牺牲无数将士、百姓人命，耗费无数钱财物力，关中得而复失，是刘裕一生最大的败着。一切的一切，皆由他想篡晋自立的私心而起。
平灭桓玄时，刘裕的九龙绣衣只是一两件小裤衩小背心。灭南燕、平卢循后，刘裕的内衣已经全部变成明黄色。定蜀地、灭刘毅、诛诸葛长安、驱司马休之以后，刘裕冠带袍袖间已经是插金边走金线遍绣金龙，待得他灭后秦归来，皇袍应是当衬服来穿，袖领之间的龙纹云影已经不用避人了。
刘裕当时已年近六十，岁月无多，但又闻谶言讲“昌明（孝武帝）之后尚有二帝”，等不及安帝“善终”，就密命中书侍郞王韶之得间酖杀安帝。
安帝虽是个大傻子，他弟弟琅琊王司马德文终日侍奉左右，王韶之等人一直没机会下手。418年年底，适逢司马德文患病，回府修养。王韶之就用衣带把大傻皇帝活活缢死于东堂，时年三十七。王韶之是王家大族之后，至此，翩翩世家大族子弟，已经成为寒人军阀弑帝的下三滥帮凶。
《世说新语•方正》有一则故事。大将军桓温权势最盛时，希望其部下王坦之女儿嫁给自己的儿子。按照现代人的想法，与大将军缔成儿女亲家，天掉馅饼的好事情。但是，王坦之没敢答应，说要回去问问父亲王述（蓝田）。王述老头很喜欢王坦之这个儿子，即使成年后，见了这个儿子也每次都亲热地抱之于膝上。王坦之心中忐忑，把桓温的意思说了一遍，王述闻言，当即大怒，把儿子推落于是地，怒声斥责说：“你怎么越来越傻啦，这么害怕桓温，士族女岂可嫁兵家儿”！其二，晋武帝时，宠爱将军胡奋之女胡芳，以为贵嫔。武帝与胡贵嫔玩樗蒲游戏，胡贵嫔性格爽快外向，与皇帝夺投矢，误伤帝指，鲜血淋漓。武帝很不高兴，瞪着胡贵嫔，说：“真是将种啊（意指其为兵家女没教养），这么粗鲁无礼”！胡贵嫔不吃这套，回嘴反道：“北伐公孙，西拒诸葛，不是将种又是什么”！言外之意是武帝你爷爷司马懿你爸爸司马昭不也是带兵打仗的吗，武帝你也是兵儿将种呵。这两则故事，皆可明白无误地表明，在两晋时期，士族们第的优越感是多么巨大，任你大将家再贵盛，再有生杀予夺之权，就是不会把我“士家女”嫁你“兵家儿”；武帝你再尊贵，骂贵嫔为“将种”，也会使泼辣的美女发怒，反辱相讥。
但是，自刘裕寒门成为帝王后，士族高门就一代不如一代了，他们一是更加固执地封闭门户阶层，自我职姻，二是不得不在各个方面向寒人阶级低头，昔日朝中清显的官职也都逐渐为寒素之人掌握，从前的荣光，渐渐淡褪。如果不依附“兵家”，世家大族的身家性命随时堪忧。
安帝死后，刘裕立琅琊王司马德文为帝，以应谶言帝数，是为夺晋最后一位皇帝：恭帝。
恭帝元熙元年（公元419年）八月，晋廷进刘裕为宋王，移镇寿阳。
公元410年三月，刘裕“欲受禅而难于发言”，就大集朝臣在寿阳欢宴。席间，为了试探诸人反应，他言道：“桓玄篡位，鼎命已移。我首唱大义，兴复帝室，南征北伐，平定四海，功成业著，遂荷九锡。今年将衰暮，崇极如此，物忌盛满，非可久安；今欲奉还爵位，归老京师”。
老头子突然表示要告老退修。“群臣惟盛称功德，莫谕其意”。事起忽然，在座大臣谁也不知道这位“宋王”葫芦里卖得什么药。晚间，宴会结束。
中书令傅亮出府门走出好远，忽然开悟。他连忙返回刘裕王府，连夜叩门请见。
刘裕马上开门召见。
傅亮行礼毕，先开口说话：“为臣我现在应该马上回都城建康”。
刘裕很高兴傅亮明白自己心思，也不多讲，只问：“需要多少人相随”？
傅亮答：“数十人即可”。
