郭嵩焘在广东巡抚任上日子难过，最主要的原因是跟时任广州将军又兼两广总督的旗人瑞麟关系紧张，督抚同城，相持不下，通省事务自然也就可想而知。太平军汪海洋部进入广东，军情紧急，就更加弄得一塌糊涂。镇平之战以后，郭嵩焘便上了一个名为《奏请开缺另简能员接任广东巡抚疏》的折子，又附了一个《缕陈粤东大局情形片》，大致讲述了他和瑞麟之间的矛盾，以及广东军务如此糟糕的原因。
一般情况下，督抚同城时，总督的职责偏重军事，巡抚则偏重民事。郭嵩焘这样讲述广东的情况：
“粤民强悍胜于湘淮，而自来募勇章程极为疲敝，竟至支放数千人口粮而营勇并无名册，开募亦无期日。臣念粤军如卓兴、方耀，本属能战之将，徒以营制废弛，以枉其材。……方耀始留三千人为六营，渐次增至九千余人，郑绍忠五百人为一营，渐次增至五千人，讫未依照办理，仅赖军需局曾经立案，勉强开报名册。方耀防堵平远数月，闻贼至而先期避去，致令全军溃散，经臣与毛鸿宾（前总督）参奏。镇平贼退，郑绍忠跟踪收复，数日而贼反扑，致损锐气。卓兴驻省两月，索旧欠二十万以行，由老隆调赴兴宁，径报率勇归家，已而复称各勇均经招回。瑞麟概不查问。作辍自由，上下相蒙，一意包含，养成尾大不掉之势。”
这里说的是从前的情况，广东的军队，支放数千人口粮，竟然连个起码的花名册都没有，什么时候开始“入伍”，都有哪些人，领了多长时间军饷，完全是一笔糊涂帐。并且方耀在驻防时，遇敌便“先期避去，致令全军溃散”；郑绍忠则只会“跟踪收复”，等到太平军再杀回马枪，重新返回，便立即重新交出城池一败涂地；卓兴在广州呆了两月之久，索要了二十万欠饷之后，干脆“率勇归家”。这样的军队哪里能打仗？却还都是粤军中的“能战之将”！
郭嵩焘接着说：“军情之利钝不能预知，而事必求其无悔；营规之整散不能骤变，而法必先其可行。臣奉职无状，于用兵尤无所知。赋性愚直，遇事尽言，讨论得失，不知隐饰。尤念粤东办理军务，幕客、门丁、书吏扶同渔利，惟惧事权旁假，耸弄督臣，防臣干预。倾因长乐失守，惠州戒严，沿江盗贼蜂起，经司道等会商，请臣驻扎惠州，借资镇压，乃蒙督臣面斥司道，责臣越职侵权，有意凌冒，臣实茫然。窃查国家定制，督臣专任兵事，水陆各营悉归节制，抚臣不得与闻，专主额兵言之。近年办理军务，抚臣驻扎省份，各营仍听节制。至于募民为兵，防堵边界，保守城池，抚臣例当会办。粤东额兵七万余人，较各省为最多，历来军务及捕治一二盗匪均须募勇，抚臣随例列衔，诸事无一关白。”
这段是说广东的军务，都被总督衙门里的幕客、门丁、书吏所把持，从中获取好处，并且唯恐其他人插手，对总督进行欺瞒诱骗。广东长乐失守之后，一些司道官员请郭嵩焘进驻惠州，但总督竟然因此斥责司道，并指责巡抚“越职侵权，有意凌冒”。即使按照国家规定，总督主持军务，巡抚不得干预，也只是专指绿营额兵而言，而一些特殊情况下的军事行动，巡抚都是照例要参与的，但广东的情况则仅仅由巡抚挂个名而已，没有一件事是向巡抚进行通报的。
在陈述了一系列的具体情况之后，郭嵩焘于折子末尾坚决要求“仍乞严饬瑞麟，先将该幕友徐灏摈退，稍清其流，无任盘踞把持，败坏风气。”
这个折子不仅对瑞麟的工作提出大量指责，还对瑞麟身边的各色人等的劣行进行揭露，并提出首先将瑞麟的师爷清退的要求。两人之间的矛盾已经势同水火，是显而易见的。[待续]
[续前]
这些对广东军务的叙述，是由郭嵩焘自己讲的，如果这些话出自左宗棠之口，恐怕就有诬陷之嫌了，那里的情况究竟如何，相信每一个读过这段奏折的人都回心中有数。
