（正文）
由于东条最先辞去总长职务，军方的行动因此大大早于政府。就在新内阁成立的7月22日，两总长梅津和岛田已经确立了今后一段时期应该遵循的作战方针，并以大本营命令的形式正式下达：
一、加强从菲律宾、台湾、西南诸岛到本土和千岛等海洋第一线的防御。
二、精心准备，不管敌军来攻上述任何地点，均能随时集结陆海空军事力量予以迎击，并将其击溃。
三、按原计划完成“湘桂作战”，依靠中国大陆交通弥补海上交通的不足。
四、尽量依靠沿岸航路，确保海上交通安全。
梅津进一步解释说，“此作战方针的基本原则，是对进攻第一线的任何之敌予以坚决抗击，谋求挽回战争局势，找到光荣结束战争的途径。将这一系列作战称作‘捷号作战’，正乃此意。”由于无法准确判断美军下一步的进攻方向—连美国人自己都不知道，华盛顿和珍珠港正为同一问题在激烈争吵呢—“捷号作战”因此由一系列子作战组成。
7月24日，大本营陆军部命令各部：
一、大本营意图对本年度后期敌军主力的进攻，指导决战，粉碎其企图。
二、预定本土（除北海道）地区及菲律宾方面为决战方向，进行决战的重要地区及其发动由大本营决定之。
三、南方军总司令官、台湾军司令官、防卫军总司令官、第五方面军（负责北海道和千岛群岛方向）司令官、中国派遣军总司令官应各自完成任务，与海军协同，按下列目标做好决战准备：
保卫菲律宾方面的“捷一号”作战：8月末。
保卫台湾、琉球群岛方面的“捷二号”作战：8月末。
保卫九州、四国、本州方面的“捷三号”作战：10月末。
保卫北海道、千岛群岛方面的“捷四号”作战：10月末。
为加强各战场的相互支援，各军司令官应按下列计划准备下属机动兵力：
南方军总司令官以一个旅团在菲律宾北部待命，随时增援台湾或西南诸岛。
台湾军司令官以一个旅团在台湾待命，随时增援菲律宾或西南诸岛方向。
防卫总司令官以三个步兵大队、一个炮兵大队在鹿儿岛一带待命，随时增援西南诸岛；另以同样兵力在姬路待命，随时向小笠原群岛方面调用。
实施“捷一号”、“捷二号”作战时，大本营约以一个师团在中国上海附近待命，随时增援菲律宾、西南诸岛或台湾方向。
实施“捷三号”、“捷四号”作战时，大本营以第四十七师团在弘前待命，随时向本州东北部或北海道方面调用。
若实施“捷三号”作战，第三十六军（以第八十一、第九十三师团及战车第四师团为基干组成）直接编入防卫军总司令官管辖。
东京认为，美军最可能进攻的目标是菲律宾，即四个作战方案中，实施“捷一号”方案的可能性最大。梅津大将决定调整菲律宾的作战部署，进一步加强该地区的防卫力量。7月28日，大本营陆军部命令将第十四军升级为方面军，原军司令官黑田重德中将为方面军司令官，统一指挥菲律宾地区的作战。日军攻占菲律宾后，原第十四军司令官本间雅晴因处事不够严厉被东京解职，1942年8月由田中静壹中将取而代之。1943年5月，原南方军总参谋长黑田重德从田中手中接过了军司令官职务。
从7月中旬到8月上旬，随着参谋本部一纸纸电令，原驻中国山西大同第二十六师团、驻黑龙江绥阳第八师团、驻黑龙江勃利战车第二师团陆续开赴菲律宾，加入第十四方面军战斗序列。
为加强菲律宾中、南部地区的防御，大本营下令新编成第三十五军，隶属第十四方面军指挥。8月11日，铃木宗作中将受命出任军司令官。到8月上旬，第十四方面军战斗序列如下：
第三十五军：下辖第十六、第三十、第一〇〇、第一〇二师团及独立混成第五十四旅团。
