刘裕坚决不同意皇帝出奔。“今重镇外倾，强寇内逼，人情危骇，莫有固志。若一旦迁动，便自土崩瓦解，江北又岂能可以逃得了呢”！

孟昶倒不是什么怯懦怀私的坏人，他就是坚信刘裕必败。见自己争不过刘裕，孟昶便在大殿上表示自己要自杀。

刘裕也气，说：“你先看我一战如何，再死也不晚”！

孟昶性急又固执，当晚回府，向皇帝休书一封，表奏：“当初刘裕北讨，意见不同，为臣我力赞其行，致使强贼乘间，社稷危逼，此乃为臣之罪也”。写完奏书，孟昶仰药自尽。未至山穷水尽，孟昶先自杀，可见这个人死得多不是时候。

徐道覆是个勇毅决断之人。听说刘裕已在石头城集兵设防，便苦劝卢循，从新亭疾趋白石，尽焚舟船，以示必死之志，然后数道进攻，毕全力于一战。

卢循一路大胜，更加有持重之心，回复徐道覆说：“我大军未至，孟昶就望风自裁。以此推之，敌军不久必自相溃乱。如果决胜于一战，万一有失，损兵拆将，不如按兵待之”。由此，卢循指挥军队驻屯于石头城的西岸蔡洲。

徐道覆深知小舅子多疑少决，回营后时左右叹息道：“我终为卢公所误，事必无成。倘我得为英雄驱驰，天下不足定也”！

刘裕得此喘息之机，派人广伐树木，在淮口遍树从栅，又筑查浦、药园、廷尉三垒，派重兵坚守。

呆了一段时间，见晋军内部没有任何溃乱现象，卢循又悔先前不从徐道覆之言，就指挥军队对晋军展开猛攻，皆不克而还。不久，又遇狂风暴雨，卢循许多舰只都倾覆翻掉，淹死许多兵士。卢循郁闷，列阵南岸，与晋兵相斗，已经缓过劲的晋军奋勇争先，贼兵又败。无奈之余，卢、徐两就指挥军队转攻京口，仍一无所得。

相持之间，刘裕玩起“心理战”。他派宁朔将军索邈率一千多鲜卑人组成的精骑兵，身披虎皮坚甲，五彩斑斓，装束奇特，每人手持一旗，自淮北至新亭，蹄声阵阵，威风凛凛。“贼并聚观，咸畏惮之”。

师老兵疲之余，徐道覆建议卢循退据寻阳，伺机取荆州，再寻取机会掉头进攻建康。

自此，卢、徐两人转攻为退，厄运也就开始。刘裕一面率军追赶，一面派沈田子等人率水军走水道绕海直袭番禺。

卢道覆集三万贼兵攻江陵，为荆州刺史刘道规打得大败，“单舸走还盆口”（九江附近）。不久，晋将孙处等人乘大雾突袭番禺，一天即攻克卢循老巢。沈田子等人也各率兵士，四击攻灭岭南的邪教残余势力。

安帝义熙六年（公元410年）底，刘裕集大军于大雷（今安微望江），“卢循、徐道覆师众数万塞江而下，前后莫见舳舮之际”。面对敌人最后的疯狂刘裕派出轻装小船，满载引火之物，同时，他下令晋军用劲弩猛射敌军，待敌船聚泊西岸时，晋军岸上、小船上的兵士齐投沾满油的火炬，致使贼军船舰着火，烟炎涨天，随即大溃，投水淹死者就有上万人之多。

卢、徐二人逃回寻阳后，欲奔豫章，便在左里（今江西都昌左蠡山）下栅，欲阻止晋军前进。左里之战，刘裕又大胜，晋军杀贼过万。至此，徐道覆逃返始兴，卢循往番禺方向奔返。

411年二月，晋将刘藩等人攻克始兴，斩徐道覆，四月，卢循率残军逃回番禺，又把孙处等数千晋军包围在内。带兵在岭南一带攻伐的晋将沈田子等人一合计，认为番禺是卢循老巢，怕城内人里应外合，便一齐回军，反包围了正在攻城的卢循。内外夹击之下，卢循大败，死数万余人，狼狈逃走，一路连连败绩，最后跑到交州附近（今越南北宁），与当地起兵反晋的俚、僚等蛮人合兵，进攻东晋交州刺史杜慧度。

杜慧度身处僻州，尽散家财以赏军士。晋军先在岸上向卢循舟船扔火把，然后又在两岸夹射浑身是火、四下奔逃的贼兵。

坐在华丽的指挥大船上，卢循自知此次难逃一死，便先用毒酒把自己的妻子、儿女十多人尽数毒死。然后，他把数十位貌美的姫妾召至座前，问：“我今将自杀，谁能和我一起死”？

眼见大势已去，诸位美女皆表示：“雀鼠尚且偷生苟活，从死实在太难”！只有两、三个死心眼的，低声言道：“官人欲死，我们也不愿活着”。

“考试”完毕，卢循让那两、三个愿死的美女出舱，放她们一条生路。接着，他抬出大酒一缸，尽数毒死了那些不愿与他一起同死的美女。怔忡片刻，望着满船的美女尸体，卢循攀上船头，赴水而死。