如果没有太平军的入粤，也没有左宗棠节制三省军务这回事，那么，广东的事情跟他风马牛不相及，左宗棠自无置喙之理，如今的问题并非如此，左宗棠已经受命节制三省军务，当然就必须对整个广东战场负责。那里的情况犹如一只三条腿的鼎，必须三足齐备这只鼎才能立得起来，现在广东这条腿名存实亡，完全不能承受任何重量，即使已经对它给予最大限度的照顾，它仍然不起任何作用，导致了整只鼎的倾覆，任何一个对全局负责的人，在这种情况下恐怕都不会保持沉默的。然而，问题来了：广东巡抚郭嵩焘曾经对左宗棠有过救命之恩，即使那里的情况再糟糕，左宗棠也必须装聋作哑，没有说话的资格，否则就是忘恩负义！左宗棠最后没有沉默，高阳便在他的小说中就这件事横加罪名，大伸挞伐。
当时太平军余部由汪海洋率领进入广东，清廷接到这份奏折之后，当然一点都不敢马虎，立刻做出反应，首先斥责郭嵩焘：“览其所奏，语多负气，本日已明降谕旨，将郭嵩焘严行申斥。”同时下旨要求左宗棠对这件事就近进行调查：“该督抚因何不协，究竟为公为私？据实复奏，请旨遵行。粤东军务方殷，若疆臣各存意见，不能和衷，将士复粉饰军情，不肯尽力，大局何堪设想！”这份上谕的发布时间为同治四年八月二十一日（1865年10月10日）。
左宗棠当时正在福建筹划战局，不可能专门跑到广州去调查这样一件事，同时提出了这样的个人原因：“臣与郭嵩焘生同里椋矣氤及侄銮祝蚯牖乇堋！毕匀唬久挥邢窀哐羲档哪茄枳诺鞑楣愣礁艿幕崛ザ怨造饴渚率南敕ā�
左宗棠在同治四年九月十八日(1865年11月6日)的奏折中详细叙述了当时的情况和自己的看法：
“闽军驻武平边隘，距镇平县四十五里，扼贼由闽窜江要冲，广东必欲催其（闽军）入粤，而粤军之分攻镇平者仅只方耀一支，又距镇平百余里，镇平未克，不会闽军攻城，镇平既克，不会闽军追剿，是有会剿之名，无会剿之实也。迨闽军分攻镇平之北、东、南三面，江军进平远东石，遥扼其西北一面，粤军所宜防者仅西南一面耳。八月初五日，长乐之贼既已献城，则粤军卓兴一枝正可由长乐以守兴宁，力扼西南窜路。乃闽军于八月初九夜复镇平县城，即蹑踪猛追六昼夜，至罗冈已越兴宁，而前未见方耀之军，亦并未见卓兴之军，而龙川之贼反得与汪逆合并越江西长宁地界。长乐距兴宁不过百里，两日可到，贼之由镇平窜走，在长乐收复后五日，其辗转而窜至兴宁，则在九日之后。”
左宗棠接下来说：“臣于粤军将领长短，素无所知。初见瑞麟折抄咨会，以方耀、卓兴为粤中大将，意其不能战，或尚能守。不图其骄与怯俱贻误一致于此！郭嵩焘所陈数误，自系实在情形。”他还提出这样的质疑：“粤军果欲严西南之防，与闽军收夹击之效，岂九日不能为百里之行，胡为迟迟又久避贼而兼避闽军乎？此不能为卓兴、方耀解者。”
左宗棠最后说：“幕友徐灏劣迹，臣无从查知，不敢置喙。自古用兵之际，主兵者因军务繁重，不得不广辟幕僚相助为理，如唐之掌书记，晚唐五代之典签，皆是也。然必主兵者能躬自综理，乃免贻误。若一委之幕客，而幕客又不得其人，则因缘为奸，势所必至。皇上察广东军务之误，则知瑞麟之误，察瑞麟之误，则知幕友徐灏矣。”
以上是广东的军事，至于广东的“饷事”，郭嵩焘自己在奏折中是这样说的：“据代办广东布政使事盐运使方浚颐会同军需总局司道详称：粤东自逆匪窜扰东、北两路，添募兵勇防剿，加以弹压土、客，每月军饷多至三十余万两。藩、运各库搜罗净尽，每月厘捐仅收银七八万两，不及支应军粮之半。”
一方面每月需要三十多万两的军饷来供养七万人之多的粤军，弄得全省财政搜罗净尽，另一方面则是如此庞大的一支军队却丝毫没有战斗力，广东的情况究竟如何，郭嵩焘自己把情况介绍得一清二楚了，恐怕已经不用任何人再去落井下石。[待续]
[续前]
有些评论者对于左宗棠当时没有让郭松林的八千淮军进入广东支援提出指责，认为这是存心不良，郭嵩焘自己也对此颇有怨言。