1906年11月，清廷进行中央官制改革，除内阁和军机处仍旧不变外，新设立或改名称的有11个机构，即外务部、学部、民政部、度支部、陆军部、法部、农工商部、邮传部、海军部、军咨府、资政院、审计院，新政时期的机构调整规模可谓前所未有。至此，隋唐以来的传统六部建置便不复存在，在这些机构里，清廷废除原先的满汉尚书双人负责制，而实行单一的领导制，革除“数人共一职”的低效管理方法。此时的清政府可谓是半新半旧，看起来虽然还有些别扭，有点但终究迈出了走向近代社会的重要一步。
一般来说，在设立新机构的时候阻力较小，而裁撤改革旧部门的阻力极大。原因很简单，设立新机构可以为一些人提供做官的机会，而裁撤旧部门则要敲掉原先官员们的饭碗，受到的阻力可想而知。这种情况，不只是清末新政有，历朝历代的改革都是如此。不过，清廷当时还是排除了重重阻力，将一些有名无实、不适应时代发展要求的旧衙门加以裁撤或者归并。
从1902年2月开始，清廷便开始有计划的裁撤归并那些有名无实或者职能重复的中央主管部门。首先被裁撤的是《江楚会奏变法三折》中提到的漕运屯田卫所。屯田和卫所本是为漕运而设立，但当时漕运早已是有名无实，屯卫反成为一大弊政。同时被裁撤的还有河东河道总督，这个机构本是为治理黄河而设，但收效甚微，而每年靡费无数，其被裁撤后，由河南巡抚兼管相应事务。1902年3月，清廷又将一些闲衙分别裁并，如管理太子事务的詹事府（清朝最后三个皇帝都没有子女，哪来的太子？！），被裁并入翰林院；通政司直接被裁撤；太常寺、光禄寺和鸿胪寺被并入礼部，太仆寺被并入陆军部。
日期：2008-4-1812:03:35
（接上文）
1904年后，清廷开始对地方上的一些冗余机构进行清理裁并。当年7月，粤海关、淮安关两监督和江宁织造被撤，粤海关事务划归两广总督管理。当年12月，由于总督和巡抚的机构重叠，云南巡抚和湖北巡抚被撤，其事务分别由云贵总督和湖广总督兼管。同样情况的广东巡抚也于次年被裁撤，其事务由两广总督兼管，这样，就避免了总督和巡抚同处一城、同管一省的冗政。福建水师提督在中法战争后作用不大，也被裁撤。1905年1月，漕运总督被裁撤，改设江淮巡抚；三个月后，此机构再次被撤，改淮扬镇总兵为江北提督来代替。由此，漕运制度便也成为了历史。
在裁撤冗余部门的同时，清廷也加强了吏治的整饬。首先是废除捐纳制度。所谓捐纳，就是捐纳买官，其实是一种公开的买官卖官行为。捐纳制度本来一向控制甚严，但后来清廷为了解镇压太平军的一时之困，导致口子大开，各色人等由此混入，而捐官者出了钱，捞到一官半职后当然是挖空心思，以贪污勒索为能事，这也是经济利益驱动之必然。1901年9月，清廷下旨将捐纳制度永远停止。
随后，清廷对各级衙门进行整顿，裁汰书吏和差役，简化各级衙门的公文形式和办事程序，改陋规为公费等。由于制度的缺陷，书吏和差役在清朝的待遇极薄，如果按名义上的待遇的话，这些人根本就不可能养家糊口。也许是出于这个原因，书吏和差役往往在衙门里“舞文弄法，朋比为奸”，而那些科举出身的官长大都不懂实务，“奉吏为师”，往往被这些人搬弄，在地方上为害甚大。新政时期，朝廷严令各级官长亲理政务，裁撤那些扰民害民的书吏和差役，以期提高办事的效率。
在清末新政全面铺开的同时，对不合时代的旧法制进行改革也成为一项紧迫的任务。大清帝国当时实行的是三权合一的传统专制体制，加上外国人借口中国的法律严酷而在租界内行使领事裁判权，拒不遵守中国法律。为了废除洋人的治外法权，1902年5月，清廷任命沈家本和伍廷芳为修订法律大臣，命他们“按照交涉情形，参酌各国法律，悉心考订，妥为拟议，务期中外通行，有裨治理”。由此，沈家本和伍廷芳经过两年的筹备，成立了修订法律馆，开始了对中国历史有重大影响的修律活动。
