无奈之下，黄兴也懒得回河口便直接去了越南，想筹集了资金弹药再去进攻。不料，黄兴途经老街时被暴露，给法方截留并遣往新加坡。这时的河口起义军饷械不济，很快陷入困境。而此时清军增兵十营，分兵两路，将起义军三面包围。最后，起义军在坚持了近一个月后，河口失守。六百多名义军在黄明堂等人率领下，突围后撤入越南，后来被越南法国殖民当局解除武装，强行押送到新加坡遣散。
西南武装起义的连续失败，导致孙中山和黄兴等人的威信严重下降，同盟会内部开始出现动摇。有人消沉，有人变节，有人改信别的主义。就连同盟会机关报《民报》也发表文章批评共和主义，如主编章太炎指责革命过于洋化而有损于中国自己的文化和传统，论调很是悲观。1908年9月，陶成章带着章太炎所印的数百张《民报》股票前往南洋筹款，由此引发了第二次“倒孙”风潮。
日期：2008-9-1518:58:33
陶成章，浙江会稽人（今绍兴），原是光复会的主要领导人，曾参与创建大通学堂，后来加入同盟会，是《民报》的第二十至二十四期的编辑人。陶成章本人倒是严于律己，但其性情褊狭，不能容人，一贯与孙中山不和。1908年9月，陶成章到新加坡找到孙中山后，要求拨款三千元作《民报》的经费。
时值河口起义失败，六百多义军被越南的法国殖民当局遣送到新加坡，孙中山当时正为这些人的安置问题而头疼，他自己都得靠变卖自己的手表衣物相接济，最后他只能向陶成章摊牌说自己也无能为力。陶成章很是失望，便提出由孙中山开介绍函到南洋筹款的要求，孙中山表示同意。不过，当时南洋正处于经济危机，筹款也很难，很多华侨的手头也不宽裕，认捐的人不多。陶成章不知就里，便怀疑是孙中山在暗中捣鬼，一怒之下便决计撇开同盟会，重整光复会的大旗。
1909年初，陶成章在王文庆等浙江籍人的支持下，在爪哇重新成立光复会，并在南洋各地设立分会，以和同盟会分庭抗礼。不仅如此，陶成章还不断散布流言，说孙中山将各地同志的捐款攫为己有，家中发了大财等等。接着，陶成章又纠集一些人在新加坡《南洋总汇新报》发表《同盟会七省意见书》，即《孙文罪状》，其中指责孙中山“谎骗营私”、“残贼同志”、“蒙蔽同志”、“败坏全体名誉”等三种十二项“罪状”，说孙中山贪污两万革命经费，在汇丰银行有巨额存款。陶成章等人还要求“开除孙文总理之名，发表罪状，遍告海内外”。而在法国的张继此时也叫嚷要求孙中山“退隐深山”或“布告天下，辞退同盟会总理”，与陶成章遥相呼应。
对于陶成章等人分裂行为和恶劣攻击，孙中山和黄兴等人发起了反击。当陶成章带着《孙文罪状》到东京要求黄兴召开同盟会讨论此事时，遭到黄兴的断然拒绝。黄兴随后与谭人凤、刘揆一等人联名致函南洋同志，为孙中山辩护，而当时支持陶成章的只有章太炎等少数浙籍人士。孙中山则断然拒绝了陶成章的无理要求，他回函说：“此时为革命最衰微之时，非成功兴盛之候，是为弟冒艰危、茹困苦以进取之时代，非退隐之时代也”；“际此胡氛黑暗，党有内讧，诚为至艰危困苦之时代，即为吾人当努力进取之时代也”。于是，陶成章的“倒孙计划”最后也不了了之。
随后，在汪精卫等人续办《民报》的时候，将陶成章、章太炎排除在外，这下又激起了更大的风波。章太炎愤怒之下，发表《伪民报检举状》，而陶成章也作《布告同志书》一册，两人合力痛斥孙中山“借革命为新骗术”，“直言孙文种种之非”。最后，他们干脆公然与同盟会分裂，在东京恢复了光复会的名号。
同盟会的内讧，导致革命党内人心思变，革命气氛至为消沉。对此，前两年被《民报》弄得灰头土脸的梁启超听说后高兴得不得了，他曾欣喜地对别人说：“数年前革命之说遍天下，自预备立宪之诏既颁，乃如汤沃雪。夫一诏安能有此奇效？希望心有所寄，则民气不期靖而自靖。”
