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随着司令部组建和相关人员逐步到位，盟军对澳洲和莫尔兹比港的防务随之展开。从4月初开始，澳军第十九旅及美军工程、防空部队各一部进驻达尔文，一个美军重型轰炸机中队和一个防空团分别进驻珀斯和弗里曼特尔，澳军一个旅和美军一个防空团进驻汤斯维尔，美军第四十一师和澳军第七师余部驻防墨尔本至布里斯班核心地区。一系列前进机场的修建在紧锣密鼓地进行，海军潜艇也加大了活动范围。

相比本土的部队调动，盟军对莫尔兹比港的增兵就困难许多。增援必经之路巴布亚湾处于日本海、空军的有效打击范围之内，随时可能遭受攻击。工程处长休凯西准将在进行实地考察后认为，莫尔兹比港设施严重不足，现有两座简易机场场地狭小，除进行扩建外还必须再新建三个机场。在得到麦克阿瑟首肯之后，4月下旬第一批美军工兵部队、第一零一岸炮营陆续进驻莫尔兹比。澳军计划向那里派出一个旅3400名守军。但至少在5月之前，莫尔兹比港是近乎不设防的。

烦心事一件接着一件。除部署澳洲和新几内亚防务之外，麦克阿瑟还必须应付温赖特发来的一封封求援电报。4月3日，本间雅晴的第十四军向巴丹发动了大规模攻势，4月9日金少将率守军向敌人投降。5月7日科雷希多陷落，温赖特同样成为日军的俘虏。巴丹的沦陷让麦克阿瑟痛心疾首，他将失败原因归咎于华盛顿的不作为。自己从海上脱险的经历证明，日军在菲律宾的封锁实际是很脆弱的。4月18日杜立特空袭东京让他更加怒不可遏。两个月前，他就强烈要求航母抵近菲律宾外海为他送去增援飞机，华盛顿声称那完全不可能。现在空袭行动证明事实恰恰相反，既然能派B-25到东京上空扔丨炸丨弹，为什么就不能飞到菲律宾进行增援呢？从巴丹陷落的那一刻起，他要求司令部成员必须用“这里是巴丹”回答所有电话，并将身边从菲律宾带来的亲信统称为“巴丹帮”，虽然他们几乎没人去过巴丹—这些人是直接坐船从马尼拉渡海到科雷希多的。

麦克阿瑟极力反对阿卡迪亚会议确立的“先欧后亚”全球战略，柯廷对此坚决支持。他向华盛顿提出，目前盟军的核心任务是保卫澳大利亚，“至少需要2艘航母、1000架飞机以及再派出三个一流陆军师”。他甚至撺掇柯廷向丘吉尔求援，要英国派来2个步兵师、1艘航空母舰和大量舰船。丘吉尔对麦克阿瑟辗转通过柯廷向他求助感到惊讶，他告诉罗斯福自己实在无法满足上述要求，“我乐于了解这些要求是否经过您的批准，麦克阿瑟将军是否得到美国政府的允许通过这种途径和我交涉”。对此罗斯福大为不满。随后马歇尔责备麦克阿瑟越级办事，不顾大局识大体。丘吉尔没给柯廷派来一兵一卒，他说如果日军动用8-10个师团攻打澳洲，将调来驻印度的两个师前来增援，“但没有任何迹象表明日军试图大举入侵澳大利亚”。罗斯福承认盟军在太平洋兵力不足，无法保卫所有可能遭到威胁的要点。他向柯廷保证，“现有资源会通过通盘考虑根据战场的需要在日军出现和最关注的地方得到最有效使用”，目前向太平洋大举增兵是不现实的。经美英澳三方多轮磋商，西南太平洋战区的基本战略确定为：除非欧洲战场发生突破性进展，柯廷和麦克阿瑟只能依靠现有资源，尽最大努力完善澳洲和西南太平洋的防御。

对此麦克阿瑟大为不满。后来他回忆说：“在我的西南太平洋战区，所需军需计划系数低于世界上任何战场或地区，有时低于通常数字的一半。以至于到 1942 年最后一季度的紧要关头，从美国运来的给养仍不足10万吨。”华盛顿的指令是“尽量利用当地资源”。统计表明，西南太平洋战区所需物资65-70％出自当地。

司令部刚挂牌营业就传来了坏消息。综合夏威夷H站和墨尔本C站得到的消息，日军正在拉包尔大规模集结兵力，攻击目标无疑正是战略要地莫尔兹比港。目前仅凭西南太平洋战区的力量显然无法应对。随后尼米兹派出航母特混舰队与日军在珊瑚海大打出手，以损失“列克星敦”号的惨重代价迫使日军打道回府。落了便宜乖的麦克阿瑟发布的公告让人颇感意外：“美国海军错失了一次让日军遭受重创的机会。”殊不知正是这次海战挽救了莫尔兹比港。如果日军南海支队踏上陆地，那里的少许守军只有战死或遁入丛林作人猿泰山两条路可走。

