2月20日晚，东条单独约见了杉山元，提出让他主动辞职以免尴尬。东条解释说，在此“严重局势”下，最好的解决办法就是由他本人兼任陆相和参谋总长。
“这是违反帝国长期以来传统的，”杉山还想做最后的努力—老酒倒认为此时杉山退居幕后倒不失为明智的选择，至少不用再面对那个烂摊子了。杉山强调，“不应由一个人既作出政治决定又作出军事决定，德国人在斯大林格勒的灾难正是希特勒集军政大权于一身的结果。”
“希特勒是兵卒出身，”东条对此不屑一顾，“我是陆军大将。”他要杉山放心，对于军务和政务他会给予同等关注，“请你放心好了。”
“说起来容易，但如果一个人负责两项工作，在两者利益发生直接冲突时，试问他将重视哪一项？”
“在这样一场史无前例的大决战中，必须采取一切措施，即使打破先例也在所不惜。”东条不愿作任何让步。
杉山终于按捺不住了，“如果你这样干，陆军内部的秩序就无法维持！”
东条的回答更加坚定：“绝对不会。如果有人有意见，我们就立即撤换他。”
2月21日，东条正式出任参谋总长，杉山改任陆军教育总监。
作为陆军大臣的东条在陆军中有较大影响力，迫使杉山辞职还算顺利。但永野在海军根深蒂固，一手扶持了大批心腹，将其赶出军令部绝非易事。特鲁克遭袭事件成为东条逼迫永野下台的绝好借口。东条立即下令启动对“海军丁事件”的调查—起初日本将特鲁克遭袭以其英文名称“Truk”的第一个字母称为“T事件”，后来为了和山本阵亡的“甲事件”和古贺阵亡的“乙事件”对应就更名为“丁事件”。特鲁克遭袭次日，东条就撤换了主管船舶的运输通信大臣八田嘉明，以五岛庆太取而代之，算是给永野一个下马威。
海军省认为遭袭的过错全在现场，立即撤换了喜欢钓鱼的小林仁，对外宣称是身体原因。小林是永野的心腹爱将，鉴于东条启动调查可能会牵扯到自己的更多亲信，永野只好以进为退主动让出了军令部总长的位置，改任半赋闲的天皇海军最高顾问。永野辞职当天，副官吉田俊雄大佐感慨地说：“海军的一个时代结束了。”日本海军史上第一个历任三大职务—海军大臣、军令部总长、联合舰队司令官—的显赫人物从此淡出了历史前台，像他的名字一样永远下野了。等他再次露头时，已经是在东京的国际法庭上了。
根据东条的意见，军令部总长同样由海军大臣岛田繁太郎大将兼任。至此从明治时代以来一直保持分离状态的军政、军令两大系统终于实现了统一。日本最重要的四个军职完全集中在两个人身上。岛田有个人人皆知的雅号叫“东条副官”，私下里人们更喜欢称他“东条的裤腰带”，如此所有事情都由东条说了算了。在东京的重大决策中陆军本来就占据主导地位，随着海军强势人物山本阵亡、永野下野，日本海军的处境更加窘迫。
鉴于东条和岛田既管军政又管军令实在太忙，大本营决定对两总部实施双次长制。除原有参谋次长秦彦三郎和军令部次长伊藤整一外，又增补塚原二四三中将为军令部次长，后宫淳大将为参谋次长。
安排后宫淳出任次长颇有深意，因他与皇室关系密切，一定程度上对东条是一种牵制，避免东条因专断而威胁皇权。殊不知后宫淳和东条关系亲密，两人不但是同学且是好友。当年东条英机遭皇道派打压前途迷茫之时，时任陆军省人事局长的后宫淳给了东条以莫大的帮助，使他免于被编入预备役而是到关东军出任了宪兵司令，并借“二二六事件”疯狂清肃皇道派东山再起。原东条侵华的察哈尔兵团改编为第二十六师团后，后宫是第一任中将师团长。作为太平洋战争爆发后晋升的首位陆军大将，东条还在3月22日让他兼任了航空总监和航空本部部长职务。不过东条并无篡权的想法，再过几个月他就要下台成为重臣了。
闻听师父快刀斩乱麻抢过了参谋总长职位，无比兴奋的佐藤旋风般冲进了东条的办公室：“首相阁下，您干得实在太棒了！”此时东条已戴上了象征参谋总长的绶带，他在佐藤面前是无需避讳的。东条志得意满地对着徒弟微笑了片刻，“如果某些少壮军官为此闹事，”东条迅速沉下了脸，“我不会让他们为所欲为，‘下克上’是绝对不容许的，留神他们一点儿。”
东条并非杞人忧天，以海军少将高木惣吉为首的一帮佐级军官正偷偷摸摸与右翼团体接触，试图用车祸的办法干掉东条—东条爱坐敞篷车的习惯人人皆知。高木策划暗杀者分乘3辆汽车拦截东条的车队，第一辆汽车通过撞击迫使东条停车，另外两辆车上的杀手则用左轮手枪击杀首相。参与刺杀者全部穿军装，除高木留下承担全部责任之外，其余人乘一架海军飞机逃往台湾。据说后来参与此事的还有大名鼎鼎的辻政信。
天皇长弟秩父宫向东条提出了和杉山一样的问题：“当参谋本部和陆军省在战争问题上持不同意见时，你怎么办？”对此东条作出了书面答复：“在目前阶段，摆在我们面前的重要任务是用全部国力去争取胜利。所以在战争结束之后，我将感谢你与我讨论个人问题。目前这个行动引起许多批评和反对意见是很自然的，因为之前没有类似的先例。这一步是对是错，让我们留给未来的历史学家去评判吧。我的良心决不允许我违反日本的基本原则。如果你对这点有什么疑问，我将乐于回答。如果我感到自己不再忠于天皇，那末我将真心诚意地谢罪，并在陛下面前切腹。”
那些曾身居高位的重臣们有着秩父宫一样的担心。他们认为日本目前的困境正是东条领导的结果。众人主张解除东条的职务。这其中表现最积极的当属近卫文麿和冈田启介，他们主张选择合适的新首相立即与盟国洽谈“和平”。为此近卫特意走访了木户，后者虽表示理解但拒绝出力，因为“利用他对天皇的影响力是轻率的”。不过这并不说明木户对东条很满意，“他每天早上仅用1小时左右处理参谋总长的工作，其余时间都在处理陆军大臣的事务，好像首相只是兼差似的。”木户愤愤不平地说。
3月初，东条授意组织的调查团飞抵特鲁克，调查团团长是水雷学校校长大森仙太郎少将—就是在奥古斯塔皇后湾海战中战败被免职的那位。大森对自己当初被莫名其妙地解职心存不满，现在奉命调查也不过是装装样子。现场事实显而易见，小林作为第一责任人毫无疑问，但深查下去古贺自然脱不了干系，甚至连军令部都难辞其咎。既然永野已经辞职，东条的目的已经达到，大森也就没有深究的必要了。况且就在调查期间古贺意外“殉职”，再追究他的责任于情于理都说不过去。于是大森简单出具了最后结论：“从大局上看，以如此少的兵力应对如此大规模的攻击，谁来进行战争指导结果都是一样的。”也就是说，“不怪皇军无能，而是美军太厉害”。此事也就没人再提起了。
与小林一起被撤职并打入预备役的还有驻特鲁克海军第四根据地部队兼第二海上护卫队司令官若林清作少将，他的职务由有马馨少将取代。小林的继任者是我们的老熟人，此前多次亮过相的原忠一中将，于是就有了前文原作为日军代表与默里少将签署投降书的那一幕。