罗斯福和丘吉尔私下里谈论了原子丨弹丨问题，这种超级武器1945年8月“几乎肯定”能准备好。开会的这一周，盟军共出动战机2600架次，以损失逾百架为代价向德国人投放了9360吨丨炸丨弹。但一颗原子丨弹丨只需要一架飞机搭载，其威力至少相当于2万吨高爆丨炸丨药。两人商定，如果原子丨弹丨最终能够使用，“经过深思熟虑之后，也许可以用来打击日本人。日本人将被警告，如果不投降，就会遭到原子丨弹丨的反复轰炸。”会议最后一天，丘吉尔提出也许没必要使用原子丨弹丨，对日本城市“猛烈、持续、不断增加”的轰炸“很可能”迫使日本投降。
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会议期间，两人也曾谈到美国大选。丘吉尔说，如果自己的好朋友无法当选，“那么美国人民也太忘恩负义了。”丘吉尔万万想不到的是，真正忘恩负义的是他的臣民，他将在10个月后的大选中败北。丘吉尔很为罗斯福的健康担忧，他曾私下找到麦金太尔，询问总统为什么看上去那么虚弱。麦金太尔向他保证，总统的身体绝对没有任何问题。丘吉尔说，“我当然希望是这样，他可不能出什么问题。”莫兰爵士担心罗斯福的健康问题是否会影响他作出决策，“他的脖子和衣领之间甚至能放进去一个拳头—那时我对自己说，他这个年龄的人是绝对不可能这么快就瘦成这个样子的。”
罗斯福糟糕的健康状况路人皆知。会后不久，到白宫参加象征性会议的副总统候选人杜鲁门有着莫兰一样的担心。他告诉自己的法律顾问哈里沃恩，“你知道，我关心总统的健康。我不知道他竟然那么虚弱。在向茶里倒奶油的时候，他倒在碟子里的奶油比倒在杯子里的还多。他的神智非常清醒，但他的身体快垮掉了。我非常担心他。”
9月16日最后一次会议结束之后，丘吉尔于次日乘火车离开魁北克。20晨，英国人登上“玛丽皇后”号并于25日顺利返回伦敦。
虽然作出了跳过棉兰老岛、提前攻打莱特的决定，但此后进攻台湾还是吕宋的问题仍然悬而未决。华盛顿有关上述问题的争论仍在持续。恰在此时，来自远东的一份报告对华盛顿作出最后决策产生了决定性影响。9月中旬，史迪威—他此时尚未被蒋介石赶走—报告说，日军在中国的攻势已经使美军失去了第十四航空队可以有效支援入侵吕宋或台湾的最后基地，这些基地在丧失后的相当长一段时间内断无收复的可能。
这一消息对华盛顿带来的冲击无疑是巨大的。美军之所以提出进攻台湾和厦门的计划，意在扩大或建立在中国东部的机场，供B－29空袭日本、朝鲜和中国东北。目前这些基地已完全丧失，短时间内没有收复的可能，登陆厦门也就完全失去了现实意义。进一步说，攻占台湾的主要理由是为在中国海岸登陆寻找一个踏脚板，现在已经变得无关紧要了。
海军作战部的参谋们必须重新考虑登陆台湾和厦门的计划。大多数人认为，若仅仅入侵台湾而不同时攻占内地的一个港口，这一行动将毫无意义。台湾本身缺乏供一支大舰队停泊的港口，也不能提供美军所需的后勤基地。假使在中国海岸已无建立和发展港口的需要，为什么还要进攻台湾的某一部分呢？金后院起火了。
陆军趁机提出了新观点。B-29重型轰炸机若以台湾北部为基地参加对日作战，毫无疑问比从吕宋北部、马里亚纳群岛或中国西部更加有利。但若仅以台湾南部为出发基地，则比其他基地所获利益非常有限。事实上，塞班岛和提尼安岛距东京比台湾南部还要近些，且受到日军空中拦截的威胁更小。吕宋北部虽然远了300公里，但比台湾南部又有更多的优点：那里有较大空间可供修建B-29使用的机场，对空攻击也更加安全。即使尼米兹能够在1945年3月1日入侵台湾南部，B-29也要到暮春或初夏季节才能从那里出发去轰炸日本。阿诺德已经计划在1944年年底之前利用马里亚纳群岛基地出动B-29轰炸日本本土。也就是说，陆军航空兵对夺取台湾完全丧失兴趣，开始与陆军的其他单位一致反对金登陆台湾南部和厦门的计划。