虽然暂时赢得了喘息之机，但麦克阿瑟毫不怀疑日军很快会卷土重来。5月14日，埃德温哈丁少将的第三十二师及第四十一师最后一个团抵达澳大利亚。翌日，麦克阿瑟下令澳军第十四步兵旅3400人和700名防空部队进驻莫尔兹比港。

珊瑚海大战之前马歇尔曾向麦克阿瑟表示过不满，因为美国报纸似乎断定西南太平洋正在酝酿一场大战，这一情况很可能是从他那里泄漏出去的。麦克阿瑟断然否认自己的司令部应对泄密事件负责，坚持认为真正的问题可能来自漏洞颇多的澳大利亚政府，并借机要求给予新闻管制的权利。华盛顿答应了他的请求。从5月中旬开始，西南太平洋战区所有战争新闻必须经麦克阿瑟的司令部审核或者由他们直接提供。麦克阿瑟决定亲自施展一番，今后战区重要公告都由他亲自撰写了。

5月25日，麦克阿瑟接待了三位来自华盛顿的客人。弗朗西斯史蒂文森和塞缪尔安德森上校是马歇尔派来考察战区情况的，第三位是罗斯福的得意门生、国会议员林登约翰逊海军预备役少校。约翰逊此行的目的是保护自己的政治前程。如果能至少执行一次“战斗任务”，他在重返德克萨斯州之后对政治对手就会有更多的炫耀资本。

几天后史蒂文森和安德森要参与一次轰炸莱城的行动，约翰逊打着罗斯福的旗号闹着也要去。他们途中遭到了日军零式战斗机的攻击，史蒂文森乘坐的B-26被击落。在得到8架战斗机的掩护后剩余美机幸运返回莫尔兹比港。两人返回澳大利亚后，麦克阿瑟声称要追授史蒂文森优异服役十字勋章，他们两人将获得银星勋章。这枚勋章为约翰逊带来了巨大的政治资本。1963年11月22日肯尼迪遇刺身亡之后，当时任副总统的约翰逊幸运成为美国第36任总统。

为有效保护莫尔兹比港以东航道，麦克阿瑟决定在新几内亚东南角新建一个具备起降重型轰炸机能力的大型机场，并在5月14日初步确定了机场位置。新机场尚未正式开工，5月22日就有人提出米尔恩湾更适合修建机场。6月8日，美军第九十六工兵营营长勒弗雷特尤德中校率一个12人考察组乘“卡塔琳娜”前往核实，发现近海地区的一片椰树种植园是最佳之地，足可修建几条跑道。新方案在6月12日得到确认，工兵部队随即进驻开始施工。7月2日，训练质量最高的澳军民兵被整编为第七旅进驻米尔恩湾。到6月底，澳大利亚空军一个P-40战斗机中队率先进驻，莫尔兹比港脆弱的右翼终于有了第一道屏障。

6月的第一周里，麦克阿瑟在看到一份报告后大惊失色：“居然还有这样的漏洞！”原来从巴布亚半岛北岸的布纳到南岸的莫尔兹比港竟存在一条崎岖的小道。科科达是欧文斯坦利山北麓约达山谷中的一片小高地，附近有一座小型机场，这条道路因此得名“科科达小道”。澳军负责新几内亚防务的第八军区司令官巴希尔莫里斯少将竟未派任何人去把守这条至关重要的小道。

情报处长威洛比准将对麦克阿瑟的过度反应感到不以为然。这位情报官错误认为，日军翻越欧文斯坦利山的可能性几乎为零。即使能够成功翻越，能活下来的士兵也寥寥无几，不可能对莫尔兹比港构成威胁。他在出具的报告上这样写道：“日军陆上武装行动从后勤保证、通信联络以及当地的复杂地形来看是值得怀疑的。”麦克阿瑟基本赞同威洛比的意见，认为日军进攻莫尔兹比港只能采取上次那样的两栖登陆。据说日本海军正拟对中太平洋展开大规模攻势，如此在南太平洋实施两栖登陆作战的可能性微乎其微，莫尔兹比港暂时是安全的。

但麦克阿瑟毕竟要比威洛比高明得多。出于谨慎，他在6月9日致电不莱梅：越来越多的情报显示，日军很可能从新几内亚北岸的布纳取道，经科科达进逼莫尔兹比港。不管日军是否有这样的计划，这条小道、尤其是科科达山口一带对我军至关重要。他要求布莱梅迅速提交科科达小道的防卫计划，布莱梅将球传给了莫里斯少将。

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