克天京后不久，曾国藩移驻天京（清称为江宁），设两江总督府于江宁，筹划裁军事宜。
七月二十日，曾国藩上奏朝廷，请旨裁撤湘军，前期先裁曾国荃所统兵勇的一半。鲍超一部已赴江西，归于江西巡抚沈葆桢的节制。曾国藩的嫡系只有攻天京的陆师与水师五万余人，裁撤一半就是二万五千人，除留城一万人，城外驻一万五千人外，其余尽皆裁减。裁军自然需要一大笔费用，湘军百战成功，要让其回家种地，空手回家自然是不可能的，其实湘军将领也不在乎那几个遣散的零钱，要的是朝廷的态度。清庭经连年战争，又需赔偿列强军费，国库空虚，哪里拿得出这一大笔银子。幸好，曾国藩在两江总督任上几年，经苦心筹集，又解各省厘金，已积聚经费五百万两，全部用于裁军费用，才勉强应付过去。在这次裁军里，太平天国的降将韦俊的部队首当其冲，韦俊被解除兵权，被迫退休，后韦俊携带大量金银返回广西，想为老乡做点好事，却遭到同乡的憎恶，不得以，移居住安徽芜湖，死后葬于宣城。
到了同治四年二月，湘军人数已经不多，江宁为两江总督驻地，守城部队只余二千人，城外的部队也所剩无几。
在请旨裁军的同时，曾国藩又主动提出，让曾国荃回籍养病，一面调理病驱，一面亲率遣撤之勇部勒南归。养病是为借口，实为开缺回籍。
军队一裁，军费也需减少，曾国藩上奏请求停解广东省厘金，这是一笔可观的收入，也是湘军军饷的主要来源，一年可达六七十万两，曾国藩请求停解，正说明他裁军的决心与对朝廷的诚意。朝廷虽假意不许，要其留三成作饷，曾国藩拒绝接受。随后，又请求停收湖南的“东征厘金”等。
曾国藩的主动赢得了朝廷的信任，慈禧太后多次称赞他的忠诚。朝廷疑虑一除，对天京的窖金下落与幼天王脱逃之事也就不再追究。清廷这样做，本来就是别有用心，意在逼曾国藩裁军辞饷，一旦曾国藩真的这样做了，追查之事也就达到了预期的目的，最妙之法也就莫过于不了了之。
曾国藩杀羽自保，清庭消除一大威胁，曾国荃等将领功成名就后回家做个富家翁，各方各得其所。
第二节千古谜案：忠王忠乎？
却说李秀成自天京城破之日，见幼天王无马，当即以自己的坐骑相让。至晚突围时，李秀成又兵分二队，自押后阵。李秀成的马久经战阵，又是上乘战马，幼天王得以脱身。而李秀成自己所乘战马，习性不熟，又不如自马神骏，经连夜拼死掩护，马力疲惫，被湘军马队冲散。李秀成本人也自疲劳，又一日不进饮食，没有力气赶路，遂躲避在附近的荒山上，藏在山顶的一座破庙里。当时，李秀成从城里突围而出时，随身携带着许多珠宝，原用纱布捆在身上，为了放松一下疲惫不堪的身子，他把珠宝解下，挂在不远外的树上。
李秀成原以为荒山破庙，必然无人，却不想，在这兵荒马乱的年头，想发意外之财的人多的是。这荒山下原住着一群从天京逃难出来的百姓，因无处可居，遂聚居于荒山之下，耕田劳作。这群人来自天京，知破天京后必然有散兵于此躲避，就想来打打秋风，发点横财，又不敢单人独往，于是相约成群前来。
李秀成方在休息，一见大群人马来到，以为是清军追捕，连随身携带的珠宝也顾不上拿，起身就跑。后面的百姓紧紧追赶，以为钱财就在逃跑的人身上，却忽略了挂在树上的东西。李秀成身子疲乏，又无骑马，不久即被追上。众人见是太平天国的忠王，连忙跪下。年前，天京被围，粮食吃尽，李秀成瞒过天王，效清浙江巡抚王有龄故事，大开九门，放出百姓，救活人命无数。这些百姓可能就为其中之一，众人知恩图报，所以跪拜。看来公道自在人心，李秀成功的仁慈一面确实让无数人感激涕零。据说当年李秀成离开苏州时也是如此，无数军民紧拉其袖，痛哭流涕。
当即百姓为李秀成改换装束，又劝他剃发，想送他离开此地。自幼天王逃脱后，清军沿途的关卡盘查更加严密，如不剃发，改为清军的发式，根本无法离开。李秀成不肯，说：“我为大臣，国破主亡，若不能出，被获解送妖营，有死而已。若果有命能逃出去，现在剃了发，难以对我官军”。这是虚荣心作怪了，俗话说，留得清山在，不怕没柴烧，只要能逃的出去，天国大业可能还有希望，可惜。各百姓又是苦求不止，李秀成只得剃去一些，但仍有太平军“长毛”的痕迹。众人无法，只得把李秀成密藏起来，欲待清军盘查宽松以后方送他出去。
李秀成见众人知恩图报，方才心安，又想起山顶破庙里的财宝，决计取回，分于众人，于是大家又回山顶破庙。
