肯尼坚持在作战计划中将岛西地区包括进去，这样就能找到地势平坦、排水良好的地方来修建机场。对此萨瑟兰表示赞同，进攻莱特的最初计划就是从两侧实施夹击：在莱特湾东侧实施两栖进攻，同时第十一伞兵师在岛西空降。但当进攻日期被提前到10月20日时，上述方案被放弃了。负责工程建设的凯西少将汇报说，当雨季到来时，他的工兵很难在塔克洛班一带扩建机场。
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麦克阿瑟对此非常清楚，他在1903年就考察过那一带地形，当时他还只是一名年轻的工兵中尉。尽管如此，麦克阿瑟还是把凯西的反对意见放到一边。哈尔西的快速航母舰队只能为登陆部队提供3天的空中保护，麦克阿瑟要求凯西的工兵部队必须在登陆5天之内、也就是10月25日之前在塔克洛班建成一条长1500米的跑道，至少可以停放75架战斗机群，随后再扩建几个可以停放轰炸机、侦察机和更多战斗机的机场。
麦克阿瑟用了两三天时间和肯尼、克鲁格、金凯德一起讨论了进攻方案，随后乘机返回布里斯班。在随后的三周里，他大多数时间都跟琼和小亚瑟待在一起。期间最伤感的事当属与澳大利亚总理柯廷的告别了。出身社会底层的柯廷没有受过正规教育，缺乏麦克阿瑟那样的贵族派头和优雅举止。但他正直、敏锐且通情达理，能够最早预见到能挽救澳大利亚的是美国而不是英国。他将自己的政治生涯和国家安全全部寄托在麦克阿瑟身上，给予他无私的支持，反对一切批评他的人。麦克阿瑟感到自己欠柯廷很多，自己对他总是不能坦诚以待，有时还忍不住去摆布他。柯廷患有严重的心脏病，此刻生命已危在旦夕。9月30日，麦克阿瑟飞往堪培拉，跟柯廷作了最后一次交谈。两人讨论了战争的收尾。奎松倒下去了，麦克阿瑟鼓励柯廷坚强地活下去，争取能看到战争的胜利，虽然他内心知道这种可能性实在不大。他想起当初送奎松赴美国时的那一幕，他和柯廷答应一起陪奎松重返菲律宾。但现在，能够回去的恐怕只有他一个人了。不出麦克阿瑟所料，这次会面竟是两人的永别。柯廷病死于1945年7月5日，差40天没看到最后的胜利。
执行莱特岛地面作战任务的是沃尔特克鲁格中将的第六集团军，下辖富兰克林赛伯特少将的第十军和约翰霍奇少将的第二十四军。作为右翼突击兵团的第十军下辖第一骑兵师和第二十四步兵师，总兵员53000人。韦恩马奇少将第一骑兵师—该师已升级为机械化步兵师，不再是传统意义上的骑兵部队，只保留原番号和建制—的任务是攻占塔克洛班机场、盆地和卡泰逊半岛；弗雷德里克埃尔文少将第二十四步兵师的任务是占领帕洛、卡堪、卡里加拉、巴尤格地区，控制帕洛至塔那恩的一号公路。作为左翼突击兵团的第二十军下辖第七步兵师和第九十六步兵师，总兵员51500人。布拉德利少将第九十六师的任务是夺取一号公路的一部分和560加塔蒙高地，之后攻占达加米和塔那恩地区。第七步兵师在拿下布劳恩后继续向北攻击前进，占领达加米地区所有简易机场供工程部队突击扩建，迎接肯尼第五航空队战机的进驻。两个突击兵团身后，有充当预备队的第三十二步兵师和第七十七步兵师。预计战役头五天登岛地面部队将达到145000人，后续登陆部队55000人。
为解决统一协调和相互支援问题，9月中旬，各有关部队代表在荷兰迪亚召开了一次专题会议。尼米兹并未亲自出席，只派出以谢尔曼少将为首的代表团参会。哈尔西则派参谋长卡尼少将参加。9月22日，谢尔曼回到珍珠港后，太平洋舰队司令部制定出“8-44号作战计划”。9月27日，尼米兹在计划书上签字后飞往旧金山参加例会。
