就在这种情况下，曾国藩一方面阻止李鸿章增援金陵，另一方面却要求浙江分兵万余远赴安徽，去从事并没有多大意义的会剿。如果真的执行这一方案，剩余的两万多浙军必然处境危险，一旦太平军对杭余两城进行救援，将会使那里的攻城部队腹背受敌，出现浙军全盘瓦解的情况。作为节制四省、负责全局的最高指挥官，曾国藩的这一决定无疑是非常荒唐的，不可避免地遭到左宗棠抵制，但是，左宗棠拒绝出兵安徽，则进一步引起曾国藩的不满，对他本人十分不利，但到了这种时候，左宗棠已经完全没有退让的余地，便断然拒绝了曾国藩的要求，结果，又进一步加深了两人之间的裂痕。
针对当时的战场形势，左宗棠反复提出曾国藩应该注意广德，同时认为，李鸿章的淮军在攻克苏州之后，不必在意常州，而应该向西攻打尚在太平军手中的溧阳，这一带的战略地位比常州重要得多，只要控制了广德、溧阳等战略要点，常州可不攻而下。
然而，左宗棠的意见并没有引起曾国藩的重视，他一方面提出由于兵力不足、缺少统将等理由，不去攻占广德；同时，也由于私心，不愿意淮军向西靠近金陵。对于后一问题，曾国藩的心情是比较复杂的。
李鸿章的淮军具有大量进口的洋枪洋炮，尤其是大口径的开花大炮，是攻城的利器，如果由淮军来攻打金陵，当然是非常省力的。然而，这样做，将会产生一个利益分配问题：一方面，曾国荃当时已经围困金陵两年之久，付出了巨大的代价，淮军一来，势必要分功，对曾国荃来说就很不合算；另外，淮军是捞取“虏获”的好手，一旦金陵城破，必然会跟曾国荃的湘军争抢金陵各太平军王府内传说中的那些金银财宝，对这一点同样不能没有顾虑。由于这两个原因，曾国藩一直在淮军助攻金陵的问题上态度暧昧，李鸿章对曾国藩的本意心领神会，迟迟不愿西进，当然也就不可能去攻打溧阳、宜兴这些本来就属于江苏的地盘了。
关于广德问题，左宗棠反反复复谈得很多，我们可以看看他在同治二年年底的一份奏折中的内容，以了解一下这方面的情况，此时距离攻克金陵尚有半年多时间：
“以现在局势言之，金陵贼势甚蹙，觅路逃窜，本在意中。纵洪逆恋其巢穴，誓死以拒，李秀成、李世贤等未必肯束手就戮。纵李秀成、李世贤等肯束手就戮，而伙党尚众，亦必觅路纷逃，况现在句容、溧阳、广德一带，均尚为悍贼所据，贼之必由此路逃窜，殆无可疑。设由广德窜入皖南腹地，虽无粮可掠，无人可掳，然贼果昼夜疾驰，不数日即可出险，恐守城各将来弗击、去弗追，终成不了之局也。曾国藩虑无大支游击之师，意或在此。然臣窃有请者：贼势实已穷蹙，官军合计兵力亦不为单，如果权其缓急应之，自能有济。就现在局势而言，苏州既克，杭州之围正急，悍贼邓光明既诛，陈逆炳文、汪逆海洋均在杭、余两城，自救不暇，海盐、平湖又已收复，其海宁、嘉兴之贼不足为苏州之患也，是李鸿章所部可缓攻嘉兴。其踞常州之逆为陈坤书，李鸿章既言其不甚耐战，自无能为，暂舍此不攻，金陵一破，常州亦必应手而下，是李鸿章所部可缓攻常州。惟溧阳一县为各逆眷属所在，守贼李世贤又狡悍著闻。贼如思窜，必假途于此。李鸿章如暂缓嘉兴、常州不攻，派得胜之师由无锡急攻宜兴、溧阳西北，与曾国藩溧水守军互相联络，纵溧阳未能即拔，而此路要无可虞。贼纵由溧阳冲出与广德之贼合伙，李鸿章之军犹可蹑踪猛追，不令善脱，较之空此一路任贼窜过自为胜之。
曾国藩力持坚守之议，现正布置皖南、江西一带防兵，固为老成之见。然贼知我以坚守为主，必不攻；各将以坚守为事，必不战。倘贼舍城不攻，从间道疾驰而过，恐调拨尾追亦有所不及。何如厚集兵力扼广德、建平、东坝总要数隘，与李鸿章一军互相联络之为得乎？至江西距贼稍远，为饶广计，均宜以严扼昌江，力保上游为主，如婺源、祁门、石门诸处是也。苟兵力有余，则仍以远防广德、宁国县为要。”
