1月25日，美军第四十一师师长霍勒斯富勒少将接过了奥罗湾到戈纳地区所有盟军部队的指挥权，艾克尔伯格率第一军司令部成员返回莫尔兹比港，至此巴布亚战役以盟军的完胜告终。麦克阿瑟亲自撰写了胜利公报：“我们在布纳战役中损失很小。与敌人相比，这些损失不足敌军损失的一半。这里的损失不仅包括作战伤亡，还包括因自然原因生病的减员。这些数字与地面进攻战役通常的结果相反，以往攻方的损失通常是守方的几倍。造成这种结果有两个因素：第一，由于时间因素在这种情况下没有重要意义，因此没必要匆忙进攻；第二，基于这一原因，我们没有试图采用大规模和无准备的进攻来攻占敌人的阵地。我们最注重的就是保存我军的实力。”
出人预料，这次不等马歇尔出面，陆军部长史汀生率先给麦克阿瑟发来了贺电：“恭喜阁下在1月占领了布纳地区。让阁下统帅西南太平洋战区的美军部队，实属美国之福”鉴于史汀生与麦克阿瑟一向不睦—当初华盛顿在研究是否将麦克阿瑟撤出科雷希多时史汀生曾说过一句冷冰冰的话“人总是要死的”—老酒觉得老史这话咋听咋像出息老麦，不知师兄们有没这种感觉。
但那些亲身参与了巴布亚战役的人们却对麦克阿瑟的说法大为不满，认为他极大歪曲了事实。麦克阿瑟的声明中只提到“盟军”或“美军”，几乎不提澳大利亚人。正因为此，受尽指责的澳军官兵为他们的司令官精心创作了大量诗歌，其中一首《防空洞里的道格》成为经久不衰的经典。其中写到：
他又在讲传奇故事，
说勇敢的战士长生不死。
只要能说得天花乱坠，
管它真实与不真实。
手里拿着块破布，
当着旗帜一样挥舞。
它的主题实在模糊，
但谦虚得有目共睹，
这就是道格的公报。
我军战舰轰击日军，
从缅因一直打到新加坡。
我军潜艇击沉敌舰100万吨，
它们还能再击沉10亿多吨。
我军飞机昨晚轰炸了柏林，
意大利人说，今晚挨炸轮到我们，
因为道格的公报这么议论。
现在可能是谣言，
有朝一日就会实现。
上帝会听到一个低沉的声音：
“让位吧，上帝，我是麦克。”
用你的鞋子来打赌，
直到最后审判日来到，
所有要去印刷的新闻稿，
无非就是道格的公报！
有意见的不光是澳大利亚人。“我确信，”艾克尔伯格在回忆录中这样写道，“麦克阿瑟的最大乐趣就是让全世界都能在照片里看到他。这就是唯一能够解释为什么莫尔兹比当地以外的报纸杂志用大标题写着麦克阿瑟领导部队在布纳激战的原因。”
巴布亚战役澳军损失地面部队5866人—其中亡1835人、失踪299人、伤3732人。美军损失地面部队2959人—其中亡831人、失踪116人、伤2012人。总计伤亡8825人，损失之大令人惊叹。澳军各旅在被替换前各营兵力甚至不满一个连的编制。美军的情况大致相同。巴布亚战役为胜利付出的人员损失比例在整个太平洋战场上名列前茅。在相同时间段内，布纳日军给盟军造成的损失是瓜岛日军造成损失的三倍。但如果加上水兵伤亡，瓜岛战役的代价还是要远高于巴布亚，当然他们面对的敌人更多也同样凶悍。
在随后写给麦克阿瑟的报告中艾克尔伯格说：“这里的各团很快就会缩减到营的规模，稍后甚至比连一级也多不了多少。”他的说法包括了病患在内。第三十二师有10825人投入作战，包括7125名病号共减员9688人，减员比例近90%。其中第一二六团在11月中旬进入作战地区时3171人，1943年1月22日撤往莫尔兹比港时只剩611人，连一个营的规模都不到了。即使最后赢得了胜利，但第三十二师必须重建，要完成这一任务至少需要一年以上。
