晋军初战告捷。谢琰、刘牢之政府正规军一到，孙恩乱民之伍根本抵御不住，纷纷败北。
乱世出英雄。正是孙恩之乱，引出一位日后功高一时、终于篡晋的大英雄刘裕。
刘裕本京口寒贱之人，“仅识文字，以卖履为生”，又好赌博，斗鸡走马，其实就是个横行乡里的流泯。刘牢之击伐孙恩，良莠不分，四处招人，只要有好身板能提枪射箭就行。由此，刘裕加入了晋军，任类似侦察排长的低级军职。一次，刘裕外出执行巡逻任务，突遇邪教贼众数千。刘裕地痞出身，军力悬殊至此，丝毫不惧，带着身边十几个人就冲上前。很快，从人皆死，刘裕本人也被贼人用枪捅到了河岸之下。邪教分子们也不怕死，一窝蜂上前，想跳下去斩杀这位东晋小头目。刘裕手执长矛，仰头乱捅，竟然又挑死数名贼人，一跃重新跳上岸，大叫冲杀，数千贼众吓得一哄而走。刘裕边叫边杀，成百邪教徒均死于他的矛下。如果当时没人看见，任凭刘裕自己怎么讲，别人也不会相信一人敌几千的“天方夜谭”，偏偏刘牢之之子刘敬宣发现刘裕侦察小分队出外很久不归营，便率军出来寻找，正好瞧见刘裕一人“独驱数千人”的奇景，一帮人一时间竟然都忘了上前帮忙，立于原地感叹不已。“因进击贼，大攻之，斩获千余人。”一战成名，刘裕就这样横空出世了。
当初孙恩攻破八郡，大笑着对手下人讲：“天下无事了，当与诸君共至建康”；不久，听说刘牢之发兵，孙恩又讲：“我割浙江（钱塘江）以东，不失作一勾践！”接着，又听闻刘牢之大军过江，孙恩倒豁达，忙讲“孤不羞走”。说话算话，孙恩忙裹胁二十多万男女百姓向东逃窜，并沿路丢弃金银财宝，推落抢来的美貌少女于道中。刘牢之所率晋军纪律很差，各自争抢美女宝物，竞使得大邪教头子逃跑而去，窜入海岛匿藏。
三吴士民翘首企待“官军”，但刘牢之纵兵暴掠，大失人望。
晋廷怕孙恩再来，任谢琰为会稽太守，率兵戍守海浦。
年青的权奸司马元显自以为平孙恩皆是自己的功劳，更是骄狂差点飞上天。左右佞谀小人有的夸他一时英杰，有的夸他风流名士，司马元显皆信以为然，命朝中大臣均要向自己下拜见礼。
趁着孙恩之乱，昔日的盟友桓玄、殷仲、杨佺期三人相互皆想干掉对方。杨佺期粗人，不停送书殷仲堪，要突袭桓玄。桓玄深知杨、殷两家婚姻相结，在旁伺窥自己，便上书晋廷，要求增加自己统领的地盘。为了离间这三个人，晋廷就加桓玄都督荆州四郡军事，又以桓玄的哥哥桓伟代替杨佺期的哥哥杨广为南蛮校尉。
愤惧之下，杨佺期勒兵建牙，以北伐为名（当时后泰姚兴进攻洛阳），想约殷仲堪一同出兵进讨桓玄。殷仲堪既惧桓玄，又怕杨佺期得势后骄横，不仅不答应出兵，还派堂弟殷遹屯于江陵以北，遏止杨佺期的进兵。
殷仲堪一向多疑少决，他手下谘议参军罗企生就对弟弟罗遵生表示：“殷公仁而无断，必及于难。吾蒙公知遇，义不可去，誓与俱死！”
由于当时荆州地区忽发大水，殷仲堪不得不开仓济民，仓廪全空，军队乏粮。桓玄闻讯，顿时起了乘虚伐人的意图。他先派军袭取了殷仲堪在巴陵的谷仓，然后送信与殷仲堪，表示说自己要带兵讨伐不思进取、遗弃皇陵的杨佺期，命殷仲堪杀掉杨佺期之兄杨广。同时，桓玄又暗中派人写密信给正在殷仲堪处的兄长桓伟，让他作内应。桓伟胆小如免，惶恐不堪，把桓玄的密信暴露殷仲堪看。殷仲堪大惊，把桓伟软禁为人质，亲自写信劝桓玄不要起兵，“辞苦甚至”。
桓玄大军齐进，没有任何犹豫，他对左右说：“殷仲堪为人无决断，常怀成败之计，私心甚重，我兄虽为其所拘，肯定没有性命之忧。”
殷仲堪见桓玄撕破脸皮，只得苍促应战，忙派堂弟殷遹帅七千水军至西江口以抗桓玄军。桓玄调度有方，派属下郭佺、苻宏（这位苻宏不是别人，正是苻坚大帝的太子爷。投降晋朝后，晋廷把苻宏安置在江州，现为桓玄所用）进击，大败殷遹。杨佺期之兄杨广来救，也被桓玄军打败。
