1941年6月，由台湾军战术部主持，以步兵一个大队、炮兵一个中队为骨干在老酒现在打工的海南岛举行了登陆之后热带地区长距离机动演习。为了检验士兵在热带炎热环境下的生存能力，辻政信把全副武装的士兵装入炎热的船舱，让他们三人挤一张榻榻米，在摄氏近五十度的高温下只允许士兵喝少量的水，就这样关了整整一个星期。这些骨瘦如柴的士兵在如此恶劣的条件下，携带着马匹和装备成功在开阔的海滩上登陆。演习环绕海南岛一周，行程一千公里，相当于从泰国南部登陆到新加坡的机动距离。辻政信中佐根据这次演习的研究结果编写了名为《热带丛林作战战务必读》的实战指南，在开战前已经分发给参加南方作战的全体官兵。

在此之前的1941年3月，陆军统帅部在九州也进行过一次参谋旅行演习，对有关参战部队的主要参谋人员进行关于登陆作战的作战训练。接着从3月下旬至4月上旬，在大本营主持下，开展了以攻占新加坡为目标的大规模的陆、海、空联合演习。由在上海专门接受登陆作战训练的第五师团、驻满洲的第五飞行集团及联合舰队一部组成演习部队。演习方案是由长江口舟山群岛出发的登陆作战部队在海空军掩护下，一面摧毁敌海空部队的阻击，一面通过中国东海在北九州进行登陆，最终攻占佐世保海军要塞。这次演习的总指挥就是后来出任第十六军司令官、负责荷属东印度作战的今村均陆军中将。

为了使登陆作战和热带地区作战得以顺利进行，参谋本部对投入南方作战的地面部队匆忙进行了装备的改进。准备在泰国南部登陆向新加坡突进的第五师团以及准备在仁牙因湾登陆向马尼拉进攻的第四十八师团等部队改编为包括部分车辆、自行车在内的机械化部队，增强了部队的机动性。

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1941年9月11日，以军令部总长永野修身和联合舰队司令长官山本五十六为首的海军将佐200余人在海军大学开展了历时四天的图上军演，军演包含南方作战的各个区域作战，其中也包括只有极个别要人参加的奇袭珍珠港计划。10月1日，陆军参谋总长杉山元和负责南方作战的寺内寿一在陆军大学主持了陆军南方作战为期五天的图上演习，参加演习的包括准备参加南方作战而组建的各军参谋长、主要参谋以及参谋本部的作战幕僚。

10月4日，主要负责南方作战空中掩护的联合舰队陆基航空兵——第十一航空舰队也在九州进行了南方作战空中作战的图上演习。

到10月底，大本营陆海军部分别批准了各自的作战计划，杉山参谋总长和永野军令部总长分别于11月3日和5日将作战计划上奏天皇。11月5日天皇正式批准了陆海军的作战计划。

就在天皇批准作战计划的同一天，负责南方作战的南方军宣告成立，成为继中国派遣军、关东军之后第三个大型战区性突击军团。11月6日，大本营公布了南方作战各部队作战序列以及实施南方作战的准备命令。

南方军总司令官：寺内寿一陆军大将。

参谋长：冢田攻陆军中将（前参谋次长，其次长职务已由田边盛武陆军中将接任）。

第14军司令官：本间雅晴陆军中将。

第15军司令官：饭田祥二郎陆军中将。

第16军司令官：今村均陆军中将。

第25军司令官：山下奉文陆军中将。

南方军司令部直属部队：第二十一师团、第二十一独立混成旅团、第四独立联队。

参加南方作战的第三飞行集团集结在中国南部和法属印度支那北部，佯装进行昆明作战，然后于开战前夕迅速转移至法属印度支那南部，为第二十五军先遣兵团提供空中掩护。第五飞行集团和第二十一独立飞行队在台湾南部展开，配合海军第十一航空舰队先发制人，摧毁美军北纬16度以北的吕宋岛空军基地和战机，为第十四军在菲律宾的作战提供掩护。

第四师团和南海支队作为特遣队和预备队先后划归南方军直接指挥。

参加南方作战的还有驻中国广东的中国派遣军第二十三军，司令官就是以前当着何应钦的面随地撒尿的酒井隆陆军中将，其麾下第三十八师团将参加香港作战。

确切地说南方军并不是一支新军，所部基本是抽自其它战区的精锐兵团。来自中国派遣军的部队大多数已有四年乃至更长时间的实战经验，特别是赫赫有名的第五师团擅长登陆作战，中日战争以来转战各地历经百役。原属关东军的第五飞行集团也参加过著名的诺门罕战役。为了尽快达成战争任务，在南方军编制内破天荒地出现了九个坦克联队。放在苏、德、美等强国这根本不算什么，但放在日本就相当于下了血本，要知道日本陆军总共才十五个坦克联队。

南方作战涉及区域陆地面积超过400万平方公里，12倍于日本本土，人口约一亿五千万。南方作战总称为“あ号作戦”，作战计划内容主要为：

以海军第一、第二、第五航空舰队为主力的机动部队对瓦胡岛珍珠港内的美国太平洋舰队发动奇袭，一举歼灭美国太平洋舰队主力。

在奇袭珍珠港的同时在菲律宾与马来亚两个方向同时发动进攻。

在攻克菲律宾和马来亚之后，接下来的目标分别是婆罗洲、苏拉威西、苏门答腊等要地，最终目标为爪哇岛。

此外，攻下香港、关岛、俾斯麦群岛、帝汶岛等地，扫清外围。在开战初期也于泰国境内进驻大批军力，视战局进展情况进攻英属缅甸。在构成日军防线坚固右翼的同时彻底切断中国抗日战场的补给线，促使蒋政权早日屈服。

陆军作战任务细分到各个战区分别为：

“M作战”：攻取目标为菲律宾，任务执行者第十四军，下辖第十六师团、第四十八师团、第六十五旅团，集结地为马公、帛琉、奄美大岛、高雄和基隆。战役计划于1941年12月7日当天展开。

“E作战”：攻取目标为马来半岛和新加坡，任务执行者第二十五军，下辖近卫师团、第五师团、第十八师团、第五十六师团，集结地为海南岛的三亚。战役计划于1941年12月7日当天展开。

“H作战”：攻取目标荷属东印度，任务执行者第十六军，下辖部队第二师团。随着香港和菲律宾战事结束将把第三十八师团及第四十八师团从香港和菲律宾战场抽调过来充实该军。战役计划于1941年1月11日展开。

“G作战”：攻取目标关岛，任务执行者南海支队及第四舰队所属海军陆战队。战役计划于1941年12月10日展开。

“B作战”：攻取目标英属婆罗洲，任务执行者第十六军第五十六师团，战役计划于1942年1月11日展开。

“C作战”：攻取目标香港，任务执行者第二十三军第三十八师团，战役计划于1941年12月9日展开。

“R作战”：攻取目标威克岛和俾斯麦群岛的拉包尔，任务执行者南海支队。战役预计于1942年1月23日展开。攻占拉包尔的目的在于掩护日本海军在中太平洋最重要的海空基地特鲁克。

好戏在后头，重头戏就是袭击珍珠港的“Z作战”，全部由海军组成，战役计划于1941年12月7日最先展开。

陆海军统帅部根据几次图上演习对攻占南方相关地区的进程做出如下估计：占领香港约20天，马尼拉约50天，新加坡约100天，爪哇岛大约150天即能攻克。最大的不确定因素在珍珠港！