孙恩军队迅速推进。谢琰正要吃午饭，听说贼军来袭，推食而起，大言道：“先灭此寇而后食也！”于是，这位谢公子跨马而出，挥兵赴敌。晋军前锋将桓宝勇武，摧锋陷阵，一时间还真杀了不少孙恩贼兵。

谢琰方面，军士于河塘之间窄路行军，鱼贯而前，这样一来，正好被两边的孙恩水军当作肉靶，晋军接连应弦倒毙，一片狼籍。混乱之下，谢琰指挥不利，晋军大败。逃跑途中，崇信“五斗米道”的邪教信徒、谢琰账下都督张猛露出狰狞真面目，从背后袭击谢琰，杀掉了这位美男子将军及其两个儿子。

好运不会再至。谢琰父子在淝水大战借天时地利人和，轻易大获全胜。至此，再无谈笑灭敌的时机，终于失掉俊美好头颅。

安帝隆安五年（公元401年）三月，孙恩又大出硖口，被刘牢之击走；四月，孙恩转攻海盐，又为刘裕所败；七月，孙恩从水路忽然出现在丹徒（今镇江），兵士十多万，战舰千余艘，建康晋廷震骇。

当时，刘牢之自山阴邀击孙恩，赶到时孙恩军队已经过去，于是他又命刘裕自海盐入援京师。刘裕率八、九百人的疲惫之师，不加喘息，直接向占据蒜山的贼众冲杀。由于出乎意料，贼兵惊遁，掉落山中和水中而死的不计其数，孙恩狼狈不堪，勉强有命得还船中。

虽经此败，孙恩仍有数万军卒，便又整兵，出人意料，径向建康杀来。司马元显率兵抵拒，连战连败；其父司马道子当起缩头乌龟，故伎重施，天天亲自去蒋山，跪于蒋侯庙中祈祷。

由于孙恩楼船巨大，行进速度不够快。行至白石，闻知晋军数路已经入援京师，孙恩便浮海北走郁洲（今江苏灌云）。晋廷以刘裕为下邳太守，命其进讨孙恩。双方交战，刘裕连胜。孙恩“由是衰弱，复缘海南走”，刘裕一路帅军尾追。

桓玄方面，坐拥数镇，手握强兵，自以为已经拥有东晋三分之二版图，就屡屡派人上献表示自己能为帝王的符瑞，借以惑众。同时，他又写信给当朝的会稽王司马道子，指斥朝廷所用非人，使国事沦丧至此。

司马元显见到桓玄书信，“大惧”，问计于其“高参”张法顺。

张法顺表示，“桓玄刚刚掌握荆州属地，人情未附，可命刘牢之进军征讨”。司马元显深以为然。恰巧当时的武昌太守庚楷惧怕桓玄起事后连累自己，密派人向司马元显示好，表示要作朝廷内应，以诛桓玄。司马元显闻之大喜，以为大事可定。

张法顺到京口后，把司马元显讨伐桓玄的意思告诉了刘牢之。刘牢之武将出身，深知桓玄智勇双全，又有强兵，就表示说“此事甚难”。

张法顺回京，劝司马元显召刘牢之入京杀掉，并领其军，免得坏掉大事。司马元显不敢听从要他杀刘牢之的建议，只是下令紧急装备水军，准备讨伐桓玄。

东晋安帝元兴元年（公元402年）二月，晋廷下诏宣示桓玄罪状，以尚书令司马元显为征讨大教督、都督十八州诸军事，加黄钺，主持征伐。又以刘牢之为前锋都督，以谯王司马尚之为后援，齐军合力讨桓玄。又下诏加会稽王司马道子为太傅，安帝是个大傻子，所有这些诏令，均出自司马元显及其左右之手。

张法顺劝司马元显杀掉桓修等所有桓氏亲族，并出主意命刘牢之杀桓谦兄弟以示无贰心。司马元显毕竟是二十出头的小伙子，统驳之术缺乏，对这些主意均不采纳。

桓玄虽有代晋的野心，也没料到晋廷反应如此迅速。闻知晋廷出兵，桓玄也大惊失色，想退据江陵，固城以求自保。其长史卞范之谏劝：“明公您声威播于远近，刘牢之大失物情，司马元显乳臭小儿，如果明公直逼京师，其土崩瓦解之势可立时出现；假若退缩不前，延敌入境，后果不堪设想！”

