伊犁问题的详情如何？它的起因，前面已经说过了，天山南北收复之后，崇厚交涉索还伊犁，之后发生了些什么情况？
按照崇厚所签的伊犁条约，中国的权益将受到严重损害，更为重要的是，将会留下无穷的后患，葬送整个新疆之役的成果，使这次耗费巨大的战争前功尽弃，因此，修改这个中国无法接受的条约，关系极其重大，绝非如某些人所说的那样无关紧要。
这个条约，使中国只收回一座孤城，它将完全处于俄方的包围之中，俄国可以随时将其拿下。另外，这个条约将伊犁赴阿克苏的穆扎尔特达坂，以及伊犁经伊克哈布哈克与贡鲁克赴乌什的通道全部划归俄国，这样，俄国人也可以在自己高兴的时候轻易地袭取整个南疆，这些，都将给中国的国防安全，埋下极其严重的隐患。当时的人们评论说，按照这个条约，俄国有交还伊犁之名，而中国无收回伊犁之实。
总理衙门认为，这个条约使“伊犁已成弹丸孤注，控守弥难，况南山割去之地，内有通南八城道路两条，关系回疆全局。”
就连李鸿章也看到了这一点，他承认崇厚“议定约章，通商各款，损耗已多。至分界之事，伊犁西界划去数百里，其患犹浅，南界划去亦数百里，跨踞天山，隔我南八城往来要道，心殊叵测。”
左宗棠对这件事的看法是：“俄自窃踞伊犁以来，无日不以损中益外为务，蓄机甚深。此次崇厚出使，乃始和盘托出。若仍以含糊模棱之见应之，我退而彼益进，我俯而彼益仰，其祸患殆靡所止，不止西北之忧也！”
俄国将伊犁“已视为己有，若此蚕食不已，新疆全境将有日蹙百里之势，而秦陇燕晋边防且将因之益急。彼时徐筹边也，正恐劳费不可殚言，大局已难复按也。”
在这样的形势下，清廷展开了一次自海防和塞防之后的又一次大论战。
李鸿章认为“此次崇厚出使，奉旨给与全权便宜行事字样，不可谓无立约定议之权。若先允后翻，其曲在我。”“其实（伊犁）久假不归，于大局无甚关碍，今成蛇足，进退两难；认为左宗棠主战是“不明彼己”，必有后患。主张接受崇约。
而左宗棠则认为，崇厚“虽以全权出使，而所议章约均须候御笔批准，是先无所谓允也”；“且俄自踞伊犁以来，隳我九城，久假不归，纳我叛逆，屡索不与，四纵逋寇，扰我边境”，“是俄已先启衅，曲本在俄也”。主张采取强硬姿态，拒绝崇约，应该说，中国做出这种选择，依然是形势所迫，不得不然。
对于俄国的认识，应该进行具体的分析，不能一味强调俄国比中国强大，退缩忍让，给将来留下后患。左宗棠说：“近因(俄国）兼并日多，兵力不资分布，征敛无艺而黩武不已，内乱方兴，仍勤远略”，若“不能自量力能，乃思一逞于我，胜负之机无待蓍察。我之主战于理、于势均无不宜，将来事机顺利必有人焉居间说合，为之求成。”显然，在俄方理屈势亦不强的情况下，即使开打，也只能是一场局部战争而已。左宗棠对于俄国的判断，符合客观事实。
尽管如此，左宗棠对于开打，却是极其慎重的，虽然作了兵指伊犁的布置，他本人也将大本营从肃州前移哈密，但却依然跟实际开战有很大的距离。他在给张曜的信中说：“时论力主款议，惟虑西陲先启衅端，实则此间自知无先肇衅端之理，惟希此时申儆，勿贻口实为要。”要求前线将领约束部队，不要有所疏忽，给俄方和那些力主款议的人留下把柄。这段话已经非常清楚地证明了西师尽管认真备战，毫不示弱，却根本不会轻启战端，完全不像那些“力主款议”的人们所宣传的那样草率和鲁莽。
美国人贝尔斯说：“仔细研究左宗棠这期间的言论，会发现他并不打算看到中国陷入一场与俄国的战争中去，但他清楚地认识到军队辅助外交的重要价值。”这种意见，无疑是相当中肯的。