傅亮回建康，马上操办禅让典礼的事情，以诏命“征”刘裕“入辅”，并帮助刘裕定下一系列的重要人事安排。
420年阴历六月壬戌日，刘裕大队人马至建康。傅亮入宫，“讽晋恭帝禅位于宋”，并把已经拟好的诏草呈上，让司马德文照抄一遍。
“帝欣然操笔，谓左右曰：‘桓玄之时，晋氏已无天下。今日推国与宋王，本所甘心”！于是自书赤诏，“禅让”天下。至此，东晋亡国，自元帝建号江东，共103年国祚。
各种史书，对东晋恭帝当时的记载有异，但都有“欣然”二字。晋恭帝司马德文二十多年以来，自少年时代就随侍傻哥哥安帝左右，眼看着东晋一个权臣干掉另一个权臣，离乱苦痛，惊惧寒悸，傻哥哥不知，他自己皆饱尝个遍！兄皇暴死，自己被推上帝座，想必他也度日如年，如坐针毡，好似一个未得叛决书的死犯，天天愁坐宫中，忽然见到“判决书”，知道大戏即将谢幕，不能不“欣然”——恭帝内心深处可能还有一丝侥幸，自己的这种“欣然”和“甘心”，说不定刘裕会感到高兴，能让自己像退位后的汉献帝（山阳公）一样安死床箦。
六月丁卯日，刘裕登坛南郊，即皇帝位，是为南朝宋武帝，改元永初。封晋恭帝为零陵王，徙至秣陵县，派重兵禁守。
晋恭帝怕被人毒杀，常与其妻禇皇后自己煮食吃饭。一年多后，刘裕派褚皇后的褚秀之兄弟携毒酒去弑恭帝。两人先把姐姐叫出来说要拉家常，引开褚皇后。三个兵士跳墙入室，进毒酒给恭帝。恭帝信仰佛教，说：“佛教教义，自杀者不能转投胎为人身”。几个兵士闻言，也不犹豫，进前就用被子把恭帝活活闷死，时年三十六，在位才半年。
篡位而杀前朝帝王，就从刘裕开始。一报还一报，日后南朝末帝基本都是非正常死亡，均被新帝派人弄死。把人弄死就弄死了，刘裕还“朝率百僚举哀于朝堂”，大开“追悼会”。
一般朝代灭亡，大多亡于暴帝淫君之手。惟独两晋，实是亡于两个傻子，皆“行尸视肉，口不知味，耳不知声音者也”。当然，嫡长子继统，是封建法统应该遵袭的定律，但推愚君上帝座，那真是就拿天下当儿戏了。西晋惠帝被立为天子，还有大臣卫瓘、和峤出面谏劝晋武帝。待到安帝袭位，众位大臣只知保存自己大户门第，王恭虽为忠臣，但帝舅身份令他无一言出主意换掉这个傻外甥。司马道子虽无篡逆野心，更是乐得有个傻侄子尸位素餐，自己得以肆无忌惮地弄权。亲舅亲叔尚且如此，大臣们又有谁肯愚忠愚勇呢。愚君在上，庸臣在下，幸延迁二十余年以至于亡，东晋也不算太倒霉的朝代。
刘裕当皇帝不到两年，即因病崩亡，时年六十。
刘裕虽篡晋自立，后世史臣对此极少有微言相加。何者，武功盖世，莫可比伦——东灭慕容超，西擒姚泓，野心勃勃如赫连，觊觎得利如拓跋，北魏大夏这两个鲜卑、匈奴强悍种族的国家，皆对刘裕怀有惴惴之心，不得不讲大英雄果真是个顶天立地的男子汉！“自刘渊称乱以来，祖逖、庾翼、桓温、谢安经营百年而无能及此”。（王夫之语）而且，自刘宋以后，南朝的齐、梁、陈三朝一代不如一代，无尺寸国土拓展，且日渐削夺，越来越弱。“永嘉以降，仅延中国生人之气者，唯刘氏耳”。
刘裕为人，本性节俭，寡欲严整。称帝之后，也常穿连齿木履，在神虎门外散步为乐。他一生中两次北伐的光辉胜利，撑起整个南朝时代的立国基础，对于汉民族文明最终不为鲜卑等异族君主的野蛮暴力所残灭，应该立有大功奇勋。此外，由于他本人出自寒门，知民疾苦，来取了诸多行政措施，相对减轻了当地人民的负担，并对世家大族的横暴侵占进行了严厉打击，抑制了豪强势力。其子宋文帝日后鼎鼎大名的“元嘉之治”，实赖刘裕的丰厚基础而成。