日军的损失无疑更大，他们投入巴布亚战场的总人数约在17000到18000人之间，其中1300人成功从米尔恩湾撤退，300人从古迪纳夫岛撤出，战役期间约1000名伤员乘船从巴萨布阿返回拉包尔。在战役的最后阶段，又有2400人从海里或陆路逃脱，综上日军在战役期间成功撤出5000人左右，战役损失约在13000到14000人之间。撤出的5000人绝大部分在战斗中负伤或染上了热带疾病，可战之兵大约仅1000人左右。第一四四联队仅200人生还。
师兄们可能已经发现，巴布亚战役中始终未发生过大规模的海上战斗—这可能正是本节略显乏味的主要原因。如果投入强大的海军力量对日军滩头阵地实施炮击，或迅速从海上增援坦克及重炮等攻坚利器，战局也许会很快明朗。但作战区域内水文情况不明，连最基本的海图都没有，又都处在对方陆基航空兵的威胁之下，交战双方谁也不愿把宝贵的大型水面舰艇派到这里来冒险。况且这一时期双方海军主力正在围绕瓜岛在斗法，已抽不出更多力量用于这里的作战。
相比同时期的斯大林格勒、阿拉曼、瓜岛等战役以及盟军登陆北非的“火炬行动”，巴布亚战役因略显“迷你”往往被人忽视，但其残酷性似乎不逊于上述战役。1950年艾克尔伯格在回忆录《荆棘之路向东京》一书中这样写道：“夺取布纳是建立在死亡、受伤、绝望与苦难的代价之上。只要有人在那里战斗过，无论如何也不可能遗忘。”
第三十二步兵师的一名士兵完全赞同军长的说法：“如果我同时拥有地狱和巴布亚，我宁愿呆在地狱里，而将巴布亚租给他人去住。”另一位老兵如此形容自己的战友：“前线的人，或许是穿美国军服最可怜的士兵。他们憔悴而瘦弱，眼窝深陷，热带疮布满皮肤。在进入丛林的成千上万战士里，几乎没有人不受疾病困扰。”1942年12月底的《时代》周刊首次提请美国民众关注新几内亚：“在当今世界上，没有任何一个美国士兵参与过如此绝望、如此无情、如此痛苦或如此血腥的战斗。”
日军在巴布亚的疯狂顽抗使所有参与者都不寒而栗。在写给上司阿诺德的报告中肯尼警告说：“在国内的人包括陆军部在内，对西南太平洋存在的问题是没有概念的。日寇显然被低估，战胜他们毫无疑问，但要做到这点所需的时间、努力、鲜血以及金钱可能无法想象，特别是如果让鬼子在所占地区开发资源的话。且看看布纳，我们今后还要遇到千百个布纳。两个月来该地日军一直处于绝境。战役中我军数量始终大大超过他们。他们没有空中支援，海军也未能通过我方空中封锁线提供支援，眼巴巴望着离岸几海里外许多日本人沉入海底。他们缺乏粮食，不得不节省弹药，起码说是朝不保夕。但天皇让他们坚守，而他们，请相信我，也确实守住了！至于他们的士气—他们仍在向我军骂阵，‘怎么啦，美国佬？你们胆怯了吗？怎么不出来较量一番？’有几个日军狙击手被包围后，劝他们投降，他们喊道：‘如果你们这些狗杂种有胆量，就过来捉我们好了！’我想恐怕有许多人会认为只要德国垮了，日本‘一推就倒’。这种想法是因为没有觉醒。要打败日本，我们必须唤醒爱国心、精力、勇气，也许还要某种十字军精神或宗教狂热。业余队是打不赢这个家伙的。我们必须成为专业队，你每次赛球都要以圣母大学队为对手。”—圣母大学足球队类似于乔丹时代的芝加哥公牛。
就在盟军取得巴布亚战役的胜利后不久，日军第十七军同样灰溜溜地撤出瓜岛。持续半年之久的巴布亚和瓜岛战役以日军双线失利告终。从1943年2月起，西南太平洋和南太平洋的战略主动权已牢牢掌握在盟军之手。
但所罗门群岛和新几内亚的战斗还远未结束！欲知后事如何，请看第四章第一节《猎杀“孔雀”》。
第三章结束。