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比亚克岛上战局的胶着让麦克阿瑟异常愤怒。牛已经提前吹出去了，他感到自己的职业生涯正面临着又一次严重危机，即将到来的失败将会使自己颜面扫地。6月14日，第五舰队登陆塞班岛的战斗即将在24小时内打响，莫克默机场依然在日军控制之中。恼羞成怒的麦克阿瑟给克鲁格发去了一封措辞严厉的电报：“比亚克岛的战况令人失望。如果不能火速建立一个可用的空军机场，整个作战目标将难以实现。”

克鲁格叫来了艾克尔伯格，要他立即登上比亚克岛，免除富勒特遣部队指挥官的职务，亲自督战。当艾克尔伯格来到前线时，富勒泪流满面地接待了他。富勒不仅要求艾克尔伯格解除自己特遣部队指挥官的职务，还要求将自己的师长职务一并解除。富勒哭诉说，自己一直在忍受着克鲁格的瞎胡指挥，已超过了人类所能忍受的极限。艾克尔伯格当即任命多伊接任师长一职—他和多伊曾是1926年利文沃斯军事学校的同班同学—同时调来第二十四步兵师第三十四团登岛增援。

虽然火线接过了战场指挥权，但倔强的多伊依然认为富勒的分进合击战术最为有效，拒绝作出任何变更。艾克尔伯格对特鲁格横刀夺爱，抢去自己集团军司令官的位置本就心怀不满，此时他索性放手不管，让老同学按照富勒的原定计划指挥作战。多伊再次派出一个团到那个高地，他这次分进合击战术取得了成功，美军在三天内拿下了莫克默机场，两天后攻克了俯瞰机场的那个岩洞。若非克鲁格的干涉，肯尼的飞机早在6月15日就能从莫克默机场飞往塞班岛扔丨炸丨弹了。但在6月15日这天，肯尼的重型轰炸机不得不从洛斯内罗格的莫莫特机场起飞，对马里亚纳群岛南部目标进行轰炸。麦克阿瑟对外宣称说，他已帮助尼米兹对塞班岛实施了空袭。直到6月22日，美军战斗机才陆续进驻莫克默机场。至于攻下岛西的两座机场，已是三周后的事情了。

6月19日，美军出动三个团发起了最后的攻击。日军主力包括随后新增援的第二一九联队第二大队困守西山洞，千田少将则率海军第十九警备队据守东山洞。6月21日，美军将西山洞围得如铁桶一般。葛目感觉最后时刻即将来临，于是焚烧了联队军旗，只留下皇室徽章和旗竿，将旗穗分给各大队。美军使用坦克和火焰喷射器轮番发起进攻，山洞入口处快被死尸堵住，空中弥漫着一种尸体烧焦的糊味儿。葛目试图切腹自尽，被一众手下极力劝止。22日，葛目率联队本部50人、通讯队40人、第一大队40名兵员趁夜突围，洞内不能移动的百余重伤员拉响手榴弹集体自尽。美军不敢贸然进入，以火力封住洞口同时输入汽油点燃，将洞内的尸体悉数烧焦。葛目率部在西北高地一线重整阵地。美军很快跟踪而至，将葛目残部围得风雨不透。

6月28日，日军的最后阵地东山洞失守，千田率残部遁入内陆山区。7月1日，葛目下令剩余兵员向后方高地退却，自己返回山洞从容切腹。至此岛上日军有组织的抵抗宣告结束。以区区一个步兵联队拖住美军一个师加一个团达一月之久，葛目的表现中规中矩，受到裕仁的致电嘉奖，并特晋两级为陆军中将。就在葛目自杀的同一天，阿南大将的训令到了，“岛上残部转入内陆山区，开展游击战”。第二军司令部或派舟艇或通过空投向岛上残部进行补给。但是到8月中旬之后，后方同岛上日军的联系完全断绝。

千田少将是美军登陆前12天才登岛的，比据守塔拉瓦的柴崎少将还要倒霉。他可能死于8月25日，或者更晚一些时间。12月25日，确认千田已经战死的东京追晋他为海军中将，第二十八根据地部队的编制被随之撤销。值得特别一提的是，侵华战争初期千田任第十三航空队司令官时，曾多次指挥海军航空兵发起对中国内陆地区的“渡洋爆击”，血债累累，可谓死有余辜。

到7月底，美军已经完全控制了比亚克岛南部。8月20日，埃克尔伯格宣布占领全岛。由于岛屿面积较大有足够的回旋余地，日军残部誓死不降一直坚持游击战。直到战争结束之后，还有83名日军士兵钻出丛林向美军投降。比亚克岛之战美军阵亡474人、伤2443人，另有多达7200人因患病完全失去了战斗能力。

胜利虽然有些晚，但最终毕竟还是来了。前线捷报传回之后，麦克阿瑟恢复了以往的平静心态，坦承克鲁格对富勒的处理不太妥当。作为补偿，他向富勒颁发了服役优异勋章，表扬他在战斗中始终保持“杰出的能力和敏锐的判断力”。老麦甚至告诉艾克尔伯格，富勒是一名“伟大的战士”。像当初在布纳战役中被解职的第三十一步师师长哈丁少将一样，富勒对老麦的慷慨一点儿都不领情。

比亚克岛绝非麦克阿瑟追求的终极目标，为尽快完成收复菲律宾、兑现“我会回来”的庄严承诺，盟军还必须控制新几内亚岛西端的杰尔芬克湾和福克尔科帕半岛。比亚克岛以西80公里处的农福尔岛上有3个机场。肯尼指出，一旦飞机从那里起飞，就可以对福克尔科帕半岛实施大规模空袭，轻松控制整个杰尔芬克湾。

麦克阿瑟认可了肯尼的说法，决定以两栖登陆和空降双管齐下，夺取岛上的三座机场。面积330平方公里的农福尔岛海岸多珊瑚礁，岛东南沿海地势较低，内陆的崎岖山地覆盖着茂密的原始丛林，驻守该地的是日第三十五师团第二一九步兵联队。之前由于第二大队奉命增援比亚克岛，岛上守军只有2000人左右。

7月2日凌晨4时，金凯德麾下的巡洋舰和驱逐舰首先对预定登陆点进行炮击，之后在帕特里克准将带领下，美军第一五八步兵团在距卡梅里机场仅100米处的海滩登陆。日军稍作抵抗后撤守岛中部山区，展开游击作战。就在美国独立日当天，伞兵团第一、第三营的2000名官兵直接在机场一带空降，配合登陆部队对逃逸的日军进行围剿。随后虽未发生大规模的战斗，但零星交锋一直不断。日军多次利用暗夜掩护突袭美军据守的机场地区，夺取急需的粮草和弹药。但到8月底，日军有组织的抵抗宣告结束。美军以伤亡400人为代价夺取了农福尔岛，宣称击毙日军1700余人。日军第二一九联队联队长及军旗下落不明，但联队军旗肯定未被美军缴获。美军在农福尔岛派驻了大量B-24轰炸机，专事对日军占据婆罗洲油田的空袭。

轻松夺取农福尔岛之后，麦克阿瑟并未直接进攻日军重兵据守的马诺夸里。7月30日，赛伯特少将的第六步兵师在福克尔科帕半岛一个名叫桑萨波的小渔村突然登陆，全歼岛上守军600余人。随登陆部队上岸的数千工兵立即开始整修机场，随后美军第八十六战斗机大队、第四十二轰炸机大队的B-25、P-38战机陆续进驻。美军以航空轰炸一举切断了马诺夸里与索龙两地日军的联系。