但在鼓舞人心的欢迎场面背后，隐藏着一股危险的消极主义情绪。麦克阿瑟到来之前，澳大利亚参谋部已制定了守卫本土的“布里斯班计划”。该计划出发点是放弃澳洲北部和西北部大片领土，依托中部山脉为屏障与日军决战—澳军将从中部的布里斯班沿达令河、途经东海岸直达南部阿德雷德形成一条防线。一旦该计划投入实施，防线前方约四分之三的国土将拱手让与日本人。这条防线背后是澳大利亚的几个重要城市和主要居民点，属于国家心脏地带。对这样一个消极的防御计划，澳军内部同样存在诸多不同声音。既然麦克阿瑟为防卫澳洲而来，陆军部长福特很快就召开专题防务会议亲自向他介绍了这一计划。
在墙上悬挂的一张作战地图上，参谋人员用蓝色铅笔标出的虚线代表“布里斯班防线”，而由北向南伸过来的两道棕色箭头代表日军预定到达的位置。对福特的发言，与会人员众说纷纭，不少人提出了新的建议。有人认为必须扼守海岸和敦斯威尔山脉之间；有人提出防线应该设在悉尼一线或更南面的墨尔本；陆军部则坚持中部的布里斯班一线。会议开得异常热烈，新来的“客人”麦克阿瑟始终一言不发。
当福特最后向他征询高见时，麦克阿瑟缓缓站起身来，一字一顿地说道：“先生们，既然诸位让我发表看法，那么我要说的是，澳大利亚的防线应该跨过北面的海峡，到新几内亚去。”麦克阿瑟在菲律宾已经吃够了狭小空间作战的苦头，这回他无论如何也不允许再次在一个四周都被敌人控制的海洋所包围的岛上作战了。一张新地图被钉上木架，作战参谋肖特上尉手中的蓝色铅笔尖小心翼翼越过布里斯班防线一直向北跨过20多度经线，在新几内亚境内的欧文斯坦利山脉停下，沿着婉蜒的山脊标绘出一道蓝色虚线—这就是美国人提出的新计划。麦克阿瑟全盘推翻了澳军精心制定的“布里斯班计划”，将战线前出到巴布亚半岛，利用高耸入云的欧文斯坦利山脉作为抵御日军进攻的天然屏障。这样整个巴布亚东部就只剩下东南角的米尔恩湾是日军进攻的唯一途径了。
该计划将战线向前整整推进了2500公里，将保卫澳大利亚的战斗完全放在了澳洲大陆之外—即“御敌于国门之外”。如果盟军在新几内亚的作战能够成功，澳洲大陆就可免遭侵犯，同时新几内亚将成为未来盟军转守为攻的绝佳前进基地。
麦克阿瑟比谁都清楚这是一项极度冒险的作战计划，它在时间和空间上存在诸多难以克服的困难。预定作战区域地形复杂，奇峰耸立，遍布泥浆沼泽，海岸尽是危险的暗礁，气候变化无常以及热带疾病肆虐；还需在最短时间内在丛林中修建一系列前进机场；将大批兵员和弹药补给从后方基地运过海去；需要对陌生地区进行紧急地形勘测，绘制地图、海图；还要沟通与当地土著的关系等等。这个计划在给澳大利亚人带来希望、振奋和鼓舞的同时，也使一些人特别是军界人士产生了疑惑。他们认为计划困难太多，很难实现。对此麦克阿瑟后来曾说，“这是我最困难、最危险的一项决定，但它后来成为世界上最具决定性的战略之一，我们的将士克服重重困难立下了不朽功勋，说明我对他们的信赖是正确的，其结果完全证实了我的一切希望，并且拯救了澳大利亚。”后来事实证明，战线北移不仅有效抑制了日本的推进速度，也为盟军提供了更为广阔的作战空间。
4月4日，麦克阿瑟和澳军总参谋部对当前形势共同出具了分析报告：日军已完全掌握了西南太平洋和南太平洋的制空权和制海权，可以预计，不久的将来他们将对澳洲本土或周边交通线发起进攻；澳洲东南及东海岸对战争的成败至关重要；莫尔兹比港是重中之重。日军只要拿下这个港口，就可随时向南进攻澳洲大陆，或向东南攻占斐济、萨摩亚和新喀里多尼亚，切断美澳之间的海上交通线。以他们现在占据莱城、萨拉莫阿以及在拉包尔囤积重兵的态势来看，敌人不但完全具备这一能力而且进攻可能随时发起。当务之急是必须以最快速度加强莫尔兹比港的防御。