不可否认的是，中国古代法律的确极为严酷而残忍，甚至到清末还在实行如凌迟、枭首、戮尸、斩决等极不人道的酷刑，而且行刑时往往在公众聚集之所，有意制造恐怖气氛，这和当时西方文明社会的要求实在差之甚远。从这个角度来说，后人因为肉刑问题去指责洋人颇为滑稽（应对其抗议表示感谢才对，不然的话，我们现在可能还得挨板子）。
另外，中国古代法律“诸法合体”，“政刑不分”，这种法律传统已经难以适应近代社会的发展。不过，好在清廷选中的两位法律修订大臣，沈家本和伍廷芳，都是熟悉中西法律的专家型官员。清廷的这次选官用人得当，两位大臣也的确是人才难得。两位大臣接受任命后，第一件事情便是成立修订法律馆，并首先组织人员翻译西方法律，整理对中国法律旧籍，然后对中西法律进行比较、研究和评介。
在两位大臣和法律馆人员的努力下，西方国家（包括日本在内）的法律及论著得以介绍到中国，进而根据中国的实际情况来修订旧律或创立新法。不仅如此，为了培养法律人才，沈家本还亲自到日本聘请法律专家前来中国的法律学堂授课，这也是中国近代法律教育和法学研究的开端。从教育的角度上来说，这些都是清末法制改革的重要组成部分。
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沈家本和伍廷芳在修订法律的时候，第一件事便是将中国传统的“刑法为主、诸法合体”的结构打破（如当时的基本法《大清律例》），先区分出实体法和程序法（诉讼法），然后在实体法中再细分出刑法、民法、商法等专门的法律部门。换句话说，也就是使中国“诸法合体”的传统法律向“诸法分立”的体系转变，这无疑是一种革命性的变化，为中国法律的现代化奠定了坚实的基础。
但是，在法制改革的进程当中遇到了很大的阻力，特别在推行司法行政机构改革的时候。原来，中国传统的地方官是行政权和司法权不分的，而新的法制改革则是要推行西方法律体系中的司法独立原则，另设独立的审判体系，这让地方督抚觉得自己的权力被部分剥夺。就连主张行政的张之洞都对此不理解，说“督抚但司检察，不司审判”后，“则以后州县不亲狱讼，疆臣不问刑名”，那些地方官的权力（及由此带来的油水）岂不是少了老大一块？
阻力虽大，但法制改革依旧要向前推进。在中央司法机构改革中，刑部改名为法部，大理寺改为大理院。这个改革并不是简单的换个名字，而是结构性的调整，改革后的大理院相当于最高法院，“与（法部）行政官相对峙而不为其节制”。随后，在地方司法机构改革中，也在各省各级普遍设立高等审判厅、地方审判厅和初级审判庭以行使审判权，而以原先的按察司改为提法司，负责司法行政和监督，以实现地方上的司法独立。
这些司法机构的改革，加上后来《各级审判厅试办章程》的实施，实际上是把司法行政权和审判权分开，审判权开始独立于行政权之外。这个变化，实际上是废弃了中国长达千年的行政兼理司法体制，也可谓是中国司法独立之起源，迈出了现代法制的第一步。这种变化，是结构性的变化，意义是极为深远的。
另外，狱政改良也属于清末法制改革的一部分。有人曾说，监狱的好坏是衡量一个国家文明程度的标准，此言不差。传统监狱的黑暗可能比严苛的刑法更要残酷，对此，方苞曾在《狱中杂记》做了触目惊心、令人胆寒的描述（可参考拙著《帝国的绯闻：大清野史三百年》中的记叙）。当时的狱政改良主要本着人道主义和改造主义的原则，改革监狱管理制度，改善犯人的生活待遇，并重点在于感化犯人，教之以谋生手段，而不是残酷破坏。应该说，这些观念和实践在当时和未来的狱政管理中都起到了积极的作用。
当然，清末法制改革最重要的，还是其推出的一系列修订的新法律。经过精心准备后，修律大臣沈家本和伍廷芳陆续推出了一些重大的法律，如《大清刑事民事诉讼法》（1906年）、《新刑律草案》（1907年）、《大清现行刑律》（1910年）、《大清刑事诉讼律草案》（1911年）、《大清民事诉讼律草案》（1911年）及其《商人通例》、《公司律》和《破产律》等一系列的民法、商法法案。在清朝覆灭之前，这些按照西方法律分类编制的法典基本都已经修订完毕或者已经在起草之中。