事实上威洛比总习惯做出一些相互矛盾的评估，这些评估的结果往往是大错特错的，他经常否定澳军的情报总结。因威洛比接近麦克阿瑟不受限制，这就引起了参谋长萨瑟兰的极度不满，两人之间一直存在仇视和敌对情绪。司令部的其他军官大多瞧不起威洛比，认为他自命不凡实际上资质平平，他能被提拔到重要位置主要来自于他对麦克阿瑟“象狗一样的忠诚”。一位参谋笑话威洛比“是美国陆军中最好的事后诸葛亮”。肯尼也曾直言不讳地说，“威洛比做一名历史学家比当一名情报人员更加合适。”事实上从1943年开始，麦克阿瑟在战区所有军事行动中似乎并不重视威洛比的情报，没有一次行动因他的阻挠而取消，也没一次行动是依据他的分析而发动的。
澳军第七师师长瓦西少将根据日军俘虏的供述估计，11月14日日军的兵力大约是1500-2000人，和威洛比的估计大致相当。哈丁的判断则更加乐观，认为布纳日军“不会超过一个大队”。士兵们甚至传言布纳日军不超过两个小队，其它地方也同样薄弱。军官们因此告诉士兵说，即将开始的战斗将非常轻松，对面只是一小撮从欧文斯坦利山败退下来的漏网之鱼，少得可怜，正等着他们去收拾呢。战斗在两天内就会结束，需要的仅仅是一次普通的扫荡而已。哈丁公开宣称本次行动“易如探囊取物”—他很快将为自己的狂妄付出被战场免职的惨痛代价。
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哈丁、威洛比和瓦西显然太小看他们的对手了。就在盟军三箭齐发直逼滩头之时，日军已在最右翼的戈纳到最左翼的恩代阿德雷海角之间构筑了长达18公里的防御阵地。防线沿海滩一字排开，纵深从几百米到数公里不等，全部覆盖面积40平方公里，三大主阵地戈纳、布纳和萨拉南达互相独立，内线侧翼防备完善，侧翼均有齐踝到齐腰深的沼泽掩护，进攻方无法实施包抄。因海拔太低地下水距地表仅仅1米，日军战壕和坑洞不能挖得太深，为此他们建起了数百个椰木掩体，每个可容纳二三十人，部署三到五挺轻重机枪。工事出入口设在背侧，有时还不止一个，便于得到相邻掩体的火力掩护同时尽量不受敌人手雷的袭击。火力点之间用隐蔽的地下交通壕连接，便于在战斗中互相支援和及时转移阵地。工事表面覆盖泥土、岩石和碎石块以及热带速生植物，经伪装的工事和周围的环境混为一体，因射击孔开得极小，即使抵近到前方数米仍无法发现。如空中投下的重磅丨炸丨弹或重型火炮炮弹不直接命中的话，它们几乎是坚不可摧的—横山将他王牌工兵联队的威力发挥到了极致。火力点周围潜伏着大量狙击手，他们或隐藏在高大的椰子树上，或潜身于掏空的原木之中，准备随时射杀试图接近碉堡的盟军爆破手。受丛林树冠的遮挡，识别日军隐藏阵地并对其发动攻击极为困难，之前盟军发起的多次空袭几乎毫无效果。
因担心布纳失守会危及莱城、萨拉莫阿进而影响到新不列颠岛上拉包尔的安全，同时对瓜岛作战带来负面影响，大本营陆军部要求南海支队必须死守布纳直至最后一人，从而为盟军打围歼战创造了有利条件。
堀井支队长失联之后，第十五工兵联队联队长横山大佐接过了日军吉鲁亚河以西的防御指挥权，河东防御则由海军的安田义达大佐负责。尽管之前遭受了重大损失，但截止11月16日，日军仍有兵员7000人左右，其中约5500人具备较强的战斗力。陆军包括第一四四联队、第十五工兵联队、第四十一联队第三大队、第五十五骑兵联队和第四十七高炮大队各一部。海军包括横须贺第五特别陆战队和佐世保第五特别陆战队各一部总计约500人，另有劳工1000人左右。
