公元前485年，大流士一世的儿子——薛西斯一世继位。公元前 480年9月，薛西斯一世率大军约50万众、战舰千艘越过达达尼尔海峡,水陆两路进犯希腊。为了抵抗波斯的侵略,以斯巴达和雅典为首的31个希腊城邦在科林斯开会，议决成立全希腊同盟，并决定由斯巴达人任同盟的陆、海军最高指挥。8月中旬，以斯巴达国王列奥尼达斯为首的希腊军队在温泉关顽强抵抗波斯军，列奥尼达斯及所部300名斯巴达士兵壮烈牺牲。温泉关陷落后,雅典人根据地米斯托克利的意见,将全部居民撤出阿提卡。9月下旬，在萨拉米斯海战中，以雅典人为主力的希腊海军300多艘战舰大败数量上占优势的波斯海军，击溃由600艘波斯巨舰组成的强大海军。此后,薛西斯一世撤回亚洲。公元前 479年，马多尼乌斯指挥的波斯陆军，在希腊度过冬天后再次占领雅典。旋即与由斯巴达摄政保萨尼阿斯指挥的希腊联军大战于普拉蒂亚。结果波斯军溃败，马多尼乌斯阵亡。
将波斯人赶出希腊本土之后，希腊联盟迅速走向瓦解。雅典一方坚持要将战火燃烧到敌国境内，而斯巴达则对出境作战不感兴趣。既然如此，公元前478年，由雅典领导的提洛同盟建立，开始出境与波斯军队作战。希腊人首先将战场转移至色雷斯和小亚细亚，并取得不小的胜利。同年，以雅典为首的希腊海军反攻波斯，攻进小亚细亚，小亚细亚诸希腊城邦脱离波斯的统治。这一年，这场战争以双方签订《卡里阿斯和约》而告结束，波斯帝国从此承认小亚细亚希腊城邦的独立地位，并且将其军队撤出爱琴海与黑海地区。公元前 468年，雅典将军西门在亚洲的埃于吕麦顿河口大败波斯海、陆军。此后波斯再未能发动重大反攻。
公元前465年，在希腊人咄咄逼人的攻势前难有表现的薛西斯一世去世，江山传给了他的儿子——亚达薛西一世。总体而言，亚达薛西一世继承的是一个强大的帝国，虽然在与希腊人的战争中败多胜少但并未伤及国家的根基，他仍有充分的信心战胜希腊人。
然而，最令亚达薛西一世感到不安的事情是大夏国与埃及的起义。（这个大夏国据考证为我国古书上所记载的“吐火罗”，大概在现阿富汗北部阿姆河流域。）由于力量薄弱，大夏的起义很快遭到镇压，而埃及的情况却十分复杂。
公元前463年，一个叫做伊拿卢斯的利比亚人掀起了起义。起义者占领了尼罗河三角洲的马里亚并于帕普立米斯与波斯大军展开决战，波斯惨败、总督被杀。至此，波斯人只能掌控上埃及部分。公元前460年，雅典派出强大的海军帮助埃及起义者抗击波斯大军。天下大乱之际，波斯帝国的版图上似乎一下子着了大火，独立与暴动风气云涌。
为了镇压埃及人的造反起义，波斯人进行了充分准备，首先是国际包围圈的形成。为了孤立埃及人、加强围绕王室的同盟，亚达薛西一世着手与埃及附近的各个民族搞好关系。包括腓尼基人、在亚兰人、巴勒斯坦地带的犹太人等。正是在这个大背景下，公元前458年，应犹太人的请求，著名的犹太律法师、大祭司以斯拉回到了耶路撒冷。
以斯拉眼前的耶路撒冷与灭国之前的耶京当然大不相同，甚至与刚刚建好圣殿的时候都相差甚远。这么说并非是讲这里格外萧条，问题出在此时的犹太人已经在面临着民族危机。由于与周边民族混杂而居，犹太人已经开始大规模与其他迦南居民通婚。不仅如此，出生的孩子已经越来越失去犹太民族传统，非但不会说本民族语言，新一代年轻人也开始转向其他宗教。犹太人是一个以宗教生活为核心的民族，几十年巴比伦之囚的生活刚刚在他们中树立起的信仰根基此刻是否就要毁灭继之以民族的逐步消亡呢？面对此情景，以斯拉做出了一个十分艰难的、硬着心肠的决定：已经与外族嫁娶的犹太人马上离异，恢复民族内部通婚传统。后人对此规定多有诟病，认为以斯拉过分刻板、缺乏温情，但是在那样一个危机四伏的年代里，为了维护一个民族的独立与生存，作出如上决定也还算是情有可原吧。
让我们把目光暂时移开，去关注一下希腊人和埃及人那里的事情怎样了。