一场大战，总指挥的战略思想是否合理，无疑是至关重要的。左宗棠反复强调的上述意见，反映了他对当时整个战局的认识。然而，这种意见却根本不为曾国藩所采纳。
曾国藩对于左宗棠再三致函要求他注意广德的建议，总是以无兵可派，或者即使有兵也缺少统将的理由推脱，甚至打发鲍超去进攻句容这个并非战略要点的城池，就是不愿理睬广德。
至于李鸿章的淮军，曾国藩的心理就更加复杂了。
照道理，曾国荃围了天京城两年，迟迟未下，是应该调李鸿章支援的，李鸿章也曾经去信试探。于是，曾国藩给曾国荃去信说：“细想少荃（李鸿章）会剿金陵，好处甚多。其不好处，不过分占美名，后之论者曰：润（胡林翼）克鄂省，迪（李续宾）克九江，沅（曾国荃）克安庆，少荃克苏州，季高(左宗棠)克杭州，金陵一城沅与荃各克其半而已。此亦非甚坏之名也，何必全克尔后为美名哉？人又何必占天下第一之美名哉？如弟必不求助于人，迁延日久，肝愈燥，脾愈弱，必成内伤，兄弟二人皆将后悔，不如及早决计，不著痕迹。”但是，遭到曾国荃的坚决拒绝。
于是，曾国藩就告诉李鸿章：“舍弟所部诸将，素知阁下与贱兄弟至交多年，无不欣望大旆之西来。而所疑畏者亦有两端：一则东军富而西军贫，恐相形之下，士气消沮；一则东军屡立奇功，意气较盛，恐平日致生诟谇，城下之日或争财物。请阁下与舍沅弟将此两层预为调停，如放饷之期能两军普律匀放，更可翕合无间。”由于此时的李鸿章军饷比曾国藩充足得多，要想让湘淮两军平均发饷，李鸿章当然是不可能接受的。这样，实际上也就拒绝了李鸿章赴援金陵的打算。
于是，曾李两军之间的关系当然就十分微妙了，对于左宗棠要求淮军拿下溧阳的建议，无论曾还是李，都根本不会考虑。由于李鸿章很懂事地不去金陵，令曾国藩非常满意，他在给曾国荃的信中说到李鸿章时，赞不绝口，称他“其心可敬”；相比之下,对于不肯派兵去安徽参加会剿的左宗棠，恐怕就应该是其心当诛了。
这样一来，就在战略上出现了重大问题：由于广德掌握在太平军手中，使左宗棠“逼溜合龙”的想法完全落空，整个战场形成一个巨大的漏斗。后来的事实也完全证实了左宗棠事前的预料，大股太平军经过广德逃往江西，曾国藩和李鸿章的十几万湘淮军完全失去目标成了摆设，从而大大延长了战争结束的时间。
曾国藩既然节制四省军务，当然也应该“节制”湘军、淮军、楚军的军饷，至少应该做到大致平衡，而不应过分苦乐不均。但实际上曾国藩派李鸿章赴沪之后，却完全失去了对上海饷源的控制，作为主帅，他在这一问题上当然是应该负有责任的。后来，曾国藩几经磋商，好容易使李鸿章答应每月接济他四万两军饷，军饷极度艰难的左宗棠知道之后向曾国藩提出希望能从中分到每月一万两，遭到拒绝。于是，在淮军将领纷纷暴富的同时，浙军却欠饷一年之久，身为浙江臬司、后来更明确为“副帅”的刘典回家奔丧时，竟然身无分文，左宗棠费了好大周折，才在养廉的项目之下凑了一点盘缠，使他勉强能够上路。
当年曾国藩率湘军东征时，军饷方面的情况根本不是这个样子，咸丰六年(1856年)，有一次山西解到军饷三万两，路过湖北，官文自己截留二万，给了胡林翼一万。胡林翼立刻将这一万两军饷送到湖南，湖南转运江西交给曾国藩。接着，胡林翼又从官文手中挤出一万，并且另外凑出七千两，李续宜听说这件事之后，也立刻从自己的军饷中拿出三千，凑足三万之数解往江西，而这时候无论胡林翼还是李续宜，自己的部队都已经欠饷好几个月了。当年的将领们彼此照应，克己助人，左宗棠就是他们之间的居中协调者、经手人，可如今各军之间的军饷却形成如此巨大的反差，左宗棠心中当然不可能没有想法，而曾左李所部军饷方面的巨大差异，也正是他们彼此关系的一种反映。