制被无形摧毁了。藩国不再是藩主的私产，藩臣也不再是藩主的家臣，藩主和藩臣都成了朝廷命官，只是级别不同而已。朝廷既然可以任命知藩事，也就当然可以罢知藩事，而这罢免来得还真快。
明治四年（1871）旧历七月十四日，新政府召集各知藩事来京议事，并召集萨摩、长州、土佐三藩的一万名武士进京震慑。新政府在大会上宣读了天皇诏书，诏书明言废藩置县，并命令各知藩事移居东京，各藩的政务、财税和负债均移交新政府。在这一行动中，新政府只是剥夺了知藩事的治权，其家禄和贵族身份仍予以保留。废藩置县是中央集权的第二步。
面对中央政府的武力压迫，各知藩事乖乖地交出了治权。不交不行啊，人为刀俎我为鱼肉，人家是靴子我们是蚂蚁(Ants,boots)。
几百年家业一朝尽丧，这些原藩主甭提多委屈了。在江户时代，他们是受德川氏的气，但再怎么着也是个藩主；现在可倒好，连个知藩事都不是了。本以为跟着天皇闹革命是革幕府的命，没成想连自己的也搭进去了，真是螳螂捕蝉黄雀在后啊！唉，说什么都晚了，过去了，都过去了。以前，一年质江户，一年驻领地；如今，再也不用回去了。别了，吾藩吾庙；别了，吾土吾民……
在废藩置县后，新政府将全国土地分成三府三百零二县，三府即东京、京都和大阪，这三座都会由中央直辖。同年十一月，新政府又将三百零二县进行了合并重组，最后简化为七十二县。至此，日本形成三府七十二县的行政区划。
通过版籍奉还和废藩置县，日本走向了中央集权，日本帝国登上了历史舞台。
附文：
《萨、长、土、肥四藩主奉还版籍奏本》
臣某等顿首再拜，谨念朝廷不可一日失者大体也，不可一日假者大权也。
天祖肇临开国立基以来，皇统一系万世无穷，普天率土无不为其所有，无不为其臣子，此即大体。或予或夺，则以爵禄维系下属，尺土不得私有，一民不得私匿，此为大权。
往昔朝廷统驭海内，一遵此道。圣躬亲之，故名实并立，天下太平。
中叶以降，纲维一度松弛，争权弄柄者接踵而至朝廷。私其民窃其土者，天下过半，逐成博噬攘夺之势。朝廷无所守之体、无所秉之权，因而不能制驭。奸雄迭乘，弱肉强食，其大者并十数州，其小者犹养士数千。如所谓幕府者，土地人民擅颁与其所私，以扶植其权势。于是朝廷徒拥虚名，甚至喜乐忧戚皆仰幕府之鼻息。横流之极，滔天不回者，于兹六百有余年。然其间往往假天子之名爵而掩其私并土地人民之秽迹，是固由于有万古不拔之君臣大义、上下名分之故也。
方今大政新复，亲理政务，实千载一时之机，不可有其名而无其实。举其实则莫先于明大义，正名分。
昔德川氏兴起，故家旧族半于天下，因而兴家者亦多。然不问其土地、人民是否受之于朝廷，因袭已久以至今日。世或谓此为祖先锋镝所得。呜呼！此何异于拥兵入官库，掠夺财货。而谓是乃冒死所得者哉？入库者，人知其为贼。至于掠夺土地、人民者，则天下不之怪。甚哉，名义之紊乱也！
如今正求丕新之治，大体所在、大权所系，不应有丝毫宽假。臣等所居即天子之土，臣等所牧即天子之民，安能私有乎？今谨收集版籍奉上，愿朝廷处置。其应予者予之，其应夺者夺之。凡列藩之封土，更宜下诏改定。而后，自制度典刑军旅之政，乃至戎服器械之制，皆应出自朝廷，天下之事不分大小，皆应使其归于一途，然而名实相得，始可与海外各国并立。
此为朝廷今日之急务，又为臣下之责也。故臣某等不顾不肖谫劣，敢献鄙衷。天日之明幸赐照临！臣某等诚惶诚恐、顿首再拜上表。
明治二年（1869）一月二十三日
（长州藩主）毛利（敬亲）宰相中将
（萨州藩主）岛津（忠义）少将
（佐贺藩主）锅岛（直大）少将
（土州藩主）山内（丰范）少将
备注：奏本中不含（）内内容，原奏本不分段，为阅读方便特加之分之。另，“佐贺藩”即“肥前藩”，佐贺城为肥前藩之藩厅（可理解为“省会”）。