到1944年9月底，几乎所有军事考虑都指向了下述路线：进攻吕宋，跳过台湾，不考虑中国的沿海港口，下一步直接跃向硫磺或冲绳。参谋长联席会议成员中，只剩下金在孤军奋战，继续主张跳过吕宋进攻台湾南部和厦门的作战。由于罗斯福已明确表态支持麦克阿瑟，金知道军事和政治因素均对自己不利。于是他开始改变策略，不再提直接进攻台湾，而针对进攻吕宋提出反对意见。金指出，按照麦克阿瑟的计划，为保护吕宋滩头和运输船队的安全，太平洋舰队所有快速航空母舰必须在那一带滞留长达六周之久，这显然要冒极大的风险。最后金说，海军断然不能接受麦克阿瑟进攻吕宋的计划。吃了好几片伟哥的金老兄真坚挺呀！
此时西南太平洋战区副参谋长里查德马歇尔少将恰好回国，他受麦克阿瑟指派到五角大楼敦促高层接受他们于1945年1月登陆林加延湾的计划。马歇尔少将—不是那个上将—立即把金提出的“快速航空舰队将在战场附近滞留六周”的原话发往荷兰迪亚，以使麦克阿瑟能在第一时间发起反驳。
对此麦克阿瑟心领神会。他立即致电华盛顿，自己对快速航母舰队的唯一要求，就是在突击登陆之后把少量护航航母留在吕宋外海几天时间，到工程人员建好一个可供陆军战机起降的机场为止。麦克阿瑟特别强调，只有第一批登陆部队需要快速航母舰队的保护，以后补给与增援部队的空中掩护都可以由陆基飞机承担。也就是说，登陆吕宋不需要长时间占用海军的航空母舰，尼米兹可以很快将它们调走用于其他方向。老麦最后出息金，假如按照你的思路执行针对台湾南部和厦门的作战，快速航母舰队滞留在台湾近海的时间将会更长，尤其当吕宋还在日本人手中时更是如此。这些人个个不是善茬儿！
麦克阿瑟的反击点中了金的要穴，使他难以招架。但是金还不愿就此罢休，准备做最后的顽抗。他试图在海军内部寻找同盟，共同反对陆军的意见。9月29日到10月1日将在旧金山召开的美国舰队总司令和太平洋舰队总司令的例行会议无疑是绝佳的机会。金欲借本次会议取得部下们的支持，并以海军高级会议决议的形式向参谋长联席会议施加压力。
金万万没有料到，在制订参加莱特作战计划的同时，太平洋舰队参谋部已经开始考虑未来的作战方向。更多人提出，金进攻台湾和厦门的想法根本行不通。原来设想在1945年3月1日进攻台湾，主要基于德国可能在1944年秋天提前投降，所有盟军部队都可以调来参加对日作战。很明显，希特勒的狂热意愿迫使德军在继续战斗，欧洲战争还将持续相当长一段时间。大家逐渐倾向于斯普鲁恩斯进攻硫磺和冲绳的观点。但这些岛屿距离日本本土太近，只有等日军航空兵力进一步得到削弱后进攻它们才更稳妥。麦克阿瑟力主的吕宋作战正好可以起到这种作用。太平洋舰队参谋部建议，支持麦克阿瑟进攻吕宋的作战，并初步确定在1945年1月20日进攻硫黄岛，3月1日进攻冲绳。尼米兹认可了这一想法，并准备在月底的旧金山会议上向金正式提出。金尚不知道，此时的他真正变成了孤家寡人。
在外观摩作战的麦克阿瑟清楚，尽管总统和华盛顿的大多数人都倾向于自己的计划，但作战命令一日不下，就随时有出现变数的可能。他当然不知道金的后院已经起火，连他手下的海军将领都在谋划集体反对他。如果麦克阿瑟能够梦到后来出现的戏剧性变化竟得益于尼米兹等一众海军将领的话，他一定会当场笑醒过来的。