太平军沿江西上，经巴县，到达江津，在这里石达开拟定了一个新的军事计划，即以主力攻打綦江，而虚攻江津。江津比邻长江，如果攻下也是无船可渡，綦江却位于长江支流綦河的上游，是内陆小城，綦河里有不少船只，如果攻下綦江，就可以征用綦河中的船只，改装成炮船，顺流而下，进占重庆，或横渡长江，深入四川腹地。
计划虽妙，奈何清军早已有备，佯攻江津的队伍本为调动清军的支援力量，围城打援。清军早已接受教训，坚守不出，这路太平军只得退回，与主力会攻綦江。
綦江虽是小城，防守也非常严密，待石达开亲自麾军好不容易攻克外城时，等待他们的还有一到深沟高垒的内城。这样，太平军攻克的仅仅是外城，内城安然无恙，太平军根本无法在綦江立足。而同时，清军的援军已到，并知道了太平军的作战意图，扣留綦河中的船只，封锁了沿途水路。
石达开得到消息，知道即使打下綦江，也难以按预定计划行军。因此放弃继续攻打綦江，全军转道南下，直插贵州。
抢渡长江不成，石达开军开始改变战略，准备入贵州，再取道云南镇友入四川叙州府、驻军於横江、双龙、捧印等场，锐意渡金沙江，以图奇袭成都。
这样一个千里大迂回，实际上是抢敌机先，横渡长江，进军四川腹地。如果抢渡成功，石达开军处处受制的局面当有改观。
所以一路之上，太平军与清军的战斗可以说是一场抢渡和反抢渡的斗争，太平军随时准备寻觅适当的渡口，抢渡长江。清军则沿长江北岸向上游移动，时时进行堵截。双方隔着长江对阵，一在陆上行军，一在江里乘船，尽管太平军行军神速，还是落敌后阵，让清军有充足的时间在长江沿岸布防。
凭借长江天险，抓住太平军无船只可渡的弱点，阻止石达开渡江，这是清军的战略目标。有湘军水师的支援，清军防守起来游刃有余。
而相反，没有水军的石达开，进入了四川，犹如龙入浅滩，施展不得。这是石达开的悲哀，处处奔命，却处处受制，至死也未能渡过长江。
同治元年八月（1862年），石达开率军进入贵州，甩掉了集结在川南长江沿线的清军主力，分攻桐梓，遵义，仁怀等府，这一带清军甚少，没遇到什么阻挡。全军到达大定时，两年前离开广西的曾广依正在附近活动，听说翼王亲自到来，十分高兴，率领部下前来归队。石达开与赖裕新、李福猷早已商定了分兵作战的计划，这时有了熟悉贵州情况的曾广依作为向导，就决定立即执行。全军分为三路，以天台左宰辅赖裕新部为前锋，南趋水城，郎岱。人台左宰辅李福猷部为后队，经宣威向昭通趋金沙江。自己率领中军，绕道黔滇，向叙府以上的金沙江，也就是长江上游寻觅渡口。
赖裕新深入贵州后，一直打到郎岱，安南，永宁，九月下旬，进入云南，经沾益，平彝，直趋东川，与石达开另一支由云南镇雄向东川迂回的中旗部队会合后，从米粮坝渡过金沙江，按石达开事先的部署进入了四川凉山宁远府。之后与石达开本军失去联系。
李福猷进入云南，一路迂回，十月中旬抵达金沙江边。他们击败了扼守的清军，但由于找不到船只，无法渡江。不久接到石达开的命令，前往横江与本军会合。
本来横江是个比较理想的渡江地方，横江只是金沙江南岸的一条支流，但注入金沙江时，水流甚急。涨水期间，如果从横江驾船而下，可以利用流水的冲力一直冲到北岸，瞬息可达，敌人虽有炮船，也无法阻拦。不过石达开到达时，正值冬季，水浅流缓，行船难以充分利用水流的冲力。太平军虽征集几十条小船，但几次试探性的进攻均遭失败。
在这种情况下，石达开决定在这里坚守到明春涨水，再进行抢渡。接下来，他命令部队抓紧时间尽力征集改造各种船只，训练水战人员，制造弹药，以便来年一搏。
骆秉章得知石达开屯聚横江，大为恐慌。其时，湘军已经收复安庆，太平天国英王陈玉成在北京就义，天京外围被清军团团围困，苏南、浙北的太平天国忠王部也陷入困境，清庭可以腾出余力支援四川。骆秉章也深知道横江的重要，调集了四川境内一切可以调动的队伍来和太平军决战，一定要抢在春水涨发之前，拔除横江阵这个据点，以消灭心腹之患。
两军对垒强者胜，清军发挥炮火的优势，对太平军阵地狂轰滥炸。太平军占据有利地形，坚守营垒。尽管清军尽管炮火厉害，太平军阵地巍然不动。
双方激战二十多天，难分胜负。
正在这胜负难分的关键时刻，石达开部下冯百年忽然率兵三千余人哗变。原来，清军在太平军内部实施了反间计，用重金收买了冯百年等人，乘石达开正率领太平军在前线激战，乘机哗变，在双龙场纵火内应，鼓躁攻击。
双龙场是石达开部队的大营所在，是太平军的总指挥部。内乱一起，军心动摇，部队腹背受敌，无法继续坚守，大营不久即被清军攻陷，太平军全线崩溃。
石达开被迫从横江一带撤退，第二天，退入云南境内。
此横江之战，太平军伤亡惨重，军火器械损失较多，部队实力大减。
就在这时，石达开得到赖裕新部从米粮坝渡过金沙江的报告，心中振奋，决定跟踪前进，渡江入川，与赖裕新会合。却不知道这时候赖裕新已在渡过金沙江后遭被当地土司围攻致死，赖裕新部主力被歼灭。
同治二年二月（1863年），石达开率领余部沿着赖裕新所经的路线前进，直趋金沙江。
为了迷惑清军，石达开采取了声东击西的部署，他命令李福猷率领三万余人的一支部队，大张旗鼓地向贵州进军，转而向四川进发，造成回攻川东和东趋湖南的声势。清军果然中计，一时都把李福猷部误认为是石达开的本军，各部清军纷纷追赶。等到弄清楚时，石达开早已率主力四万多人在几乎未遇阻拦的情况下渡过金沙江。
但很可惜的是，李福猷从此再也没有与石达开部会合，在清军围剿下，李福猷部一路突围，进入广东，十月，兵败，李福猷在广东连州被俘牺牲。
石达开虽分兵三部，但势成孤军，最终都难免全军覆没的命运。