困守江陵的殷仲堪狼狈至极，由于城中无粮，只得用原本要榨油的芝麻当军粮给守军食用。芝麻吃一、两匙挺香，当饭吃可就不行了，军士们纷纷拉稀，茅坑里遍是消化不掉的芝麻臭香之气。
桓玄大军乘胜，进至零口屯军，距江陵才二十里远。殷仲堪无奈，只得急召杨佺期来救。杨佺期起先不答应，表示江陵无粮，他要殷仲堪率军突围，与自己一起共守襄阳。
殷仲堪“志在全军保境”，不想丢弃自己的州土奔亡到别人的地盘，就派人骗杨佺期说：“近来四处征粮，已有足够的军储。”
杨佺期信以为真，傻不几几地率步骑八千，精甲耀日，一路大张旗鼓而至江陵。
到了城外，殷仲堪派人送饭，只有粗米供杨佺期八千大军食用，聊供一饱而已。杨佺期大怒，狂吼一声：“这下完了！”气极之下，他连入城与殷仲堪相见也免了，与其兄杨广指挥军队，直扑桓玄军，作殊死一斗。
眼见杨佺期不要命，桓玄心惧，怕撤军至马头以避其锐。转天，杨佺期气红了眼，率领军队急击桓玄大将郭佺，临阵差点活捉对方。正在郭佺抵抗不住的关头，桓玄领兵加入战事，由于人多势众，杨佺期军士肚子又空，最终杨军大败，八千人被杀得一个不剩，杨佺期单人独骑逃往襄阳。半路，被桓玄军人追及，立刻斩杀。
龟缩于城中的殷仲堪眼看杨佺期军败，也三十六计走为上计，开门出逃，想往酂城逃避。半路，听闻杨佺期已被杀，殷仲堪又改变逃跑方向，准备出奔长安投后秦。没走多远，桓玄大将冯该率军堵在路中，生擒了殷仲堪。
根据桓玄事先“指示”，冯该扔给殷仲堪一把刀，要他马上自杀。事已至此，再无他法，一向能言善辩的大名士一个字也讲不出来，只能闭目横刀，自刎而死。
至此，桓玄昔日两位强有力的盟友，皆为其所灭。
殷仲堪从江陵逃跑时，只有罗企生一个属官跟从。经过家门时，罗遵生把哥哥从马上拉下，马上抱住，哀求说有老母在家，不要哥哥随殷仲堪去死。殷仲堪急于逃命，便也未等罗企生，率从人奔马而去。桓玄大胜后，殷仲堪昔日的从属皆前去拜见，惟独罗企生不往，并为殷仲堪料理丧事。
桓玄恼怒，但由于从前两人有交情，就派人对罗企生说：“如果当面向我道歉，我就放你一条生路。”
罗企生对来人讲：“我是殷公下属，兵败不能救援，内心惭愧，又有什么可向桓公道歉的呢。”
桓玄命人逮捕罗企生，准备当众斩首。刑前，桓玄又派人向罗企生有何遗言。
罗企生回答：“文帝杀嵇康，其子嵇绍为晋忠臣；我有老母，求桓公赦免我兄弟以为老母养老送终。”
于是，桓玄杀掉罗企生，赦其弟罗遵生。
以此观之，桓玄心胸狭隘，终非能成帝王大业者。
桓玄攻杀殷仲堪、杨佺期后，晋廷无奈，只得一任其请，下诏以桓玄都督荆、司、雍、泰、梁、益、宁七州诸军事，荆州刺史。桓玄仍觉不满足，固求江州刺史也要加上，晋廷也不得不答应。
桓玄这边刚消停，孙恩却不闲着。安帝隆安四年（公元400年）春，他率人又出袭晋军。
谢琰方面，在会稽镇定得过头，天天诗酒欢狂，根本不把孙恩放在心上。淝水之役，这位美男子曾亲自率八千精兵，以辅国将军的身份冲锋陷阵，与堂兄谢玄并肩作战，轻取大功，因勋劳获封为望蔡公。但是，到任会稽后，谢琰无绥抚之能，不修武备。府中将师纷纷劝谏，要谢琰提防孙恩卷土重来。谢琰不听，大言道：“苻坚百万，尚送死淮南。孙恩残贼遁海，何敢再来。其能果真再来，正是天杀国贼，令其速死！”
孙恩出浃口（今浙江镇海），入余姚，破上虞，一下子就打到山阴以北三十多里的地方。谢琰派出的两军皆败，众人都劝主师应持重严备，分兵设伏以待贼军。谢琰不听，仍旧名士派头，像他老爸那样“镇定自若”。