虽然日军在科科达小道的进军还算顺利，但米尔恩湾和瓜岛双线告急。一木先遣队覆灭之后，8月23-24日，日美海军航母舰队在东所罗门群岛海域大打出手，互有损伤，日军无法完全获取瓜岛海域的制海权，对岛上的增援愈发困难。直到此时大本营方才意识到，先前的判断过于乐观了，前线兵力应对三线作战明显不足，夺回瓜岛与攻占莫尔兹比港同时进行不太可能，于是决定将战略重心向瓜岛转移。8月31日，陆军第十七军、海军第八舰队和第十一航空战队同时接到了东京发来的紧急指示：陆海军应首先协同夺回瓜岛，再集中兵力进攻莫尔兹比港，新几内亚作战暂取守势，南海支队的突进可适当控制在欧文斯坦利山南麓附近。29日，随着参谋本部一纸电令，原驻爪哇岛的精锐第二师团编入第十七军麾下。无论东京或拉包尔最初都预定该师团将用于夺回瓜岛之后的莫尔兹比港作战，因为川口支队夺回亨德森机场是毋容置疑的。
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根据东京大本营的指示，百武于8月28日致电堀井：“击溃欧文斯坦利山之敌进至南侧要线，应以一部确保该线要点，将主力集结于山脉以北以备今后作战。”第十七军8月底的战略意图转为优先夺回瓜岛，并将希望寄托在预定9月中旬川口支队总攻击的成功之上。百武的如意小算盘是：将随后到达的青叶支队和第二师团均用于新几内亚方向，前者增援海军完成对米尔恩湾盟军机场的占领，开辟从海上进攻莫尔兹比港的道路；后者布纳登陆增援南海支队，从9月低开始沿科科达小道发起进攻，与海上机动兵力协同一举攻占莫尔兹比港。
9月1日清晨，小岩井大队开始向前攻击前进。当天下午对澳军第十六营的阵地发起进攻，午夜方止。波兹准将认为第二十一旅连日作战，损失惨重，在得到大批援兵和物资增援之前根本无法守住任何阵地。在向师长艾伦少将告知上述情况后，波兹于2日黎明开始向“大豁口”转移—为纪念之前战斗中阵亡的坦普尔顿上尉，澳军将这里更名为坦普尔顿山口。第十六营负责断后阻击日军。营长卡洛中校主动撤出阵地在道路两旁山地设伏，以2亡1伤的代价毙伤日军逾30人。伤亡较大的小岩井被迫停下脚步等待后续部队跟进。日军行军举步维艰，“路越来越陡，”一名日军士兵如此描述当时的情景，“太阳火辣辣的，我们在没有道路的丛林中行进。口渴想喝水，肚子里空空如也。”当晚包括第四十一步兵联队第一大队在内的后续部队1500人及300匹骡马在巴萨布阿顺利登陆。
9月4日下午16时，断后的第十六营再次遭到日军包抄，队形很快被敌人冲散，溃兵于5日黎明撤回米奥拉与第十四营汇合。当天日军占领坦普尔顿山口，所有人激动得面朝东京方向高呼“万岁”。鉴于该部已疲乏至极，堀井下令小岩井部队就地休整，换上第一四四联队继续追击。楠濑大佐重病在身，但仍躺在担架上继续指挥战斗。堀井的五个大队就这样在使人筋疲力尽的战斗中交互跃进。
鉴于两个营在之前阻击中损失惨重，担心再次被包抄的波兹准将下令弃守米奥拉向艾弗吉撤退。4日库帕中校的第二十七营一连、二连已到此处驻扎。他们见到了只剩185人的第三十九营，随后库帕从该营手中接收了所有武器，霍纳中校率部返回莫尔兹比港。到6日，卡洛中校的第十六营、罗登中校的第十四营前来汇合。根据旅长波兹的命令，库帕率各部在艾弗吉以南的“步道山”构筑新的防御阵地。
9月5日21时日军不战而得卡基，翌日清晨5时进占艾弗吉。随后楠濑留下第九中队据守该处，主力部队兵分两路对澳军第二十七营发起钳形攻势。7日清晨，日军连续遭盟军8架B-26三次空袭，这是南海支队首次遭到空中打击。楠濑下令炮兵猛轰澳军阵地，并于傍晚19时向第二十七营阵地发起夜袭。澳军几乎用尽了弹药，到第二天中午打退了日军五个中队的轮番冲锋。日军正面攻击极大吸引了澳军的注意力，堀江正少佐率第二大队主力再次从侧面迂回直冲波兹旅司令部。双方展开了短兵相接的肉搏战。波兹趁电话线尚未被切断之前于上午10时电告第十六营营长卡洛中校，万一旅部人员全部壮烈，由他临时担任前线指挥率余部向梅纳里撤退。
