公元324年八月（晋明帝太宁二年），王敦以诛温峤为名，让大哥王含等率五万多水陆精兵，一时并进，直奔建康杀来。
假使明帝司马绍是孱弱之主，王敦可一举成功。但这位青年皇帝有“文才武略，钦贤爱客，雅好文辞”。大战之前，以万乘之尊，明帝司马绍竟能自己微服出行，带几个从人骑兵至姑孰，侦察王敦的兵力部署情况。
明帝穿着普通，但相貌不凡。他的母亲荀氏一族是燕代一带的人，有鲜卑血统，黄须白面。
听兵士讲营盘附近有个长着金黄胡须的人四处转悠，王敦于病床上闻声惊坐，大叫：“此必黄须鲜卑奴来也！”忙派骑兵四出追捕。明帝见势急，上马驰奔而去。一路上，每有停歇，他就让从人用冷水浇马粪，追骑见马粪冰凉，认为敌人侦骑来不及追赶，就止马当地。“帝仅而获免”。如果推举皇帝级的“孤胆英雄”，东晋明帝司马绍应该数一数二。
王含是王敦大哥，可龙弟鼠兄，才能相差甚远。越城一战，明帝属下将军段秀（鲜卑段匹磾之弟）以千把号人大败王含，并斩杀前锋将何康。
听闻大哥出兵即败，王敦大怒：“我兄，老婢耳。门户衰，大事去矣！”本想强撑病体，亲去前线指挥。无奈病入膏肓，刚坐起身就一阵眩晕，摔倒于床上。很快，王敦就病重身死，时年五十九。
《晋书》记载，王敦死前表示要王应即位为帝，先立文武百官，然后再为他发丧。想来想去，殊不可解。王敦深知自己将亡，不可能还思前想后让不争气的过继儿子王应称帝以招灭族之灾。成王败寇，败者一方的“事迹”只能由“胜利者”汇述了。
王应真是死狗扶不墙。形势如此严峻，他既不明言称帝，给部下一个当开国功臣的“盼头儿”；也不为王敦发丧；更不思忖攻守谋略。这个败家子真真不知忧愁为何物，天天与手下几个狎客纵酒淫乐。至于王敦的尸首，被这个不肖之子用席子包裹起来，外面涂了几层厚蜡，埋在议事大厅地下。假若王大将军死后有灵，天天躲在大青石板下面，严严实实被包裹得像个粽子，在地下静听逆子（应该是逆侄）在他上面大玩groupsex，丝竹声声，肉搏阵阵，一辈子以豪爽著称的驸马爷、大将军，也只能哀叹自己命运不济了。
晋明帝方面，又派出吴兴人沈桢去诱降王敦的铁杆死党沈充，许以司空高官。
沈充关键时刻非常象条汉子。他拒绝了明帝的“好意”。“三公之位，应由望美才高的人担当，岂是我辈能及。以此甘言厚币诱我，不敢生受。况且大丈夫相交共事，当存始终，岂能中道变易。果真如此，世人能容我的反复之举吗！”言毕，沈充提兵，直奔建康，率万余人与王含合军。
沈充虽有侠义之风，战非所长。有人建议他决挖玄武湖水倒灌建康，乘大水舟行而进，可一举成功。沈充犹疑，不能从计。
相持之间，各地勤王兵马纷纷赶到，尤其是临淮内史苏峻所率兵众，战斗力很强。沈充、钱凤两人一合计，觉得苏峻等人远道而来，兵将疲困，应该先发制人，便合兵主动进攻建康城。两军交战，沈充等人还占了先机，把东晋军队打得节节败退，一直追杀到宣阳门。
叛军正清除路障，准备一举攻城之际，本以为远来疲惫不能出战的苏峻等人忽然率众冲出，横击沈充、钱凤的攻击兵士。
沈充等人大败，手下兵士掉入江水中淹死的就有三千多人。未及喘息，东晋刘遐一军又再次大破沈充于青溪。
最草包的当属王含。好几万劲卒在手，他没有配合沈充进攻建康，只是在一旁观望、逡巡。得知沈充败讯后，更是三十六计走为上，连夜烧营夜遁。
王含带着儿子逃往荆州，想投靠堂弟王舒。不料，迎接他们父子的不是热酒美食，不是殷勤笑脸，而是冰冷的锁链。六亲不认的王舒把堂兄、堂侄锁起，话也不多说一句，当众扔入江中淹死，以“实际行动”与王敦、王含划清了界限。
钱凤跑到阖庐洲，也被本是同一阵营的寻阳太守周光斩杀，拿着他的脑袋到京城“诣阙自赎”。