在此情况下，孙中山和黄兴等人仍未气馁，决心发动新的起义，以激励人心。1909年10月，胡汉民、黄兴和赵声在香港成立同盟会南方支部，开始策划广州起义。当时，原岳王会的同盟会员倪映典打入广州新军，朱执信等人通过陆军中学堂等渠道发展了不少同盟会员。在一切准备妥当后，起义准备在1910年的2月24日（元宵节）发动。不料之前广州新军和巡警营发生冲突导致事态扩大，两广总督袁树勋怀疑有革命党人在中煽动，便下令加强戒备，并收缴部分新军的枪械弹药。倪映典见情况紧急，便下令提前发动起义，但在进攻广州城的时候遭到水师提督李淮等部阻击，结果起义在次日即告失败，倪映典被乱枪扫死。
日期：2008-9-1712:39:41
广州新军起义失败后，正大家情绪低落之时，孙中山在欧洲给黄兴等人发电报，说正在和美国财团谈判商借巨款以继续革命，并建议在广州再次起义。1910年11月，孙中山在南洋槟榔屿召集同盟会干部开会，黄兴、胡汉民、赵声和同盟会各省负责人都参加了这次会议。会议决定再次举行广州起义，具体计划是以青年革命党志士组成一支五百人的先锋队在城内首先发难，随后联络新军、会党、民军群起响应，攻占广州，随后北进中原。
会后，各人分头准备。1911年1月，黄兴在香港成立起义统筹部，黄兴自任部长，赵声任副部长。统筹部下设八课，负责交通、调度、储备、调查等，分别由赵声、陈炯明、胡汉民等人担任课长。另外，为了制造丨炸丨弹和暗杀工具，又设立了实行部，由方声洞负责。随后，各课人员纷纷潜入广州，设立了秘密据点三十多处，各自开展活动。
这次的起义准备很充分，孙中山等人在南洋、欧美等地筹集了15万多元，购买了800多杆枪支和数万发子丨弹丨，并精选了一批年轻党员为先锋队（也就是敢死队），开始为500人，后来增加到800人，诸如为人所熟知的烈士林觉民、方声洞等人，都纷纷写下和亲人诀别的遗书（悲壮悱恻，一字一泪），以表示以身殉难的决心。另外，朱执信、谭人凤等人纷纷前往新军、民军和会党中进行联络，以作呼应。
4月8日，黄兴在香港统筹部召开发难会议，决定在4月13日举事，分十路进攻：第一路由黄兴亲率，进攻总督衙门；第二路由赵声率领，进攻水师行台；第三路由徐维扬率领，进攻督练公所；第四路由陈炯明率领，防截旗满界等等。另外，还专设放火委员，以备临时放火，扰其军心。
虽然起义日期定在4月13日，但由于从日本订购的军火尚未到齐，而另外发生了两件意外之事，一是革命党人吴镜从香港运送丨炸丨弹时被查获，二是同盟会员温生才刺杀了广州将军孚琦，这使得广州的气氛大为紧张。于是黄兴等人决定把起义时间推迟到4月26日。
但当时清方似乎已经觉察了革命党人的举动，两广总督张鸣岐和水师提督李淮都加强了戒备，巡警们也纷纷出动，在大街小巷开始盘查。这时，革命党内部发生了分歧，陈炯明、胡毅生等人主张推迟起义，而喻培伦等人则坚决主张立即起义。黄兴当时也是举棋不定，后来被喻培伦等人的情绪感动，便决定在27日下午5点半发难，并调整了进攻计划，由十路变成四路，分别由黄兴、陈炯明、姚雨平和胡毅生率领。但由于各种原因，陈炯明、姚雨平和胡毅生这三路并没有按时举行，实际上只有黄兴一路孤军作战。
27日下午5点半，黄兴宣布起义，他亲率敢死队一百七十余人，臂缠白布，直奔总督衙门。不料，张鸣岐早有准备，他听到外面的枪声后立刻从后门逃到了李淮的水师行台。黄兴等人冲进总督衙门一看，里面已是空无一人，而敢死队撤出的时候却和总督衙门的卫队及李淮的大队人马遭遇。双方随即展开激战，互有伤亡，黄兴也在激战中被打断两指。由于其它三路人马和新军会党等都没有响应，实际上只有黄兴的敢死队在孤军奋战，最终寡不敌众，敢死队大半捐躯，极为壮烈。次日，赵声和胡汉民率二百多人从香港赶到，但已是无济于事。
是役，革命党殉国遇害者八十六人，皆为取义成仁的民族英秀。难以想象的是，这些敢死队员，平时大都是些文弱书生，是各省从各种专门学校毕业的有知有志的青年才俊，但在起义中却表现极为英勇，如喻培伦胸前挂一筐丨炸丨弹，“一人当先，抛掷丨炸丨弹，防勇为之披靡”，朱执信“攻署督时，奋勇当先，迥非平日文弱之态”，还有林文、林觉民等人，都最终抛头颅、洒热血，喋血街头。据统计，这次广州起义死难者有名有姓可考者86人，其中有72人的遗骸被党人潘达微收葬于广州东郊白云山麓的黄花岗，也就是后来的“黄花岗七十二烈士墓”了。