方面军直属：第八、第二十六、第一〇三、第一〇五师团及战车第二师团、独立混成第五十五、第五十八、第六十一旅团。
以上各部，共计兵员23.5万人。值得特别指出的是，几个“一〇”师团都在原独立混成旅团基础上临时升格，人员可以临时拼凑，但装备不足严重影响了他们的战斗力。
大本营认真总结了之前岛屿防御战无一成功的经验教训，对今后战术、战法提出了新的指导。首先是空军的运用。美军登陆作战为惯用的“三板斧”：第一阶段派出航母战斗群设法击溃我基地空军取得制空权；第二阶段一面利用航母群继续掌控制空权，一面出动水面舰艇对登陆滩头实施炮击，彻底摧毁至少是削弱我防御阵地；最后阶段，才是搭载部队的运输船驶入近海进行登陆。我航空部队往往在迎击敌军航母群的战斗中已消耗殆尽，无力对敌军登陆船队进行有效攻击，导致敌军登陆部队在海上几乎未遭多少损失就安全上岸。针对上述情况，大本营调整了航空战方针。今后作战，当敌方进行第一阶段航空攻击时，避免决战，保存兵力；对敌军登陆兵团，则倾陆海军全部航空兵力一举消灭之。
在攻击目标的选择上，陆海军再次出现分歧。海军坚持以航母为主要攻击目标，陆军则强力主张先攻击敌人的运输船团—那上边的人放出来后主要是和陆军作战。这次南方军一反常态，积极支持海军首攻航空母舰的意见，并于9月中旬派作战参谋美山要藏大佐赴京强调这一主张。大本营并未采纳南方军的建议。双方经多轮协商达成妥协，陆海军航空兵力的具体分工是：海军航空兵以敌航空母舰及运输船为攻击目标；陆军航空部队则只攻击速度较慢的运输船，他们缺乏攻击海上快速移动目标的经验和能力。
航空作战还存在一大难题。对美军重型轰炸机B-17以及即将大批投入作战的B-29，日军战斗机缺乏将之击落的有效手段。此前，已有个别飞行员驾机撞击B-17或水面舰艇的情况。到1944年夏季，一线航空部队中开始出现一种趋势，能够阻止敌军锐利锋芒的唯有必死必杀战术，别无他法。大本营经反复研究后认为，为了在“捷号作战”中挽回战局，这种“特攻”战法具有一定实用价值，同时提出对志愿“特攻者”许以特殊待遇，编组部队参加作战。此举遭到了部分人士的强烈反对，“正式编成特攻部队违反统帅之道，是否采用这种方法，应该让承担任务的各位勇士自身决定。”大本营采纳了这种意见，决定以志愿者临时编组特攻部队。由此可见，将神风特功队归结为大西泷治郎的灵机一动似乎是站不住脚的。
其次是地面作战方式的改变。以往岛屿守备部队推崇在海岸构成防御阵地，以期歼敌于滩头。从吉尔伯特、马绍尔、马里亚纳群岛作战来看，凭借强大舰炮火力和舰载航空兵，美军往往能轻松突破滩头防御进而快速推进攻占全岛。日军往往在滩头损失了过多兵力，导致内陆防御因兵力严重不足而迅速崩溃。大本营把根据以往战争经验得出的结论作为岛屿守备要领通告全军：改变过去依靠一线阵地的岸边歼灭主义，从海岸线起延伸到适当纵深构筑岸边阵地、主抵抗阵地、预备主抵抗阵地和二道防线阵地，将战斗拖入持久。这一命令同样发给了驻守帕劳的第十四师团，中川在贝里琉岛的防御证明，这种战术是极其有效的。
早在大本营发动“捷号作战”准备之前，南方军已经将菲律宾地区确定为未来的决战地带，并于5月中旬将司令部从新加坡迁往马尼拉。总司令官寺内元帅认为，美军随时可能在菲律宾登陆，最可能遭攻的是中南部地区。南方军司令部因此致电东京，将主力部队集结于中南部与美军决战。