太平军重兵压浙，闽浙总督庆端急调总兵林文察统带新募台勇二千人进援江山，已革道员李元度率军八千人去堵截太平军。此李元度原为曾国藩手下爱将，与曾国藩有着深厚友谊，因徽州失守，使祁门失去了屏障被曾国藩所参，除名归里，可李元度不甘寂寞，又在平江招募八千名乡勇，号称“平江勇”，适逢浙江告急，浙江巡抚王有龄召他增援，李元度从平江、通城一路追击太平军李秀成部，进入浙江。庆端又飞咨曾国藩，派尚在浙赣边境的总兵鲍超率湘军就近声援。但曾国藩意在肃清上游，在赣边采取守势，对援浙反应冷漠。直到安徽、江西、湖北大局已定后，曾国藩才派左宗棠带楚军东下，而此时，杭州已经失陷，巡抚王有龄身死，随后，清庭接受曾国藩的建议，任命左宗棠为浙江巡抚。在浙江作战的主要是浙江提督饶廷选、总兵张玉良、现补受浙江按察使的李元度等。
李秀成兄弟联手行动，忠王率军进围衢州，侍王则进取严州，从南北两面突破，歼灭浙西清军主力，开拓衢、严、金三府基地。九月初，李秀成围攻衢州，清总兵李定太又一次据城死守，李秀成几十万人连攻六天竟然未下。李世贤同时在严州城外，与张玉良军激战，一时未决胜负。这样，二李分兵均未实现预期目标，只得调整战略，集中兵力，先图严州，严州今为杭州市属。
太平军轻取严州，随后分遣重要将领向浙江腹地分路进军，而以攻克杭州、宁波为战略重点。李秀成进向浙江北部，与所辖苏南领土相连。李世贤则在浙东、浙南经营。
为补充李世贤的兵力，李秀成把童容海等部划归李世贤指挥。李世贤即遣范汝增、黄呈忠率军进攻宁波。范汝增与陈玉成、陈坤书等是童子军伙伴，为太平天国后期重要战将，后封首王。范、黄的第一个进攻目标是诸暨，诸暨得失，关系着杭州、绍兴的安危。早在李世贤占领金华后，上万清军就云集诸暨，由浙江提督饶廷选、布政使林福祥严密布防，以堵截太平军北进绍、杭、宁三府。但在李秀成攻取萧山时，饶廷选、林福祥被迫率军退守省城杭州，清军在诸暨的防守一时相当薄弱。太平军乘机轻取诸暨，随后又克新昌，在新昌，范、黄兵分两路，以钳形攻势夹击宁波。范汝增自嵊县攻奉化，从南面包抄宁波后路。黄呈忠经上虞、余姚、慈溪、镇海，从北面进逼宁波。
宁波是浙东的军事重镇，又是重要的通商口岸。鸦片战争后，宁波作为通商口岸，外国人陆续进入，并在甬江北岸设有居住区。宁波城里也有外国军队驻守，其地位就是第二个上海。对于太平军的到来，外国侵略者反应强烈，特别是英国，早在年初，英、美等国与太平天国外相罗孝全（原美国牧师，在广州传教，洪秀全曾向其请教，到太平天国后，用为外相，负责外交）达成协议，一年之内不进攻上海，但对宁波，太平天国没有做出承诺。因此，英、美等国等列强决定保卫通商口岸，阻止与干扰太平军进入口岸的行动。但太平军的强大使英法美认识到，象在上海一样用武力阻止太平军进城已经不可能，唯一的方法就是谈判，劝阻太平军进城。
双方在奉化进行了谈判，范汝增可不象陈玉成，他对这项无理要求坚决拒绝，但允许给予七天的时间，并保证太平军进入宁波时，不伤各国人民之生命财产。
七天后，限期一到，范汝增、黄呈忠等率军三万余人从三面直薄宁波城下，宁波收军只有四千余人，见太平军大队到来，当即溃散，清提督陈世章、道员张景梁由外国军舰护送逃走。太平军兵不血刃，一举克城。
在进军宁波的同时，李世贤亲率大军挺进浙江东南温、处、台三府。浙东南一带清军防守兵力相对空虚，太平军连占遂昌、处州府城、缙云、青田等地。之后，太平军两路直指台州：一自嵊县、新昌向台州，一举占领天台。李世贤亲率主力克仙居、克台州府城。
处州、台州既得，浙南一带唯余温州。李世贤又分遣部将东西两路挺进温州。其时，浙南一带，金钱会异常活跃。金钱会起源于平阳钱仓一带，首领为赵起。闻太平军前来，当即响应太平军南进。咸丰十一年底，金钱会会众引太平军白承恩部过青田，由天长岭进攻温州府。同治元年初，曾一度攻下府城，但旋被清总兵秦如虎收复。随后，太平军与金钱会发起多次进攻，终未攻取府城。
不久，李世贤带主力北上，白承恩部太平军与金钱会在清军反攻下失败，白承恩本人在进军瑞安途中中伏牺牲，金钱会首领赵起在乐清被叛徒出卖，被清军杀害。
再看李秀成方面。当李世贤在浙东、浙南发展的同时，李秀成则挥师北上，直捣杭州。太平军经富阳后渡过富春江，先克萧山，然后兵分二路。认天义陆顺德率领所部，向绍兴挺进。李秀成自率主力北上，先后占领了桐庐、新城、临安等县，自西面威慑杭州。
杭州巡抚守土有责，连忙飞调各部清军退防省城。计有副将杨金榜、布政使林福祥、总兵饶廷选等先到，王有龄令饶廷选总领诸军，部署守城事宜。王有龄虽为浙江巡抚，又有清誉，但素不知兵，所以任命饶廷选全权负责。饶廷选命林福祥、杨金榜带兵驻扎城外，以与城中遥相呼应。
九月二十二日，李秀成对杭州发动试探性攻击。太平军骑兵数十名为前锋，接近杭州武林门外之卖鱼桥一带，数百名清军一触即溃。太平军遂抵达杭州城下。驻守城外的杨金榜率队出营迎击，遭太平军偷袭，营盘尽失，杨金榜，走投无路，自刎未死，即被太平军斩杀。随后几天，太平军在城外展开，设置营垒，挖掘壕沟，合围杭州十门，作久攻打算。
九月二十八日，驻守城外的清军清军基本被肃清，林福祥逃回城内，后太平军攻克杭州，林福祥被俘，与其他官员同受李秀成的优待，被馈赠一百两银子，予以释放。由于这个原因，同治三年，他在浙江衢州被当时任闽浙总督的左宗棠所捕杀。
至此，杭州成了孤城，杭州外围的余杭、绍兴等地均被太平军攻占，饷源断绝，粮食将尽，援师阻隔，杭州险入危急之中。
王有龄虽为书生，遇大事却不惊慌，他从容布置兵力，一面募集粮饷，激励将士，招募壮丁，准备凭城死守，一旦城破，唯死有矣。王有龄的忠心大大感染了守城的官兵，刚从富阳驰援杭州的浙江提督张玉良慨然许诺，“唯有死守而已”，接着，总兵文瑞、副将况文榜也自浦江突围至杭州。几人合见之下，痛哭流涕，共誓守城。