日军虽人数不少但处境堪忧。因为在科科达撤退、奥伊维和格拉里战斗以及强渡库姆西河时丢失了大量装备，日军轻武器和粮食医药极度缺乏，这让南海支队补给参谋富田义信中佐束手无策。有限的武器被优先配置给一线部队，横山下令给武器不足的二线人员配备绑着刺刀的棍棒。最后连刺刀也不够了，就直接将棍棒削尖制成长矛。木棍倒是应有尽有，连医院的伤兵也人手一根。因补给不足，骑兵战马全被宰杀充当军粮。吉鲁亚野战医院人满为患且缺医少药，一名士兵这样形容：“医院里的伤病员已成为活着的傀儡，因缺少粮食他们个个瘦得怕人，让人简直不忍心多看。”
尽管已经濒临绝境，但日军仍决心死守到底，他们相信拉包尔很快会送来增援。横山派出800人守卫戈纳，他们主要是陆军筑路队的700人，大部分属于台湾“高砂义勇队”，其余还有近百人尚能活动的伤员，指挥官是第十七军筑路参谋山本常一少佐。11月19日，山本得到了第四十一联队第十一中队宗田二郎中尉的69人支援，宫本菊松少佐第四十一联队第一大队也在附近集结，使戈纳守军人数超过了1000人。横山本人亲自负责萨拉南达到吉鲁亚的防御，其作战部队约1800人，主要包括第四十一联队第三大队直属队和竹中秀太中尉的第三步兵中队，第一四四步兵联队残部，第十五独立工兵联队约300人，大约700人的台湾藉海军工兵以及能行走的部分轻伤员。驻守布纳的是安田大佐的海军陆战队约400人，第四十七野战高炮大队一个中队的150人，约400名设营队和数百名陆军后勤人员。
横山和安达将所有希望寄托于拉包尔的增援。东京大本营尽管意识到当前东南方面的主要任务是夺回瓜岛，但新几内亚也不能放手不管。11月16日，百武派第一四四联队新任联队长山本重省大佐率700名刚从本土抵达拉包尔的该联队700名补充兵员、监物平七少佐第二二九联队第三大队、椎木一夫中尉第三十八山炮联队第二中队合计1500名兵员分两批前往增援布纳。因运输船全部用于瓜岛方向，17日上午8时，山本率主力1000人乘“风云”号等5艘驱逐舰从拉包尔出发，翌日凌晨2时30分顺利在布纳登陆。7时40分稍后出发的第二批部队也顺利到达，但运载他们的3艘驱逐舰在返航途中有2艘被盟军飞机炸伤。新到援兵乘驳船来到吉鲁亚，随后前往恩代阿德雷角、杜罗帕种植园和布纳机场地区。援兵的到达使守军士气为之一振。
瓜岛和巴布亚双线告急，百武即将登上瓜岛亲自指挥第二师团对亨德森机场的第三次进攻，根本无暇顾及新几内亚的战斗。为加强东南方面的指挥，东京于11月上旬下令编成第八方面军和第十八军，继而在11月16日下达了有关任命，两军司令官行使职权的日期为11月26日。今后百武的第十七军将专注于瓜岛作战，新编第十八军将全面承担起新几内亚的作战任务。第十七军、第十八军统属第八方面军管辖。
前文提到，第八方面军司令官由今村均中将出任，新任第十八军司令官是刚刚从中国调来的安达二十三中将。安达在陆军士官学校第22期学习时和铃木贞一、牟田口廉也以及国军总参谋长何应钦是同班同学。安达出身于军人世家，父亲是陆军士官学校的教授，舅舅石本新六陆军中将曾任陆军大臣，另两个舅舅是石本寅三陆军中将和石本五雄陆军少将。安达兄弟四个，除老大外都是日本陆军的高级将领。二哥安达十六为陆军少将，三哥安达十九是陆军中将。他家老爷子安达松太郎图省事，直接用出生年份给儿子起名。安达十六出生于明治十六年，如此安达二十三就生于明治二十三年也就是1890年了。当年安达任第十二联队联队长时曾随东条的察哈尔兵团入侵绥远，1940年8月以第三十七师团中将师团长之职参加过中条山战役。在到拉包尔履新之前，安达任华北方面军司令官冈村宁次的参谋长。安达生性谨慎，以在困难时期能与部下同甘共苦而深得官兵信赖。战后在澳洲接受审判时，他对部下所犯罪行大包大揽、请求澳大利亚赦免自己的下属就是最佳的例证。