凭借情报人员敏锐的第六感觉，罗彻福特几乎可以断定，日军下一步的进攻目标就是中途岛。但就像把一个犯罪嫌疑人最终定义为罪犯必须要有证据一样，罗彻福特同样要为自己的判断提供充分的理由。
根据长期以来破译的情报显示，日军通常用A起头的两个字母作为太平洋上一些地区的代号，如AH代表珍珠港，AG代表马绍尔群岛。记忆力超人的罗彻福特从浩如瀚海的电文中找到了3月初日军的一份电报，要求水上飞机从马绍尔群岛起飞，中途在弗伦奇-弗里盖特沙洲降落，从潜艇上接受补给后飞往珍珠港。电文中特意提出，飞机要特别注意避开来自AF的空中侦察。3月4日，日军水上飞机在珍珠港上空胡乱扔下几颗丨炸丨弹后成功逃离—这就是前文提到的日军第一次“K号行动”。经过对海图的仔细分析，罗彻福特推断AF只能是中途岛或其附近某一地区的代号，很可能就是中途岛本身。
后来几天，罗彻福特发现日军提到AF的许多电讯与第二次“K号行动”有关。5月11日他破译的另一份电文显示，日本联合舰队电令第二舰队下属一支部队“开往塞班岛和关岛地区，等候参加即将开始的战斗”，随后的电令显示航空兵和运输船各一部也将前往上述地区。13日，H站得知这支舰队要参加一个代号为MI的作战行动，并将在5月27日从这一海域起航，同一天的另一份电文在提及作战地点时再次出现了AF代号。16日，截获并破译的另一份四段电文也暗示了这一点，电报陈述了准备进行一次大规模预备性舰队演习的细节。18日，日军从贾卢伊特发给一支潜艇部队的命令提供了更多线索：“请改变关于占领AF和AO部队的行动命令，位置在AH以东150海里处，潜艇当然要在这一位置最前面。”罗彻福特据此更加断定AF就是中途岛，AO是阿留申群岛，日军派出的潜艇位于中途岛AF和瓦胡岛AH之间，很可能是承担警戒或侦察任务。从20日截获的另一封长电中，罗彻福特大致弄清了日军此次行动的规模，唯一不能确定的仍然是行动目标。与罗彻福特的判断相反，华盛顿海军作战部的情报专家们断定，AF毫无疑问是指珍珠港。
罗彻福特必须为自己的判断提供更充分的证据。H站的分析员贾斯柏赫尔姆斯在从事情报工作之前是个工程师，曾经参与过泛美航空公司对中途岛地面设施的设计勘察，那里的情况他非常熟悉。赫尔姆斯为茶饭不思的站长想出了一个绝妙的主意。
5月19日，一向不轻易抛头露面的罗彻福特走出地下室来到了太平洋舰队司令部。在征得尼米兹上将的同意之后，莱顿通过海底电缆向中途岛基地做出了具体指示。赛马德立即用明码向珍珠港发报，岛上水蒸馏塔出现故障，导致淡水短缺。中途岛本身没有天然淡水供应，岛上用水全部来源于一个过滤水厂。很快第十四海军军区司令官布洛克少将煞有介事地回电说，“将派出一艘供水船紧急前往供水”。
第二天，H站截获了威克岛发往东京的电报并成功破译，“AF可能缺乏淡水”—为此后来联合舰队特意为田中登陆船队增派了淡水供应船。一切真相大白，AF就是中途岛。山本作战计划的第一块基石—战术上的出其不意已经完全消失了。
目标既然已经明确，尼米兹决定尽其所能为中途岛派出尽可能多的增援，自然也包括驻夏威夷陆军第七航空队的飞机，这支部队由克拉伦斯廷克陆军少将指挥。肖特中将被免职后，迪洛斯埃蒙斯陆军中将接替了夏威夷地区陆军指挥官的职务。之前由于陆海军协作不够密切最终导致了珍珠港的悲剧，新来的埃蒙斯就想尽力搞好与尼米兹的关系，两人之间看上去还算融洽。在日本人的威胁之下，埃蒙斯几乎每天都要到太平洋舰队司令部与尼米兹共商军机大事，但这并不代表他就会轻易同意对方的观点。