桓玄聪明人，经此点省，大喜。他留兄长桓伟守江陵，抗表传檄，历数马司元显罪恶，自统大军，一直东下。行前，他又派人把事前向司马元显通风报信庚楷关押起来。

看见桓玄檄书，司马元显“大惧”。

三月，安帝在皇宫西池为司马元显饯行。公卿满座，司马元显硬着头皮，慷慨激昂了几句，痛饮壮酒数杯，提剑直上战船。进入船舱，小伙司马元显心惊胆战，一直没敢下令开船。

刘牢之方面，一直非常憎恶司马元显。他害怕平灭桓玄之后，司马元显会更加骄恣。同时，又怕鸟尽弓藏，功高不赏，因此刘牢之一直首鼠两端。此时，他有一种一相情愿的想法：先借桓玄之手除掉司马元显，然后，瞅准机会，再借机干掉桓玄。刘牢之参军刘裕自告奋勇，要领兵击桓玄，当然不见允许。

桓玄当然不会闲着，他派刘牢之的族舅何穆前去游说，劝刘牢之说：“自古有大功之人，罕有全者。越王勾践之文种，秦王之白起，汉朝之韩信，身事明主，为之竭尽死力，功成之曰，犹不免被诛，况旦当今掌权的是昏凶的司马道子父子。明公您今日之势，战胜则倾宗，战败则覆族！不如翻然改图，可与我桓玄一起，长保宝贵！”

这些攻心之语有理有据，说得刘牢之连连点头。

刘牢之之子刘敬宣、其外甥何无忌以及参军刘裕皆谏劝，认为桓玄狼子野心，是董卓再世，应严加防备，不宜与其交通。刘牢之大怒，说：“我当然知道桓玄不是好东西，今日取桓玄易如反掌。但是，平灭桓玄之后，司马元显又会想方设法除掉我们！”

于是，四月十五日，刘牢之派其子刘敬宣前往桓玄处，表示归降。手拥强兵、身坐大镇，刘牢之竟出此下策，可谓是自取灭亡。

桓玄、刘牢之两人已经结盟，司马元显那边还迟迟未发。

正在苦思到底下令开船进击还是留于原地伺机行事之际，司马元显忽闻桓玄已至建康郊外新亭。小伙子顿时魂飞天外，弃船上岸，退屯国子监。不久，他又觉不妥，骑马在宣阳门下令外布阵。

刚刚列阵停当，军士们交头接耳，都讲桓玄大军已入台城南面。司马元显闻之恐惧，想率军逃入皇宫躲避。晋军好容易成列布阵，现在又掉头整队往皇宫方向急行军。

桓玄先前已派先头部队数十人入城，见晋军返军，就拨刀在他们身后大叫“放仗！”（放下武器）

“军人皆崩溃”，未用一刀一抢，司马道子父子几万大军顿作鸟兽散。回头一看，司马元显只见张法顺一骑跟从，余人皆跑得影都不见。

逃入东府，司马元显向其父司马道子问计，道子连连摇头，不出一语。父子二人相对而泣。

桓玄统军，浩浩荡荡入建康。晋廷以桓玄为丞相、录尚书事、都督中外诸军事，一统文武大政。

清算开始。桓玄命人送司马元显（包括他六个年才两、三岁的儿子）、司马尚之、庚楷、张法顺等人于闹市斩杀，并流放会稽王司马道子于安成郡。未几，桓玄派人毒死了这位把持东晋朝政多年的酒色王爷，时年三十九。

处理了会稽王父子及其党羽，桓玄自然把刀头掉向刘牢之。

桓玄借朝廷诏命，以刘牢之为会稽内史。

刘牢之闻讯，大出意料，惊呼：“怎么，这么快就夺我兵权，大祸将至呵！”

刘敬宣返军，劝其父刘牢之发奇兵击袭桓玄。刘牢之犹豫不决，移军屯于班渎。

刘牢之招来刘裕，说：“我想北去广陵，举兵以讨桓玄，你能跟随我吗？”

刘裕拒绝。“将军以劲卒数万，望风降服。桓玄新得大胜，威震天下，朝野人情均已去矣，您又怎能到得了广陵呢？至于我吗，现在只能还于京口。”

刘牢之外甥何无忌尾随刘裕走出营帐，问：“我怎么办？”

刘裕说：“镇北将军（指刘牢之）必不免于祸，卿可随我还京口。桓玄若守臣节，当与卿事之；不然，当与卿共图之！”

刘牢之不死心，大集僚佐，商议要据江北以讨桓玄。

众人默然久之。参军刘袭站起，大声道：

“事之不可为者莫过于反。将军您往日反王兖州（指王恭），近日反司马郎君（指司马元显），今复反桓公（桓玄），一人三反，何以自立！”言毕，刘袭拂袖而去。刘牢之身边佐吏多散走。

刘牢之见大事已去，又悔又惧，忙派儿子刘敬宣去京口迎取家眷。过了几天，见刘敬宣失期不至，刘牢之以为事泄，一家人可能全为桓玄诛杀，便慌忙带领几个家丁往北逃。行至新洲，老英雄徬徨无计，悔得肠子都青，夜间自缢于林中。刘敬宣慌忙来奔时，见老父已自挂东南枝，来不及哭丧，他乘黑渡江逃往广陵。