杜慧度得胜后，又杀掉卢循老父。找到卢循尸身，再把首级割下，用小箱子精致包装，送京师邀功。

至此，卢循，徐道覆折腾一年多，功败垂成，最终为刘裕所平灭。算上孙恩，“五斗米教”折腾了达十一年多，严重削弱了东晋的政权元气。虽然最终邪教被扑灭，东晋的国祚也差不多走到了尽头。同时，孙恩、卢循之乱，对王、谢这样的东晋世家大族也打击极大，子弟纷纷被杀不说，经济方面也遭受了巨大的损失，丧失田产家财无数，同时，随着他们力量的削弱，刘裕为代表的寒人阶级因军功不断窜上政权第一线，大族世家渐渐从主角变成了配角，混得好一点儿，也只能给将军们当当师爷和谋士了。

殊勋如此，晋廷授刘裕太尉、中书监，军权、政权，齐集一人之手。面对当时豪强横行、广行兼并的现象，刘裕大行惩戒，严肃纲纪，诛杀藏匿亡命的豪族之士多人，致使“豪强肃然，远近知禁”。

清除异已独擅权——刘裕诛杀“老同志”

灭南燕、平卢循，声名赫赫，刘裕便把他那“猎人”的目光转向朝内。首当其冲的，非刘毅莫属。

刘毅，字希乐，彭城沛人，与刘裕还是同乡。桓玄称帝后，刘毅、刘裕等人共谋起事，刘毅京口唱义，首斩桓修。此后，江乘之战，覆舟山大战，峥嵘洲大战，刘毅均身先士卒，殊死拼斗，桓玄之灭，刘毅确实有一大半的功劳。桓玄死后，刘毅又率军进讨桓振、桓谦以及冯该等人，平巴陵，降襄阳，入江陵，以功为晋廷拜为卫将军、开府仪同三司。

桑落洲一战，是刘毅威望急剧下挫的一个转折点，此战他所损失的不仅仅是数万精兵、无数辎重以及精良船舰，最重要的是他输掉了名声。以前，二刘均以平桓玄之功，在朝廷不相伯仲。如今，刘裕灭南燕大功省立，又把岭南削平，功业方面，刘毅这个败军之将再也提不起精神来与刘裕抗衡。

刘毅初败时，说实话，刘裕还不失厚道，对老战友还“深慰勉之”，复其本职，并未因其丧师败绩而落井下石。

安帝义熙八年（公元412年），东晋荆州刺史刘道规因老疾卸任，刘毅见有新机会，自告奋勇，以为国家开辟财源、养民富兵为由，申请外任荆州。刘毅此举，也可谓深思熟虑。建康朝中，他已经全然不是刘裕的对手，只能坐拥上流重镇，众兵在手，才有资格在暗中与刘裕校劲。

刘裕仍旧未起杀心，以诏命任刘毅为荆州刺史、都督荆宁秦雍四川诸军事。不久，刘毅又要求交州、广州也要由自己辖统，刘裕也照给不误。不久，刘毅又上奏要求把亲信郗僧施、毛修之等人委以重镇实职，刘裕还是一一同意。眼见事事皆准，刘毅居上流之地，渐有阴图刘裕之心。

同时，由于刘裕武人，刘毅“频涉文雅”，故而“朝士有清望者多归之”。人以类聚，东晋又有清淡之风，就连谢安的孙子尚书仆射谢混也和刘毅打得火热。刘毅爱好史籍，谈至蔺相如降屈于廉颇，就拍案大叹以为不可能。在平灭卢循的庆功会上，安帝在西池大宴群臣，诏群臣赋诗，刘毅诵道：“六国多雄士，正始自风流”。自知武功不如刘裕，刘毅只能向众人显示其“文雅有余”。

刘毅出镇前，往京口辞墓，刘裕自建康与其相会。临行前，宁远将军胡藩劝刘裕趁机拿下刘毅杀掉，刘裕沉吟半晌，说：“我与刘毅俱有克复之功，其过未彰，不可自相图也”。

刘毅到江陵后，不知谦抑，随意升降所统属官，并在不上报朝廷的情况下把豫州、江州等地万名文武随员和精兵划拔至自己麾下。更倒霉的是，每逢有大事发生前，刘毅就“疾笃”，估计是昔日死战冲锋身上多创伤的缘故使然。谋士郗僧施等人恐怕刘毅哪天暴死，一帮人失掉主心骨，便劝刘毅调他的堂弟刘藩来荆州给他当副手。