看见火候差不多，刘裕这才指挥晋军四面攻城。南燕尚书悦寿先前劝过慕容超投降，今见势不妙，便开城门投降。晋军喊杀入城，慕容超只带数十骑卫士仓惶出逃。没跑出多远，便被晋军悉数生擒。
刘裕坐于大帐正中，呵斥责问五花大绑立于帐中的慕容超，“数之以不降之状”。
慕容超“神色自若，一无所言”，只是声称自己死后要求晋将刘敬宣照看自己的母亲。刘敬宣是刘牢之之子，其父被桓玄攻杀时，他曾逃至南燕，与慕容超有交情。这慕容超也真是个做事没有条理之人。先前，他为了赎回母亲，把太乐诸伎送给姚兴；后来，为了能欣赏正宗宫廷音乐，他又派兵侵掠乐晋，抢来南方士女进行音乐培训，最终寻致刘裕的进兵乃至亡国。国亡之时，小伙子这才又想起母亲，真不知他这份孝心起起落落是怎么转的，最后家国性命全部搭上。
刘裕命人把慕容超关入槛车，送建康市处斩，时年二十六，在位六年。行刑之时，这么俊美神秀的美男子好头颅被钢刀砍落，估计不少围观士众会发出深深的叹息。
由于痛恨广固城久攻不下，刘裕想要把城内男丁全部坑杀，并以其妻女赏将士当婢妾。晋将百分百同意，倒是降臣韩范进劝：“晋室南迁，中原鼎沸，士民无援，强则附之，既为君臣，必须为之尽力。这些人皆衣冠旧族，先帝遗民，今王师吊民伐罪，如果尽坑广固之人，恐怕西北之民再无来归之意”。
刘裕“改容谢之”，听取了韩范的谏劝。
但是，“犹斩王公以下三千人，没入家口万余，夷其城隍”。
估计这三千人中，慕容王族肯定占多半，男女老少，婴孩不免。慕容氏的前燕灭亡，苻坚待他们不错。不仅一个未杀，个个还送有权有地的大官做。但淝水战后，正是这些慕容家族的人所在蜂起，“人面兽心”，最终导致了前秦帝国的覆灭。慕容王族的子弟们以兴燕为名，建立了后燕、北燕、南燕、西燕，称王称帝，在北中国折腾个不停。风光一时，亡国时皆被敌国整族烩掉，渣都不留——苻坚大帝“柔仁”的前车覆辙这么逼迫真切，谁都不想给这一个几乎个个男人长相俊美的家族任何人任何机会。后世儒臣史家对刘裕的屠杀多有微词，笔者认为大英雄此举是舍小仁存大义。假如遗漏了哪个狼性王族的后代，没准又称王称帝，战事一起，死亡的恐怕不仅仅是三千，得是三万、三十万，甚至数百万！
其它几个慕容燕国，国亡时宗室也大多被连根株除，使得中国历史上基因甚是优秀的一个家族基本上被消灭殆尽。所以，金庸老先生武侠小说中的慕容姓氏的英雄们，确属空穴来风，和金大师笔下大侠们的神功一样，五彩斑斓，绝不可信！
平灭邪乱收岭南——刘裕击卢循
正当刘裕在广固大阅兵士、校校户籍、统计战剩品数目时，患生腹心，孙恩邪教逃亡至岭南的残余势力卢循、徐道覆忽然率大军分两路直杀建康，几乎端掉东晋的首都。
卢循，字于先，小字元龙，是西晋卢谌的曾孙（大英雄刘琨最有名的《重赠卢谌诗》一诗，就是赠给这位东晋“大贼头”的曾祖。其五世祖卢志，也是晋朝忠臣，曾在成都王司马颖手下任幕僚长，作过不少利国利民之事。不知咋的，到了卢循这辈，他娶了妖贼孙恩之妹为妻。孙恩生性严酷，杀人无算，当时卢循还时常加以规劝，“人士多赖以济免”，可见，卢循仍是书生性情，不算大恶之人。史载，卢循“双眸冏彻，瞳子四转，善草隶奕棋之艺”，是个不折不扣的士大夫子弟。
孙恩死后，卢循被造反余众推为首领，从海路逃到番禺。占据广州后，他又“遣使贡献”，晋廷当时正值多事之秋，便封孙恩为征虏将军，广州刺史，平越中郞将，封卢循姐夫徐道覆为始兴相。
刘裕率大兵征伐南燕的消息一传出，徐道覆非常高兴，忙派人前往广州，劝卢循乘晋廷内虚时主动出击。卢循大概当时感觉正惬意，名为大州刺史，实为小国国君，天天诗酒茶棋书画小日子过得挺爽，根本不想找东晋麻烦。