3月底，澳第一军军部和第七步兵师经长途跋涉回到阿德莱德港。对这些久经沙场的精锐部队来说，未来的战斗是为保国卫国而战，战斗力无疑将大大增强。4月6日，美第四十一步兵师的两个团抵达墨尔本。几天之后，该师剩余一个团和第三十二师也将从美国西海岸启航开赴澳洲。航空部队同时不断得到充实，编制逐渐扩充为两个重型轰炸机大队、两个中型轰炸机大队、一个轻型轰炸机大队和3个战斗机大队，总计战机250 架，虽然因缺少零件等原因只有少数能够参战，但有总比没有要强。一系列机场建设陆续展开。随着金上将派出的6艘驱逐舰和6艘老式潜艇逐步到位，利里中将的海军拥有了3艘重巡洋舰、3艘轻巡洋舰、15艘驱逐舰和31艘潜艇。荷兰为战区贡献了一个步兵连和一个装备齐全的B-25中型轰炸机中队，特别是他们一支包括29艘运输船的船队在未来战争中发挥了至关重要的积极作用。
麦克阿瑟一到澳洲罗斯福就告诉柯廷，他将出任西南太平洋盟军最高司令官。柯廷对此非常乐意，但马歇尔、金和澳大利亚政府花了几周时间才就“如何适应海军的太平洋”达成协议。海军把整个太平洋理所当然地看成自己的区域，勉强同意让麦克阿瑟成立一个局部战区。海军拥有从阿拉斯加到被称为“太平洋地区”的南极的广大区域，这一区域分成北太平洋、中太平洋和南太平洋3个二级战区，归尼米兹上将统一指挥。麦克阿瑟仅仅负责西南太平洋战区。
对此麦克阿瑟怒不可遏，声称“最凶恶的敌人不在前线而在身后的华盛顿”。除了痛骂以金为首的“海军阴谋小集团”外，华盛顿几乎所有高层都遭到了他的恶毒攻击，罗斯福、马歇尔以及总统顾问霍普金斯、他的前任参谋长艾森豪威尔均在其列，甚至还包括英国驻华盛顿军事首脑迪尔爵士。在未来几十年里，每提及此事麦克阿瑟都会痛心疾首，“关于战争的一切错误决定中，最令人费解的就是未能对太平洋战争实行统一指挥，在逻辑上、理论上，甚至在常识上都不能自圆其说。这样只能使力量分散，既浪费了部队又过分延长了战争，增加了伤亡和费用。”老酒赞成老麦的观点，但那个总指挥不应该是他。
3月31日，根据美英参谋长联席会议作出的决定，罗斯福任命麦克阿瑟为西南太平洋战区司令官，负责澳大利亚、菲律宾、新几内亚、俾斯麦群岛、所罗门群岛和苏门答腊之外的荷属东印度群岛区域的作战。4月18日，麦克阿瑟正式就任战区最高司令官。除美军之外，战区所有澳大利亚、荷兰、新西兰的陆海空作战部队以及温赖特的菲律宾部队都归他指挥。
就任当天，麦克阿瑟重组了战区部队和任命了相关人员。原美国驻澳大利亚陆军司令乔治布雷特中将出任航空兵司令，赫伯特利里中将任海军司令，3月23日刚刚从中东返回澳洲的托马斯布莱梅中将任陆军司令。布莱梅是一位参加过一战的老兵，在两次世界大战之间一直任墨尔本丨警丨察局局长。二战爆发后他以中将军衔出任第一个派往中东澳大利亚师的师长，1940年受命指挥第一军。回国之前是英军驻中东部队副总司令。矮小肥胖的布莱梅属于乐天派，不修边幅，以在聚会上酗酒且喝醉时将别人帽子打落而闻名。因长期担任过丨警丨察局长，麦克阿瑟认为他不过是个业余将军而已。
马歇尔向麦克阿瑟提出，组建司令部时应尽可能吸纳澳大利亚和荷兰军官。你现在毕竟是在澳大利亚人的地盘上作战，应该为友军留出一些职位，也能充分体现盟军的“盟”字。马歇尔同时说明，这也是罗斯福总统的意见。麦克阿瑟对此置之不理，他在4月19日公布了司令部主要成员名单：参谋长理查德萨瑟兰少将，副参谋长理查德马歇尔准将，情报处长查尔斯威洛比准将，作战训练处长史蒂芬张伯伦准将以及人事处长、通讯处长、后勤处长、工程处长、防空处长、副官处长等等。11个重要职位上非但没一个澳大利亚人或荷兰人，除张伯伦等三人是原驻澳洲的美军军官之外，其余8人全是菲律宾来的“巴丹邦”。澳大利亚和荷兰人只能干一些打字员或快递小哥之类的杂活儿。对马歇尔的多次劝诫，麦克阿瑟回复说：“当地荷兰军官的素质根本达不到使用要求。而澳军正在大规模扩编，参谋军官首先应当充实他们自身的需要。况且从他们那里获得合格高级参谋人员的可能性是不存在的。”
对此马歇尔大为不满，但鞭长莫及只能干瞪眼。