日军侧击将澳军阵地搅得七零八落。波兹派出最后两排警卫也无法与友军取得联系。在得到副官卡伦少校30名士兵增援后，旅部终于杀开一条血路撤回梅纳里。陷入日军包围的三个营由建制较完整的第二十七营断后阻击。9日上午11时30分，在梅纳里望眼欲穿的波兹终于等来了第十四营和第十六营，两个营合计兵力仅剩307人，基本相当于两个连了。波兹下令合并两营由卡洛统一指挥，就地构筑防御阵地。
这天波兹准将奉命返回莫尔兹比港述职，前线指挥由波特准将接任。除第二十一旅残兵之外，波特得到了澳军第三步兵营（欠一个连）、第一先锋营（欠一个连）及第六独立连的支援。波特被告知，第二十五旅将很快前来增援，守军实力大大增强。鉴于眼前位置很易被日军包抄，波特决定率部队退守可能具有更多战术优势的伊奥利贝瓦。
9月11日日军依然穷追不舍。澳军且战且退，到下午在伊奥利贝瓦以北约30分钟路程的一座小山上重新构筑起新的防线，居高临下控制道路。12日波特对杂乱的阵地进行了调整，初步稳住了阵脚。他得到的命令是在新增援到达之前死守伊奥利贝瓦。9月14日，波特得到了第二十五旅第三十一营、第三十三营的增援。
随着战线不断延伸，补给陷入绝境的日军渐渐失去了原有的锐气。11日傍晚亲临梅纳里的堀井看到士兵们异常疲劳，下令暂停进攻就地休整。9月以来盟国空军频繁出击，攻击日军供给线和后勤基地，导致前线供应严重不足。一线日军食物定量是每人每天大米180克，日军士兵被迫在沿途寻找一切可食的东西充饥。
9月8日，百武命令堀井让第四十一联队在科科达集中准备调往瓜岛，同时抽调一个大队防卫布纳，预防盟军的反登陆作战。不知是未收到还是有意违抗命令，堀井并未按命令作出调整，而是集中两个联队继续向莫尔兹比港奋勇挺近。目前暂时轮到第一四四联队进攻、第四十一联队休整，驻扎巴萨布阿的第四十一联队第一大队也受命立即向前线集结，9月14日顺利与主力汇合。
麦克阿瑟时刻关注着前线战事，残酷的现实摆在他的面前：在实施参谋长联席会议下达的第二阶段反攻任务之前，必须首先驱逐沿欧文斯坦利山南进的堀井支队。半个月来的战斗证明，堀井部队有着顽强的战斗力，要比预料中的日军更加肆无忌惮。巴布亚像巴丹一样向他提出了又一次严峻的挑战。
在美国国内，包括华盛顿高层在内的很多人对盟军在巴布亚的节节败退难以理解。由于对前线情况并不了解，麦克阿瑟在9月6日致电马歇尔，“澳大利亚人的表现证明他们无法在丛林战中打败日本人，他们缺乏志在必得的领导能力。”在堪培拉，澳军军政高层一些悲观人士已做出了令人沮丧的结论：“新几内亚必将失守，日军很快会渡海入侵澳大利亚。”要求启动那个被麦克阿瑟猛烈抨击并搁置的“布里斯班”计划的呼声再起。更让麦克阿瑟难堪的是，柯廷再次向丘吉尔强烈提出调回在外作战的澳军部队，这一定程度说明他对麦克阿瑟已不再像以前那样充满信心。
麦克阿瑟越来越感到不安，他在写给老朋友—海军历史学家达德利诺克斯上校的信中坦诚；“这条路漫长而艰难，而且我看不清它的尽头”，“无米之炊似乎是我军旅生涯的命运。我领导的事业已经失败了一次，我要尽最大努力避免第二次失败！”麦克阿瑟威胁柯廷，除非立即制止上述失败主义言论，否则他将辞去战区司令官的职务。“我们必须进攻！进攻！再进攻！”关键时刻琼再一次挺身而出，以自己的勇敢行动帮助丈夫共度难关。她带着小阿瑟从远离战事的墨尔本飞往布里斯班，住进了尘土飞扬的列农酒店。
但二战名将麦克阿瑟绝非浪得虚名，他以冷静的头脑和敏锐的战略眼光透过灾难的背后洞察到，欧文斯坦利山险恶的自然条件必将增加日军进攻的困难。加上崛井支队孤军深入，补给困难将导致他们的猛烈攻势不会持续时间太长。况且日军现在在新几内亚和瓜岛两线作战，堀井不可能盼来过多的援兵。老麦的判断无疑非常正确！