兵败如山倒。沈充慌不择路，闯入昔日手下将吴儒家避难。古语云，“有急莫投亲旧”。吴儒一脸坏笑，把老上司沈充诱至复壁内，咣当一声把一大块石头挡在暗外门。他爬到高处，自上而下笑着向从前恩将说：“我可得三千户侯啦。”（晋政府当时以五千户侯悬赏斩钱凤，以三千户侯悬赏斩沈充。）
沈充倒也冷静，仰头对沈儒讲：“封侯不足贪也。尔以大义存我，我宗族必厚报汝。若必杀我，汝族灭矣。”
吴儒小人，当然不信“死灰复燃”之理，一脸狞笑加冷笑，与僮仆数人矛刃俱下，把沈充活活捅死在狭窄的夹壁当中，又割下沈充脑袋到京城领取封赏。
沈充江东几代大族，枝蔓繁广，临死之前一段话，也是有恃而言。但他自己万万不想不到的，替他报仇的不是沈姓亲族，恰恰是他自己的长子沈劲。
王敦之乱平定，钱凤、沈充不仅本人被杀，依王朝律令，谋逆造反至少要诛三族。沈充之子沈劲命大，竟然在乡人的庇护下捡得一条性命，没被东晋政府抓去砍头。如逢王朝盛世，这种父亲造反儿子得活的机率几乎是零，但东晋偏处一隅，强敌在邻，世道纷乱，没过多久，逢上皇帝生日、婚庆、诞子等喜庆大赦，沈劲就又冒出市面，并果真能够率人把吴儒一家老小上下杀个干干净净。吴地土豪自相鱼肉，东晋政府也乐于他们窝里斗，加上沈劲又是子报父仇的大孝之举，道义上也受到各方支持。沈劲不仅报得父仇，又以侠勇之名名扬四海。“（沈）劲少有节操，哀父死于非义，志欲立勋以雪先耻”，他自告奋勇过江抵御北虏，屡次与慕容燕国兵将争战，东晋穆帝升平三年（公元359年），沈劲以五百兵士坚守许昌，抵御慕容恪。不久，兵败城溃，沈劲不屈而死，被东晋朝廷追赠为东阳太守。
如此，青史之中，父亲沈充附于“逆臣”王敦传后，儿子沈劲竞赫然列于“忠义传”中，可见血统之论，诚无真凭。
至于王敦，盖棺论定，封建史家也不得不承认他的功绩：
“王敦历官中朝，威名素著，作牧淮海，望实逾隆，弼成王度，光传中兴，卜世延百二之期，论都创三分之业，此功固不细也。”
笔者以现代人眼光，觉得王敦也不失为一刚烈大丈夫，敢爱敢恨，敢作敢当，而且他起事之因也是由于王氏家族成员受排挤，并非完全出于个人野心。刁协、刘隗小人煽风点火，钱凤、沈充激成祸难，叹只叹时兮命兮，不佑英雄。身死之后，英名一世的王大将军还被东晋政府刨出尸首，死都死了，还被扶跪着，斩去头颅。
王敦死后，亲兄王含、继子王应被杀，但琅琊王氏并未被牵连，反而因讨伐王敦有功而有多人获加官进爵：王导以司徒进位太保，王舒迁湘州刺史，王导堂弟王彬为度支尚书，王氏一大家子多人位进不衰，仍旧是东晋世宗豪族的翘楚。
一波刚平一波又起
平定王敦之乱后，晋明帝司马绍不久即病死，年仅二十七岁。虽然只当了三年左右的皇帝，史臣对他还是有很高的评价：“帝聪明有机断，尤精物理。于时兵凶岁饥，死疫过半，虚弊既甚，事极坚虞。属王敦挟震主之威，将移神器。帝驱骑遵养，以弱制强，潜谋独断，廊清大昆，拨乱反正，强本弱枝。虽享国日浅，而规模弘远矣。”
皇太子司马衍即位，年仅五岁，是为东晋成帝。
孩皇帝即位，明帝皇后庾氏以皇太后身份临朝称制，虽然明帝遗诏司徒王导录尚书事，与中书令庾亮一同辅政，但真正的权力都集中在庾亮一人手里——当朝皇太后庾氏是他亲姐，孩皇帝司马衍是他外甥。
庾亮，字元规，出身世族，大名鼎鼎。此人“美姿容，善谈论，性好《庄》、《老》”，是魏晋风度中的一个楷模人物，《世说新语》中常常指及此人。但在政治上，庾亮是十足刚愎自用、心胸狭窄的庸才。
明帝病重时，其舅氏虞胤为右卫将军，与左卫将军南顿王司马宗同掌禁卫军权。由于这两人私人关系也不错，惹起庾亮的猜忌与不满。王导出于公心，与庾亮一起曾向明帝提醒，怕司马宗会与虞胤在明帝死后拥立司马宗的哥哥西阳王司马羕为帝。明帝不信，反而更加信任虞胤、司马宗。