徐道覆坐不住，从始兴（今广东韶关附近）亲自赶往番禺，面见卢循，说：“朝廷一直把您当腹心之患，刘公（刘裕）现正被牵制于坚城之下（广固），等到他擒灭慕容超回朝，肯定会亲自率军齐集豫章，派锐师越山过岭，到时候，您再英明神武，也只能束手投仗。今日之机，万不可失。如果我们占领都城建康，刘裕即使率军赶回，也无可奈何。如果您不从我计，我自己率始光之军单独向寻阳挺进”！“（卢）循甚不乐此举”，但又无法辩驳姐夫，只得依从徐道覆，发兵相从。
于是，徐道覆从始兴出发，一路连克南康（今江西赣州）、卢陵（今江西吉水），直杀豫章（今江西南昌）。当时，东晋镇南将军何无忌在豫章驻守，这位爷在刘牢之、刘裕手下时远谋深见，待他自己独挡一面，却显得轻脱少谋。眼见徐道覆贼兵重楼巨舰顺流而下，长史邓潜之进谏：“此战系国家安危，贼人自上流而下，舟舰大盛。我们应该掘开南塘之水，坚守城中，与其相持，俟其兵老师废，然后趁势出击。否则，弃此万全之策，决成败于一战，万一失利，悔之无及”。
何无忌不从，命军将登战舰迎击贼兵。双方交战，大风甫起，何天忌所乘的指挥舟被风吹至东岸，贼军数艘大舰直逼靠来。晋兵见主师不免，顿时崩溃，加上贼军多是三吴“思归忘死之士”，杀兴正酣，如此危急之时，何无忌还大叫“取我苏武节来”，辞色不挠。贼兵刀枪齐下，把何大将军分尸数段。
卢循方面，也是所向皆捷，连克湘东（今湖南衡阳）、长沙诸郡，进至巴陵（今湖南岳阳）。
南方诸郡败讯继至之时，晋廷还没有接到刘裕平南燕的捷报，惊慌之下，只得连遣数道急使，征刘裕回军驰援建康。本来，刘裕最初的打算是在平燕之后，驻镇下邳，休养几年后再一举攻克关洛之地。听说都城一告急，刘裕只得“即日班师”，显夜驰还。
大军行至下邳，刘裕命人以船只远送辎重，自己亲率精锐部队急行军从陆路奔还。刚到山阳，何无忌死讯传来，刘裕如雷轰顶，只带数十卫士，卷甲兼行，疾驰至淮上，向过往旅客打探消息。旅人纷纷告言：“贼军还没到，如果刘公回来，我们也就没什么可怕的了”。
刘裕闻言大喜，“单船过江，径至京口”。众人见到刘裕本人，都大松一口气。
驻镇姑孰的东晋抚军将军刘毅本来在卢循刚起兵时就“抗表南征”，但忽患病，一下子到了病危的地步。延迟数日，病势减轻，他又马上要提兵灭卢循。桓玄称帝，刘裕、刘毅联手起兵，声名不相伯仲。眼见刘裕平灭南燕，刘毅心中不服，也想立功显咸。
刘裕闻讯，忙写信给刘毅，提醒他提防卢循、徐道覆等人奸谋多端，善打游击战，希望刘毅准备充分，与自己合军击灭贼众。为了说服刘毅，刘裕还派刘毅堂弟刘藩前往劝谕。
刘毅读毕刘裕亲笔信，大怒，投之于地，对堂弟刘藩说：“当初平桓玄，我是因为谦虚才把首功推让于刘裕，难道为此你们便以为我不如刘裕了吗”！于是，刘毅亲率二万水军自姑孰出发，直发建康。
徐道覆听闻刘毅来逼，舍江陵而不攻，马上报卢循：“刘毅兵重，成功在此一战，宜并力攻杀”。于是，两个贼头连兵而下，约十多万兵将，乘千余艘战船，与刘毅晋军大战于桑落洲（今江西九江附近）。
本来就众寡不敌，徐、卢两人又是计谋之士，邪教教众斗志又比寻常军士勇锐，双方一交手，晋军大败，刘毅本人只与数百兵逃得性命，遣弃战船、辎重、器械无数。
晋廷知悉刘毅军败，惶惧异常。当时，刘裕北还将士不仅因长途行军而疲乏不堪，又多伤病，战斗力极差。建康守军不过数千，皆有畏惧之心。刘毅败还的军士回城，都讲敌军势盛，惊恐成为传染病，一发不可收拾。确实，卢循、徐道覆“战士十余万，舟车百里不绝，楼船高十二丈”，浩浩荡荡，势不可当，着实吓人。
朝中大臣孟昶、诸葛长民眼见建康危急，便想拥安帝过江以避兵锋。孟昶可称是个乌鸦嘴，当初刘毅、何无忌出战，他均预言会战败，结果两人果然一出即败。至此，他又在朝议中表示刘裕出兵，也会重蹈覆辙，“众颇信之”。