七月十二日，昭宗君臣仓惶逃出京城，欲投奔河东的李克用。但刚走到渭北，镇国军节度使韩建就派其子韩从允将昭宗拦下，力请昭宗赴华州避难。
韩建曾在去年和李茂贞、王行瑜一同合兵攻入京城，杀了宰相韦昭度和李溪，又商量着废昭宗而立吉王李保为帝，所以昭宗根本信不着他，对此断然拒绝。然而韩建为达到挟天子以令诸侯的目的，在遭到拒绝后并不放弃，接二连三的上表昭宗请他临幸华州，言辞极为恳切。
昭宗是个耳朵很软的人，好话听多了，心又开始活动了，于是命人将韩建召到行宫问话。韩建此时也充分表现出了他在表演方面上的天分，见到昭宗后，立即匍匐在地，哭得泣不成声，道：“皇上，现在天下这些个藩镇，除了臣以为，没一个好东西，李茂贞欺负你老人家，李克用也不见得能比他好多少，晋阳远离京师，你老人家一去，再想回来可就难了。再看臣的华州，地方虽然不大，但地势险要，皇帝去了那里，李茂贞也拿你没办法。再说这里离长安近，守家待地的，皇上哪天高兴想家了，说回去也就回去了，不比去晋阳受李克用的气强吗？”
昭宗被他的甜言蜜语蒙骗，再加上从心里说，他也不想离祖宗基业太远，所以竟然答应韩建的请求，决定先去华州暂住，没想到这一去，实际上是等于自动跳进了火海。
日期：2008-8-309:25:24
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昭宗刚进华州的时候，韩建对他还真挺客气，将镇国军府让了出来，改做昭宗的行宫，自己则搬到了龙兴寺去处理军务。昭宗对韩建的行为也还算是比较满意，于是就做了在华州留下来的打算，并在这里组建了流亡政府。
然而时间不长，韩建就开始原形毕露，不再把昭宗放在眼里，将自己的权利凌驾于皇权之上，宰相们因为畏惧他的权势连公务都不敢处理，可见气焰之嚣张。昭宗这时已经进了他的地盘，想走就难了，所以无奈之下只得发出旨意让韩建主持朝政。而韩建是个武夫出身，目不识丁，因为怕闹出笑话，所以上表推辞。却不忘了要捞实惠，以天子的名义给藩镇下诏书，让他们把给朝廷的贡赋都运往华州。
这一来，引起了各路藩镇的强烈不满，多数藩镇借口此事绝了对朝廷的贡赋，很多到昭宗回京后也没能恢复。而作为当时天下数一数二的两大强藩朱温和李克用对此更是愤恨不已，都要兴兵对其讨伐，但因为当时两家正在交战，又都没有能力出兵，所以也就是口头说说而已，并没有付诸于实际行动。李克用想起了去年的事情，更是叹息道：“皇上要是肯听我的话，哪会有这些事情发生？”接着又骂韩建是笨蛋，说他是在替贼臣削弱朝廷，早晚不是被李茂贞擒获，就是死在朱温手里。
而朱温的手段显然比李克用灵活，虽说他当时也没有能力对此事出兵干涉，但很会利用这个时机为自己捞点好处。当时有个叫做崔胤的宰相因为得罪了韩建而被驱逐出朝，崔胤不愿到地方任职，便向朱温求助，并给朱温出主意，让他想个办法看看能不能把昭宗弄到东都洛阳去。
朱温听完认为崔胤这个想法很不错，所以立即与东都留守张全义一同上表，称已将洛阳的宫阙修好，请昭宗迁至洛阳，并声称要派一万兵马入关迎请昭宗。同时称崔胤是忠臣，不应被罢相，请昭宗收回成命。
韩建一听就慌了，生怕朱温入关跟他抢昭宗，忙以昭宗的名义派使者去汴州劝朱温不要派兵接驾，但为了照顾朱温的感受，又采取折中的办法，重新将崔胤任命为宰相。朱温也知道靠一万人也抢不回来昭宗，兴大兵的条件又不具备，所以不过就是嘴上说说，事情并没有办成。但通过这件事情，让朱温觉得崔胤这个人很懂事，正巧他也想在朝中找个代理人，于是便就坡下驴，答应了韩建的条件。而这一来，让崔胤觉得是朱温帮了自己的大忙，从此对朱温感恩戴德，尽心巴结，为其后朱温篡唐出力不少。
再说昭宗在华州受尽了韩建的气，很想早日能回到长安，便企图调集兵力将李茂贞赶跑。可巧这个时候的李茂贞因为打下了长安，也达到了解除昭宗军事威胁的目的，所以决定见好就收，于是给昭宗上表请罪，称自己已经改过自新了，就不麻烦朝廷再对他出兵讨伐了，并称愿出钱帮助昭宗修缮宫殿，以使朝廷能早日回京。
