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7月1日，中川接到驻科罗尔岛帕劳集团总部发布的名为《地区守备军制胜训练》的训令。《训令》指出，训练的最终目的，一是在敌登陆之前的舰炮和飞机轰炸中将我方的损失降到最低，二是在敌人登陆当晚，趁其立足未稳、武器装备未完全到位时，一举摧毁敌人滩头阵地。《训令》特别提到，“敌军的舰炮打击和飞机轰炸有其自身的局限性，每名军官和士兵都应该保持镇定，在前进时要集中精神，注意利用敌人炮击和轰炸的间隙以及地形优势。”中川完全领会了上述精神，尤其在中部乌默布罗格山区将防御发挥到了极致，岛上自始至终没有发生大规模自杀式冲锋场面，取而代之的是一场旷日持久的消耗战。这种战术经中川印证是行之有效的，日军在之后的硫磺岛和冲绳岛战役中还会故伎重演。战后，日本一些历史学家曾经这样评价中川，“他也许可以与死守硫磺岛的栗林忠道将军相提并论，位列日本顶尖战术家之列。”

尽管中川能力出众，但毕竟只有大佐军衔。之前贝里琉岛海军最高指挥官是伊藤贤三海军中将。将一名陆军大佐置于海军中将之上的作法，只能进一步激化陆海军矛盾。为了解决这一问题，井上特意向贝里琉岛派出了师团步兵指挥官村井研次郎少将，协助中川进行指挥。在视察完岛上防御并审阅了中川的作战计划后，村井感到非常满意，决定不再干预中川的指挥。在整个战役过程中，村井实际只起到了参谋作用。他和中川并肩战斗，直至最终一起自杀身亡。根据战后日军俘虏的供述，贝里琉岛的指挥权实际掌握在中川手中。

负责守卫安加尔岛的是后藤丑雄少佐第五十九步兵联队第一大队，辖有步兵炮中队、炮兵中队和高射炮部队。加上少量海军部队，岛上日本守军总数约1400人。因为兵力实在太少，后藤无法部署全面防御，只在岛西北部海拔30-40米的山地一带修筑工事，作为最后据守的阵地。

幸运的是，由于对美军进攻方向判断失误，在春季开始的加强内层防线备战中，日军把帕劳群岛放在比马里亚纳群岛更优先的地位，主要物资包括建筑材料优先向这里倾斜。5月底，第三十一军后勤参谋泉莱三郎中佐受军司令官小畑英良中将之托来到帕劳，希望从这里调拨一些建筑材料给驻塞班岛的第四十三师团，被井上以“这里最可能遭遇攻击、我的物资还不够呢”搪塞过去。小畑对帕劳的防务给与了充分重视，多次亲自登岛视察。美军进攻塞班岛时小畑在帕劳就充分说明了这一点。

另外一点是作战思想上的转变。当初防卫马绍尔和马里亚纳群岛时，联合舰队及海军航空兵还具有相当实力，日军防御重心一定程度上是在天空、海上而不是陆地。针对上述两群岛的防御计划都是以航空兵为基础制定的，对岛屿的防御可以说不太上心。由于日本海军在菲律宾海海战中遭遇惨败，到贝里琉岛作战时，守军已经清楚无法指望海军和航空部队了，必须依靠自身力量拖住美国人，因此在防御工事的构筑上格外用心。这都给美军后来的进攻作战带来了更大难度。

7月27日，返回珍珠港的哈尔西立即投入到紧张的备战工作之中。帕劳和莫泰罗岛登陆战将同时打响，哈尔西的第三舰队必须为两路部队提供充足的海上和空中保护，并随时歼灭前来挑衅的日本联合舰队。跟斯普鲁恩斯一样，哈尔西选择跟随快速航母舰队冲锋在前，而不是和慢吞吞的运输船队一起行动，那实在太不过瘾了。两人唯一的区别是，斯普鲁恩斯选择重巡洋舰作为旗舰，而哈尔西选择的旗舰是“新泽西”号战列舰。在航母上可能更自在一些，但它们更易遭到攻击。哈尔西不上航母并非怕死，他可不愿冒险由于战损导致舰队指挥中断，就像南云和弗莱彻在中途岛、小泽在马里亚纳海战中那样。8月24日，“新泽西”号在3艘驱逐舰的护卫下驶出珍珠港，哈尔西的离开给一大堆军官留下了好一阵子惊奇和感激。所有曾经给他接管大蓝舰队和首战准备工作提供过帮助的部门都收到了哈尔西亲笔签名的感谢信。这些单位的领导纷纷下令，将海军上将的感谢信张贴在大门上，以使更多的人能够看到。

直到8月26日，第三舰队还只有一艘战列舰和3艘驱逐舰4艘舰船。这天，哈尔西和斯普鲁恩斯完成了交接。大蓝舰队由第五舰队更名为第三舰队，威尔金森少将取代特纳中将出任两栖舰队指挥官，新名称为第三两栖舰队。舰队核心打击力量第五十八特混舰队更名为第三十八特混舰队。唯一不同的是，本来应该由麦凯恩中将取代的米切尔中将暂时留任快速航母舰队指挥官。美军高层认为，在很可能面临一场大规模海战的背景下更换指挥官是不现实且冒险的。已被指定接替米切尔的麦凯恩以见习身份暂时指挥一个快速航母大队。

没有举行指挥官的正式交接仪式，因为哈尔西和威尔金森都未真正和自己的部队接触。实际上哈尔西从珍珠港出发时，他和第三十八特混舰队尚有4800公里之遥。8月29日清晨6时30分，米切尔率以16艘航母为核心的快速航母舰队驶出了埃尼威托克环礁，前往执行空袭帕劳群岛的任务，指挥官的交接仅仅停留在纸面上。

战役间隙，斯普鲁恩斯迎来了新助手阿瑟戴维斯少将，前参谋长卡尔穆尔上校作为普通乘客也在“印第安纳波利斯”号上。穆尔将去华盛顿担任参谋，这是他近几个月来最轻松的时候。金曾提议让穆尔出任麦凯恩的参谋长，但是穆尔拒绝接受这种变通。

当“印第安纳波利斯”号驶入珍珠港东海湾时，信号站发出了一封太平洋舰队总司令的祝贺信。旗舰靠港之后，斯普鲁恩斯到马卡拉帕山向总司令报到。尼米兹热情接待了他：“下一个战役很可能是攻打台湾和厦门，你马上乘机回加利福尼亚度假，两个星期后回来。”

斯普鲁恩斯对此感到有些突然。由于和尼米兹几乎无话不谈，他还是坦诚地告诉上司：“我不喜欢打台湾。”

“你想打哪儿？”尼米兹问。

“硫磺和冲绳。”

斯普鲁恩斯认为，硫磺岛不仅可以作为从马里亚纳群岛基地起飞空袭东京B-29型重型轰炸机的护航战斗机机场，而且也是从冲绳岛经日本九州、四国、本州到东京的要冲。轰炸机可以在硫磺岛加油，在战斗机的护航下飞到这个区域的任何地方。硫磺岛上的战斗机可以支援舰队在日本近海作战，就像1943年底所罗门群岛上的战斗机支援航母编队进攻拉包尔那样。美军占有冲绳岛可以阻遏日军从南面运输石油和其他物资的舰船，直接切断日本同中国的联系。况且冲绳岛作为轰炸机基地，对袭击日本南部位置优越。

“好啦，”尼米兹没有忘记金上将的命令，“还是暂时考虑进攻台湾吧。”