中方态度谨慎，却绝非不堪一击。英国人包罗杰在他的《阿古柏伯克传》一书中说：“这支在东土耳其斯坦的中国军队，完全不同于以前在中亚的中国军队，它基本上近似一个欧洲强国的军队”。俄国中校索斯诺夫斯基在《1874-1875年在中国的考察》中，在供述俄国提供粮食给中方时也承认，中国的西师是“七万武装得不错的，守纪律的，善战的”军队。德国人福克则在他的《西行琐录》中说：“余看爵相（左宗棠）马、步两军并一切枪炮，并其将官阵法，尽善尽美。若与俄交战于伊犁，必获胜仗。第恐俄人不战于伊犁，而战于别处。”
俄国调兵船到黄海，左宗棠认为“俄船东下，遍历海疆，结倭奴封辽海，亦不过虚声胁和之计。乌有正议用兵，先将数万里外攻战阴谋坦怀相示者？”“俄国兵船图封辽海，意在胁以索兵费。”
这种判断符合事实。当时，俄国刚刚结束对土耳其的战争，财政枯竭，赤字高达5000万卢布，他们虽想通过战争打败清军，永远霸占伊犁，但限于财政原因也不敢贸然兴兵。俄方参加谈判的外交部高级顾问若米尼就说：“战争对于我们将是耗费巨大，没有止境，而又无益的。”他还说：“只有痛打他们一顿，才能使他们老实下来。但是我们得承认，这种必要的做法对于我们枯竭的财政来说是十分困难的。”东西伯利亚总督也上奏沙皇说：“不宜轻易和中国作战，远东舰队力量薄弱，陆军也不强，不足以防守边疆。”
在这种情况下，俄国对左宗棠奉诏进京格外关注，其谈判首席代表、外交大臣格尔斯就询问曾纪泽：“风闻左中堂现在进京，恐欲唆使构兵，不知确否？”后来，他们明确表示“（俄国）皇帝谓有传闻左相奉召入京，务须及早定议，免生枝节。”并特别强调：“今日之言系本国皇帝之话。”就在这种情况下，俄国终于做出让步，废除了由崇厚签订的条约。晚清以后，一些评论者将伊犁改约完全归功于曾纪泽，其实并不符合事实，因为如果没有军事上的支持，仅仅靠外交努力，要想让俄国做出让步是根本不可能的。
著名的英语老师罗永浩在讲自己少年故事时所说，两拨打群架的孩子互相对峙时，如果没有任何一方胆怯，打架的事往往不会发生，但只要有一方胆怯，打架就肯定会发生，露怯的一方往往会被打得很惨，即使他们的实力并不弱。这样的道理，其实也适用于当时的伊犁事件，如果中国一味示弱，结果肯定不会如此。
可能有人认为，左宗棠在赴京途中给刘锦棠的信中说：“俄事非决战不可。连日通盘筹划，无论胜负云何，似非将其侵占康熙朝地段收回不可。中俄之衅，实由此开”，这段话是他盲目开战的证据。其实，这时他已经解职，给刘锦棠的信只是谈自己的感慨而已，并非下达作战命令，一切尚需看谈判结果才能做出反应。左宗棠对最后的结果并不满意，因为曾纪泽并未完成行前清廷交给他的收回伊犁全境的任务，并且在其他方面做出了许多让步。但是，此时伊犁事件已经全部结束，无论发表什么样的议论都不可能重新挑起一场危机了，当然，也就不能将这种议论作为左宗棠打算将中国拖进一场中俄战争中去的依据。
需要强调的是，左宗棠跟李鸿章在朝中的宠信程度是完全不一样的，如果新疆之役以失败告终，左宗棠决不可能像甲午战争之后的李鸿章那样全身而退，他自己的身家性命必将成为战败之后首先付出的代价，尽管左宗棠对此在所不惜，但他肯定不会鲁莽从事，则是毫无疑问的。某些人一再声称左宗棠不顾后果，将中国推向战争，其实是不符合客观历史事实的。