也是李秀成命当该绝，原来挂在树上的珠宝已经为另一伙打秋风的人所得，这伙人也为山下住民，众人访得实处，内有贪图钱财之人，前往要求均分，吵闹之下，密藏李秀成之事泄露。有两个山下原来住民，并无受过忠王恩惠，闻清军正在重赏捉拿李秀成，当即前去报告官府。
李秀成落入湘军的手中。
六月二十日，萧孚泗将李秀成押送至曾国荃处。李秀成被捕后，即被置于囚笼中，站立不行，蹲坐不能，已被折磨的异常狼狈。一向骄横的曾国荃又想来个下马威，自己盛服坐大堂，堂下列兵仗，教人把忠王囚笼抬进，放置于堂前，由曾国荃亲审。曾国荃确实素质很差，这种把对手看作牲畜的做法简直令人发指，胜保审陈玉成、骆秉章审石达开虽则都是居高临下，但却无放置囚笼内带入大堂的。其实，不尊重对手，也就是不尊重自己，曾国荃不懂这个道理。作为太平天国的忠王、后期的实际主持人，岂容如此蔑视，所以李秀成对曾国荃的询问，根本不予理会，只是沉默不言，沉默才是最大的蔑视。曾国荃大怒，竟然不顾身份，亲拿刀、锥之物，上前对准李秀成的身体，遍身猛刺，流血如注。又令刽子手上前，把李秀成身上之肉一片一片地细割，满身血肉淋漓。看此架势，是要把几年来对阵的怨恨发泄出来，非把李秀成细细切割不可。
李秀成也是好汉，凛然不惧，挺直胸膛，高声痛骂：“曾九！各扶其主，你生什么气？且兴灭无常，今偶得志遽刑我乎？”闻讯赶来的的曾国藩幕僚害怕杀了李秀成无法交代，急急上前劝止，曾国荃方才作罢，命监于牢中。
当晚，赵烈文去牢中探访李秀成，赵烈文的方法与曾国荃不同，他温言劝慰，以事相询，有如朋友交谈。李秀成也不相瞒，以天国内事相告，两人之间问答颇长。据赵烈文日记记载，话题牵涉到太平天国的内政、军事之类重大问题。
下面为赵烈文的日记内容，据赵说，李秀成有乞生之意思，但从字行里间，委实难以见到，今附录于下：
晚同周郎山至伪忠王处，与谈良久。初言广西藤县人，年四十二，初在家甚贫，烧炭为业。洪逆至广西诱人入会拜上帝，信者甚众，皆呼之为洪先生。渠起事时即被掳胁入内，在石达开部下。至金陵七八年后始封伪王。余询逆首才能及伪王优劣，皆云中中，而独服石王，言其谋略甚深。
余问：“在伪朝亦知其不足恃耶？抑以为必成也？”曰：“如骑虎不得下耳。”余云：“何不早降？”曰：“朋友之义尚不可渝，何况受其爵位。至于用兵所到，则未尝纵杀。破杭州得林福祥、米兴朝皆礼之，官眷陷城者，给票护之境上，君独无所闻乎？”余曰：“事或有之，然部下所杀，视所纵者何啻千百倍蓰，为将者当令行禁止，如尔者安得无罪，而犹自言之耶？”曰：“此诚某罪，顾官军何独不然！”余曰：“以汝自负，故与汝明之，使汝惺悟耳。军中恒情，岂责汝耶？”
余又曰：“十年秋，尔兵至鄂省南境，更进则武昌动摇，皖围撤矣。一闻鲍帅至，不战而退，何耶？”曰：“兵不足也。”余曰：“汝兵随处皆是，何云不足？”又曰：“时得苏州而无杭州，犹鸟无翼，故归图之。”余曰：“取杭州曷不在赴江西之前，而徒行数千里无功，始改计耶？且尔弟侍王在徽，取浙甚便，而烦辱乎？”曰：“余算诚不密，先欲救皖，后知皖难救，又闻鄂兵强，故退，抑上天意耳。”
余又问：“洪秀全今年甫死，三五年前已见幼主下诏，此何谋也？”曰：“使之习事也。”余又问：“城中使今日不陷，尚能守乎？”曰：“粮尽矣，复恃中关所入些，或可能守。”余曰：“官军撂城，见米铺尚多，曷云无食？”曰：“城中王府尚有之，顾不以充饷，故见拙，此是我家人心不齐之故。”
又曰：“今天京陷，某已缚，君视天下遂无事耶?”余曰：“在朝政清明耳，不在战克，亦不在缚汝。闻新天子聪睿，万民颙颙以望郅治。且尔家扰半天下，卒以灭亡，人或不敢复踵覆辙矣。”
余曰：“尔亦健者，惜堕为逆，今伪主皆死，汝XXX名，悉以汝业，有救民之言，复苦其谮。”李又言：“天上有数星，主夷务不靖，十余年必见。”余征其星名度数，则皆鄙俚俗说而已。余知其无实在过人处，因问：“汝今计安出？”曰：“死耳。顾至江右者皆旧部，得以尺书散遣之，免戕贼彼此之命，则瞑目无憾。”（插入：言次有乞活之意。）余曰：“汝罪大，当听中旨，此亦非统帅所得主也。”遂俯首不语，余亦偕众出。