先看看希腊这里。在希波战争以雅典领导的提洛同盟走向胜利之后，雅典一方被希腊人看作是维护民族独立的钢铁长城。与之相比，斯巴达领导的波罗奔尼撒同盟的威信受到挑战。公元前460年，原本属于波罗奔尼撒同盟的米加腊投靠雅典，于是两个同盟之间发生了冲突。当雅典海军在埃及与波斯人作战的时候，他们也不得不与自己的同胞在波罗奔尼撒平原展开对决。公元前457年斯巴达与雅典会战于塔那格利，雅典战败；公元前445年 希腊雅典与斯巴达缔结30年休战条约。雅典放弃在伯罗奔尼撒所侵占之土地，斯巴达则承认雅典的海上霸权，不干涉提洛同盟。由此，希腊半岛上形成了两大势均力敌的政治集团。
再来看看埃及那边。公元前456年，亚达薛西一世任命麦迦比佐斯将军向埃及进军。埃及与雅典人的联军在孟菲斯与波斯大军展开激战并被击溃，残部逃到普罗所皮提斯岛。然而，波斯人与腓尼基人形成了同盟关系，强大的腓尼基海军封锁了水面，一直将起义部队围困了将近2年之久。公元前454年，伊拿鲁斯兵败逃亡到尼罗河三角洲的森林地带时投降。麦迦比佐斯曾经向伊拿卢斯保证他只要投降就可以保命，但是几年之后亚达薛西一世国王依然背信弃义杀掉了埃及的起义者。王室的背信弃义令麦迦比佐司怒不可遏，他当时正任统治约旦河西岸总督，统管幼发拉底河和埃及之间所有领土。公元前450年，麦迦比佐司在约旦河西岸起义，公开与亚达薛西国王对抗。波斯帝国朝廷先后两次派来大军镇压均被骁勇善战的麦迦比佐司战败。最终，双方达成了和解，麦迦比佐司继续保有自己的总督高位，亚达薛西一世“赦免”他的反叛。
公元前449年,雅典海军又在塞浦路斯的萨拉米斯城附近大败波斯军，取得战争的最后胜利。
筋疲力尽的波斯帝国终于愿意坐下来与希腊人平等协商了。公元前448年雅典代表卡利亚斯与波斯签定《卡利亚斯和约》，规定波斯放弃对小亚细亚诸希腊城邦的统治，波斯军舰不得进入爱琴海，塞浦路斯归波斯管辖。
现在，我们回头看看犹太人在做什么。以斯拉的工作持续了好几年，大约在公元前448年前后，犹太人开始修筑耶路撒冷城墙。应该说犹太人建造城墙也是不得已而为之。事实上，自从亚达薛西一世登基以来，一系列的失败，引发国内统治的衰落，迦南一下子进入多事之秋，犹太人作为王室特别照顾的回归居民，在保护者实力衰落的时候，很容易受到本地定居者的攻击。为了维护自身的生存权利，他们建造城墙、保卫家园也是在情理之中。问题是，他们建城的时机不对。因为恰恰在公元前448年，在约旦河西岸发生了反抗波斯帝国的叛乱，虽然叛乱很快被镇压下去但是此刻任何一个建设城墙、修筑工事的行为都很容易被理解为与叛乱相关。
申诉揭发的信件很快送到亚达薛西手中，耶路撒冷的城墙工事被迫停止。这项工程的停止肯定不是和平进行的。执行者与犹太人之间肯定发生了冲突，以至于耶路撒冷遭到了外族攻掠和杀戮洗劫。
这个消息很快传到亚达薛西身边的一个酒政——尼西米耳中，这个犹太人对自己同胞的遭遇悲痛万分。尼西米想方设法告诉亚达薛西国王犹太人所处状况的真相，并要求派遣他去耶路撒冷。
平息埃及反叛的亚达薛西并不轻松，因为尼罗河三角洲西部此刻依然在埃及的另一个割据势力阿美蒂斯手中。此刻，修建耶路撒冷对帝国稳定埃及的作用无疑是积极的。于是，公元前445年，尼西米被派往耶路撒冷重筑城墙。为了防备外族的攻击，尼西米领导百姓，一手拿工具、一手持刀枪，工程持续了28个月，终于在公元前442年竣工。这样，在毁坏将近150年后，耶路撒冷城墙终于重新屹立。
犹太重建圣殿的时候，正是波斯亚达薛西一世在位期间。这个时期的波斯国力由于长期连绵的对外战争而显出疲态，希波战争的失败、对于小亚细亚和色雷斯领土的丢失使得波斯人一的国力大受打击。据古希腊著名历史学家希罗多德记述，在希波战争之前的波斯拥有海军战舰1207艘，海军官兵57万人；陆军步兵170万，骑兵8万人，骆驼兵和战车兵2万人，合计237万。此外，在小亚细亚和色雷斯还拥有当地军队30万之众。然而，经历两次希波战争，波斯军队损失巨大，除了海军被基本消灭之外，陆军也基本撤出了城邦联盟的势力范围。