埃蒙斯对尼米兹将他管辖的陆军战机不断派往中途岛非常不满。从职责划分上讲，中途岛防御属于海军的任务，夏威夷地区的安全则由陆海军共同承担。尼米兹的作法等于用他陆军的化肥去上了自己海军的地儿。从自身角度考虑问题的埃蒙斯抱怨尼米兹的作法显然忽略了敌人进攻瓦胡岛的可能性。和华盛顿的判断一样，埃蒙斯认为日军的进攻目标毫不例外当然是珍珠港，这里才是油水最大的地方。5月3日，在火努鲁鲁体育馆，埃蒙斯向大约5000名民防队员和民众公布了自己的观点，“夏威夷很可能再次遭到日本人的全力攻击”。
埃蒙斯的观点得到了他华盛顿的顶头上司马歇尔上将的大力支持，特别在参谋长得知“日军的一支部队已经把邮政地址变成了中途岛”之后。在对敌人的狂妄无比愤慨的同时，马歇尔也心中狐疑，狡猾的日本人竟然能犯下如此明显的错误？这难道不会是他们故意瞒天过海精心布下的迷魂阵？也就是俗话说的，“如果一件事听起来太好就像是真的，那倒往往有可能不是真的”。
陆军部长史汀生不赞成马歇尔的观点，他认为日军袭击的最大可能是美国西海岸，以此作为对杜立特空袭东京的报复—日本人目前显然还不具备空袭华盛顿的能力。他在5月21日的日记中如此写道：“最近几天，不断传来令人震惊的消息，说日本人正在集中兵力准备向我们发动进攻，以报东京被炸之仇。由于消息有根有据，我们现在正不安地揣摩着他们的进攻地点。究竟是阿拉斯加还是西海岸，抑或是巴拿马运河？马歇尔对此十分不安，今天下午他对我说，打算亲自到西海岸去看看。”当天下午晚些时候，他看到马歇尔正组织相关人员在研究日本可能进攻的目标，有人提出日军可能轰炸圣地亚哥的工厂，然后南下飞入墨西哥，就像当初美国人轰炸完东京之后飞往中国一样实施穿梭轰炸。22日下午，马歇尔飞往了西海岸，“因为我们认为，可能性极大的是日本人将袭击西海岸某地，很可能是西海岸的南部某地。”
5月15日，《檀香山广告报》登载的发自华盛顿的朱利叶斯埃德尔斯坦的文章说：内行的观察家们今天在这里预测说，日本人将对阿拉斯加和夏威夷发动“春季攻势”。
位于墨尔本的麦克阿瑟则认为，尽管莫尔兹比港面临的威胁暂时解除，但不甘心失败的日本人将很快恢复对新几内亚和所罗门群岛的攻势，澳大利亚总理柯廷和他的参谋部显然举双手赞成这一观点。看到美国人吵得不可开交，不甘寂寞的英国人也免不了要来凑凑热闹。伦敦的决策人士认为，日本人下一步的攻击目标毫无疑问是印度和锡兰，他们甚至对远在非洲的马达加斯加表示出异乎寻常的兴趣。综合各种意见的共同点，就是都为了自己那一亩两分地。
麦克阿瑟的担心并非空穴来风。日本人对未能通过水陆两栖作战攻占莫尔兹比港始终耿耿于怀。由于主力舰只全部返回本土参加至关重要的中途岛作战，井上的第四舰队只剩下原来那些“破烂货”，日军无奈改变了进攻方式。澳大利亚N站破译的一份超长电报显示，日本人取消了原来的两栖作战模式，堀井富太郎的南海支队将由新几内亚北部海岸的布纳出发，沿小路跨越险峻的欧文斯坦利山向南攻击并占领莫尔斯比港。进一步的侦察显示，日军工兵部队正在加紧将崎岖小路加宽为公路，以使卡车和部队均能通行。
对此麦克阿瑟异常震惊，他正考虑派出部队跨越欧文斯坦利山抢先占领布纳。这样随后就爆发了血腥的巴布亚半岛拉锯战，后文详叙。