“新泽西”号战列舰上的哈尔西很快就接到了来自珍珠港的命令：“第三舰队的任务是，为在菲律宾中部登陆的西南太平洋战区部队提供支援和掩护，协助他们夺取计划中的所有目标，消灭该地区的日军海空力量，同时保证太平洋中轴线地区的航行畅通。”可以看出，哈尔西领受的任务比较笼统和宽泛，尼米兹仅给出了一个指导性意见，这是他对待下属的一贯作法。
作战命令是逐条逐句列出的，每句话之间都有字母或数字序号，只有最后一句话例外。这句没有序号的话显得非常特殊，显然是后来临时加入的：“尽一切可能，捕捉或创造机会摧毁敌人的舰队。如果有这样的机会或者是能够制造这样的机会，那么摧毁敌人舰队就是你们的首要任务。”
这一命令可以解释为超过甚至违背了“支援和掩护”的总命令。后者只是压制敌人，使其难以攻击登陆部队。可能是航空兵军官为了使哈尔西觉得他可以自由行动，干斯普鲁恩斯6月份拒绝干的事而临时补加的吧。然而执行“支援和掩护”任务的命令并未取消，也没提“摧毁日军舰队”是“唯一任务”。总之，命令没有授权哈尔西放弃保护滩头。
如果说是尼米兹特意加上的话，那他显然受到了马里亚纳海战中斯普鲁恩斯在决战阶段没能主动迎击敌人而招致多方争议的影响。当时他下达给斯普鲁恩斯的命令指明，后者的任务只是“拿下、占领并守住塞班、提尼安和关岛三地”。其实尼米兹大可不必如此，相比沉默内敛的斯普鲁恩斯来说，冲动鲁莽的哈尔西一旦发现了日军舰队，一定会奋不顾身猛扑过去的。我们简略回忆一下就会发现这样一个事实，除战争初期指挥过那些打了就跑的小袭扰之外—杜立特空袭他仅是充当搬运工—哈尔西还从未在一场真正的战斗中和日本人练过手呢。
关于最后一段命令的出处，金上将在战后接受一次采访时说，是他告诉尼米兹加上去的。但在随后写给海军军事学院波特教授的信里，他又否认了这种说法。波特在为尼米兹和哈尔西写传记时注意到，这句话的语法结构既不像金，也不像尼米兹，很可能是某个参谋加进去的，但无法断定那个人是谁。寻找这个人到底是谁并不重要，重要的是，哈尔西忠实执行了这一命令。
在接到尼米兹的命令之后，哈尔西认为让人恼火地防守是金凯德第七舰队的任务，自己的任务在于进攻，更多击沉日军舰船。他立即给尼米兹回了一封措辞激烈的信件：“我倾向于，如果可能的话，决不让敌人在空战中占有一丝优势，同时也不给敌人创造穿梭轰炸对付我们的机会。如果要成功阻止他们获得这种优势，我就必须得有情报的优势和灵活的机动。既然摧毁敌人舰队是主要目标，那么每一样武器都必须密切配合，发挥最大效用，这就需要指挥官有良好的战术运用。我的目标同你是一样的，如果有机会，一定要彻底摧毁敌人的舰队。”哈尔西明确声明，自己不想打像斯普鲁恩斯在马里亚纳群岛打的那种窝囊仗。美军尽管在那次作战了击沉了日军的三艘航母，但被舰载机炸沉的只有弱不禁风的“飞鹰”号，两艘大型航母“大凤”号和“瑞鹤”号都是被潜艇击沉的。第三十八特混舰队为此憋了一肚子火。
尼米兹非常了解好友的性格，也鼓励他在本次作战中主动进攻。在之前的历次作战中，斯普鲁恩斯要对战役全局负责。第五舰队不仅负责两栖登陆作战，其快速航母舰队同时负有双重责任，既要协助两栖登陆，又要防止日军舰队寻隙来攻。但眼下这次作战完全不同，支援登陆的任务可以放心地交给业已扩大许多的第七舰队承担，第三舰队能够腾出手来，全心全意去消灭日军的主力舰队。正因为此，他才将第三舰队部署在可以自由攻击的机动位置上。
10月5日，尼米兹回信给哈尔西，“你可以根据实际情况灵活使用手中兵力。战场情况瞬息万变，你能了解的情况，我却不一定能了解。这时你需要针对未曾预见到的情况作出快速反应。我唯一的要求，是你应该在条件允许的情况下尽早通知我。”
毫无疑问，尼米兹的信大大激发了哈尔西消灭日军舰队尤其是航母舰队的斗志，对随后他在海战中的指挥产生了很大影响。