可以说，在石达开的努力下，太平天国开始度过了天京事变后的艰难时期。
就在这时，早已经对石达开有所疑心的洪秀全封了两个王，用以参赞军事，一是天王长兄洪仁发，封安王；二是天王次兄洪仁达，封福王。这两人不学无术，更无尺寸之功，连唯一的一次督师前线也是败阵而归，现在一下子封王，天国上下一片大哗。
三人参政，意见必然不一。
更为严重的是，这两人自恃天王兄长，又自命不凡，处处对石达开予以制擎，并且买官卖爵，无所不为。这是小人一旦得志的嘴脸。
石达开自然不满，军事战争并非儿戏，凭此两人胡乱指挥，岂非弃天国大业于不顾。
据理力争之下，石达开虽然胜利，却是最终失败者。安、福两王怀恨在心，终日在天王面前告状，俗话说，“上阵还需父子兵，患难也须亲兄弟”。早已对外姓不再信任的天王心里更多了些戒备，暗里磨刀霍霍。
石达开又一次感受到了生命的威胁。他知道，如果继续在天京，要么是步杨秀清之后尘，要么取天王而代之。而这两者都是他不愿意的，那么，唯一的办法就是走——为上着。
咸丰七年四月（1857年5月），石达开借口到南门外给军民布道，带着亲信张遂谋等部属悄然逃出天京。这是他第二次从自己的都城出逃，其后再也没有回来过。
在出逃的路上，为明心迹，石达开一路发布文告。如下：
为沥剖血陈，谆谕众军民：自愧无才智，天恩愧荷深。惟矢忠贞志，区区一片心；上可对皇天，下可质世人。去岁遭祸乱，狼狈赶回京。自谓此愚衷，定蒙圣鉴明。乃事有不然，诏旨降频仍；重重生疑忌，一笔难尽陈。疑多将图害，百喙难分清。惟是用奋勉，出师再表真。力酬上帝德，勉报主恩仁。惟期成功后，予志复归林。为此行谆谕，谆谕众军民，依然守本分，各自立功名，或随本主将，亦一样立勋。一统太平日，各邀天恩荣。
第二十八章血染大渡河——石达开的悲剧结局
第一节翼王不护翼
却说石达开仅带亲随数人，一路发布文告，驰归安庆大本营。西征军总部设安庆，在石达开的经营下，安庆已成为西征军稳固的根据地。
在此，石达开整军经武，招纳旧部，逗留时间达六个月。
石达开在天京的遭遇，是值得人们的同情的，太平天国的广大将士更是如此，抱着“或随本主将，亦一样立勋”的想法，十余万石达开旧部得知石达开出走后驻扎安庆时，纷纷赶来与他会合。
江西、安徽等地已经占领的大片土地随之被放弃，太平天国又一次陷入危急。
石达开的出走，成为太平天国历上的又一个转折点。太平天国本身就是一个病入膏肓的小童，满身病痛、先天不足。现在经过两次大的手术，已经气息奄奄了。其后虽然有洪仁轩、陈玉成、李秀成的中兴经历，实际上是一种回光返照而已。
对于石达开的出走，洪秀全初则愤怒，闻讯连忙派兵去追，已是追赶不上。再则无奈，石达开手握重兵，几乎是太平天国的大部兵力，讨伐自无可能。后则惶恐，害怕石达开举兵报复，。这是多虑了。石达开一贯以“义气”为先，绝对不会做如此亲者痛仇者快的事情。
只不过他对洪秀全的疑虑与安、福两王的迫害伤心至极，打算远离洪秀全，远离是非之地，以安身达命罢了。
估计此时的石达开迷茫至极，对未来更无长远打算。
这也有佐证。到达安庆后，石达开曾经多次与部下谈起，愿回广西老家隐居，守几亩薄地过活。只是部下极力劝慰，方才作罢。其实此时是势成骑虎，做一田舍郎亦是不能了。
正在这时，清江南大营连下句容、镇江，合围天京。
洪秀全这才感觉到形势的危急，于是将安、福两王削去王爵，镌刻“义王”金牌一道，还有合朝文武大臣的救援表章，派蒙得恩亲自赴安庆军营，恳请石达开回朝继续办理政事。
这做法对于洪秀全极为难得。洪秀全一贯标榜“只有臣错无君错，”再加性格固执，从无向臣子认错的先例，现在派最亲信的蒙得恩亲传诏书，又削去安、福两王王爵，加封石达开“义王”尊号，无疑是向石达开表态，承认自己的错误。如果不是形势万分危急，洪秀全是绝对不会这么做的。
可石达开对洪秀全的真诚已经完全失去了信心，他拒绝了“义王”的封号，继续使用“翼王”的名义发布命令，当然也没有回朝的打算。
这也可以理解，以石达开此时的消极情绪和对洪秀全的失望，这么做是无可厚非的。但石达开把这种情绪与失望与救援其他各地的太平军混为一谈。
既然身为太平天国的翼王，又追溯太平天国年号，无可非议的就是太平天国的臣子，或者说是以天国为共同事业，岂可坐视太平天国危局而不救。
至少可以与其它太平军互相策应，形成欹角之势，共对外敌。
翼王就是护翼天国，不护翼天国称什么翼王。
石达开却不，坐拥十多万精兵，不派一兵一卒，任凭其它太平军奋力苦战。幸亏李秀成部快速回师，才使天京外围的形势有所缓和。
看来，原先顾全大局的翼王也开始变化了，置大局而不顾，置原先一起浴血奋战的兄弟姐妹而不顾，坐观成败。岂不可悲。
天京的外围有所缓解，镇江的太平军也在李秀成的接应下退守天京。陈玉成部就没有这样幸运了，正在石达开安庆整军时，陈玉成从安徽出发，与湘军激战在湖北黄梅一带，结果兵单势孤，大败而回，退缩到安徽南部，前面的几月战果尽弃。如果石达开及时支援，当不致出现如此结局。
九江的太平军也没有这么好运。湘军克武昌后，几路顺流之下合围九江，李秀成军本为进入湖北，以减轻九江压力，现在移师下游，九江变成了孤城。
幸好，守将林启蓉乃太平天国勇将，原为石达开老部下，此人骁勇善战，自太平天国西征占领此城后一直防守此地，他坚守孤城，把九江变成一枚钉在长江沿岸的楔子，牵制住大量的湘军。
按理，即使抛开天国的其他恩怨情仇，老部下被围，也应当救援。这在情理之中。
果然，咸丰七年十月（1847年），石达开率军离开安庆进入江西境内。
湘军非常紧张，以为石达开开始救援九江，做好了防御的准备，各部湘军如临大敌，重兵集结。湘军精锐李续宾部在湖口设防，准备阻击西上之路。
结果石达开一到湖口，见湘军有备，马上掉头就走。
原来，石达开只是想借道江西，进入湖南，然后退回广西，准备在老家建立大本营。
不攻击湘军，救援九江等地，一是为保存实力，湘军重兵在此，不想一战输掉老本，二为示与洪秀全的决裂之心，既然已经分道扬镳，何必继续效劳。还有，石达开此来也为招纳旧部，真天侯林启蓉虽为老部下，却无表示效忠之意。
于是，石达开弃九江于不顾，转身挥兵南下。
自此，九江太平军困守孤城，外无援助，内无粮草，最终于次年四月被湘军攻破，真天侯林启蓉战死。