昭宗见表后觉得很欣慰，开始着手做回京的准备。然而，此时的他已经落入了韩建的魔掌，不可能由他说走就走。不但如此，韩建为了将昭宗彻底控制住，已经开始准备对其下手了。
乾宁四年（897年）正月初八，韩建决定解除昭宗的武装力量，于是上表称：“有人告发睦王、济王、韶王、彭王、通王、韩王、仪王要密谋杀我，并将皇上劫持到河中，请皇上早下决断。”
昭宗览表大惊，知道这是韩建为了要对付自己，而先对这些典兵的亲王发难，于是忙派人招韩建入宫，想跟他谈谈，看看能不能有圜转的余地。然而韩建谎称身体不适，拒绝入宫和昭宗谈判。
昭宗感到了问题严重性，只好派诸王到韩建府宅，去和韩建把问题说清楚。然而韩建还是不见，并给昭宗上表奏称：“诸王突然来到我的住处，让我觉得他们是有意发动叛乱，所以不能见他们。而皇上用这些亲王典兵，则是使他们生出叛乱之心的根源。所以我的意思是，皇帝应该取消亲王典兵的制度，只有这样才能使他们安分守己。而且皇帝看待自己的军队，应该无亲疏之分，那么皇帝别置的安圣、捧宸、保宁、宣化这殿后四军，显然是背离了无偏无党之道，应予取消。”韩建知道昭宗不会老实听命，遂命军队将昭宗行宫团团围住，逼其就范。
昭宗此时后悔已晚，只好万般无奈地解除了诸王的兵权，命其重归十六王宅，又将殿后四军余下的两万多士兵全部解散。从此，“天子之亲军尽矣”。
但是，韩建并不肯就此罢手，捧日都头李筠一直对昭宗忠心耿耿，几次叛乱都紧跟在昭宗身边，特别是乾宁二年李继鹏在京城作乱，要是没有李筠的保护，昭宗那时就已成为李茂贞的阶下囚了。像这样的人韩建是绝不允许他在昭宗身边长期存在的，于是韩建便给李筠安插了罪名，称其谋反，昭宗也无力保护，只得任韩建在华州大云桥将李筠斩首。
韩建对同与昭宗来往密切的道士们也不肯放过，昭宗不信佛教，即位后因为屡屡在政事上遇到挫折，所以只好使道教来麻痹自己，与道士许岩士、马道殷来往密切，宰相孙偓、朱朴常常通过他们和昭宗沟通信息。二月末，韩建以莫须有的罪名将其二人处死，并借口宰相孙偓、朱朴与此二人交通，将其罢相，昭宗对此也无可奈何。
四月，韩建又因为讨厌刑部尚书张袆等人，便上书将其全部驱逐出朝廷，昭宗也只好照办。
八月，去河东求援的延王李戒丕回到朝中，带回来李克用不能发兵的消息。韩建本来欲将诸王全部置之于死地，只是惧怕李克用才不敢动手，这时再没了顾忌，于是上书昭宗称：“自陛下即位以来，与藩镇的关系急剧恶化，这都是亲王典兵制度造成的，我革掉诸王的兵权，也正是因为担心发生不测。可没想到，这些亲王们还想着谋反，为了国家社稷着想，陛下应该大义灭亲，以绝后患。”
昭宗览表大惊失色，但又恐其气焰，不敢予以反驳，只好装聋作哑，不予答复。然而，韩建是铁了心要杀掉这些亲王。数日之后，便与枢密使刘季述合谋，矫诏发兵包围了十六王宅。当时尚在清晨，诸王尚未起床，闻讯后一个个披发跣足，惊慌失措，登上屋顶墙头，大声哭喊，请求皇帝救命。但也无济于事，当日便被韩建将通、沂、睦、济、韶、彭、韩、陈、覃、延、丹等十一王驱赶至华州城西的石隄谷，以谋反的罪名全部杀害，同时又将前宰相孙偓、朱朴等人驱逐出朝，昭宗由此成了真正的孤家寡人。
韩建一步步剥光了昭宗的权利，野心则进一步膨胀，为了达到更加有效地控制中央的目的，他竟然想将昭宗废掉，而立德王李裕为帝。好在他的叔叔韩丰还算冷静，对他说道：“你本是陈、许一带的蝇头小民，因为赶上了这个乱世，才使你成为了一镇诸侯，这是几辈子也修不来的福气。然而你不但不对朝廷感恩戴德，反而想借着同、华二州二百里的地方来闯这种灭族的大祸，与其这样，还不如让我死了算了，免得被你株连。”韩建听了这一顿诉责，头脑这才清醒过来，于是便打消了废立的念头。
这一断时间是昭宗即位以来最黑暗的日子，不但丢掉了京城，权利也被剥得一干二净，宗室骨肉和手下的大臣相继被人残害，甚至就连自己的生命都都不知道能不能得到保证。幸亏在这个时候，朱温彻底结束了郓、兖二州之战，便着手开始修建东都洛阳宫殿，以准备将昭宗迎往洛阳。