陈玉成进城后，苗景开立即命令将吊桥拉起，城门关闭，太平军悉数被阻在城外。到此，陈玉成方才省悟，要想出城，已来不及，城内早已伏兵四起，部下亲信仓促格斗，从王陈得隆在战死，陈玉成与导王陈仁荣、王宗统天义陈聚成、主将向仕才、王宗虔天义陈安成、祷天义染显新等二十多人力尽被擒。
对于陈玉成的被执，历来有许多说法，但无论如何，陈玉成因为安庆失陷，遭洪秀全严责，不敢回天京，却是事实。既然不敢回京，庐州又孤城难守，除向北发展外别无他途。这是陈到寿州的起因。
下面收录几种关于陈玉成被执的说法，以供参考。
一是袁甲三的奏折。袁甲三在四月二十日给清庭的奏章里说，陈玉成部“所剩不足二千人，器械抛弃净尽，窜至寿州城外环跪乞降，寿州城门已闭，未容入城……苗沛霖心怀叵测，是否不致收纳，尚未可知……”。此折的说法是陈玉成兵败庐州后，带残部到达寿州，部下乞降，而苗沛霖闭门不纳。同日，袁甲三在折里又称：据称十九日该弁等同进寿州，苗练留守寿州之李万春已于两日前将伪英王陈玉成即陈四眼狗等七人诱令进城，余众安置城外，每日给饭养之，一面请示苗沛霖。十九日酉刻苗沛霖信，即将该逆等生擒，次日派船械送颖州之江口集苗练营盘，声言解赴胜保军营；贼党二千人在东门外住扎，均令剃发赴下蔡分散各队调用。此折称擒拿陈玉成系苗家军寿州留守李万春所为。
对于琳天燕余定安，袁甲三也有提及，四月二十二日折称：琳天燕余定安久住寿州，与太平军时通消息，现因太平军势穷而剃发归顺苗，又有信茂林是勾结太平军之人，要求将此二人正法。
二是胜保四月二十三日的奏折，称庐州快合围，料陈玉成必突围自己预先设计，命苗沛霖执行，对苗沛霖送信一节丝毫未提。“迭获伪函均称意欲窜踞寿州，勾结皖豫各贼以图北犯，屡获奸细供词，俱与伪信大略相同”，于是命苗沛霖设计伏兵，不准其占领寿州或假道而行。苗沛霖接到命令后因为事关重大，就派苗景开去相机行事，陈玉成果然在十七日带三四千人到东津渡，苗景开知道后就去找之前投降的余定安，由余开门迎接，使之不疑。陈玉成开始毫不怀疑，带二三千人“袒怀入城”，苗景开等“俟其进城”，就撤了吊桥，“余众阻隔城外”，愈陈玉成见城内民练和余定安都剃了发，起了警惕，想出城，于是突起拘执，随行将领及“亲信伪官”二十余人同时就擒，苗景开于是向城外招降，三四千人“同声响应，求为乞恩免死”，胜保十九日接来禀报，就派人去苗的行营提人，二十三日抵达颖州军营。陈玉成部下除格杀者挖，剩二千人准其剃发投诚。
三是《被掳纪略》：苗景开出城十里迎接，让三千人驻城外，给英王安排华丽的宫殿，苗沛霖未敢露面，到晚饭，苗景开戴着蓝顶花翎出来行礼，说“祈英王同享大清洪福”“祈愿与英王同享。”陈玉成愤然指骂道：““你叔真是无赖小人！墙头一棵草，风吹二面倒；龙胜帮龙，虎胜帮虎。将来连一贼名也落不着。本总裁只可杀，不可辱。势已如此，看你如何发落。”所部想要动手，英王说，可以不必。胜保上奏生擒英王，押送京师，走到延津，僧王作住正法，胜保极想解京，但僧王说押到北京必定大伤国体，所以胜保很不忿。
四是《湘军志》《曾军后编》：陈玉成出奔寿州，将向苗沛霖请援。苗沛霖听说陈玉成战败，恐怕他抢夺了自己的兵力，又怕多隆阿吞并自己，就想抓住陈玉成邀功。陈玉成到达寿州后，屯军肥水南岸，苗沛霖假装有病，让他的部将前去迎接，并准备酒菜犒劳陈玉成三千将士。陈玉成入城后，就关闭城门，挡住了士兵。陈玉成起初并不怀疑，等到进入厅堂，看见茶几上放着镣铐，才恍然大悟，大声怒骂：“苗沛霖真是反复小人，我死后，就轮到你死了，你这不是自己急着找死吗?”于是，苗沛霖就擒拿了陈玉成和他的二十名随从。
而另一部《啁啾漫记》，为无名人所作，它对陈玉成被擒之事记录渺渺，但对陈玉成用兵之法却用词较多，可见推崇备至，也引之于下：
“故老言英王陈玉成用兵如神，往来飘忽，如健鹰搏空，一瞬千里，敌莫测其所至。其识略实为诸王冠，每临阵横槊马上，览山川脉络，举鞭示部将于某所设疑，某所诱故，某所设伏。及胜，卒如其言。或问其故，则亦不能尽道也。倘所谓天授者欤？性忌恶如仇，与洪仁达有隙，而沈桂者，洪秀全之宠臣也，权势炙手可热，幸进者纷集其门。玉成贻书诤之，桂恨刺骨，与仁达谮之于秀全，秀全数谴责之，玉成恒忽忽不乐。安庆之陷，秀全手诏让之曰：“不复此城，毋相见也。”玉成捧诏泣曰：“臣敢不竭股肱之力，继之以死。”左右闻之者皆流涕。未几，卢州继失，益惮秀全不敢东，故败。其受苗沛霖之绐也，拔刀欲自刎，不获，顾沛霖大骂曰：“骏奴反覆，我死行及若，何哉？”沛霖于是囚之，之颍州，献胜保。”
两天后，陈玉成被送往胜保军营。作为从前的老对手，胜保当然要先见见，这也是胜保的不明智处，审问陈玉成这样的好汉，在密室还则罢了，在大庭广众之下公开见面，就是自讨无趣了。果然，胜保还在端座上位，志得意满，下面陈玉成已经大声开骂：“你是本总裁手下败将，见仗即跑。本总裁曾饶过你一命，真是好不自量”。胜保本想大逞威风，反招讥讽，却也回应不得。确实，胜保与陈玉成大小几十仗，从无一仗得胜，特别是庐州护城集一战，陈玉成乘三河大捷之余威，一战即全歼其马队，胜保仅带几十名骑兵突出重围，以身得免。