而某些流传很广的樊燮一案的说法里，之所以先要将骆秉章大大贬低一番，将他描写成一个无才无德、根本不理公务的庸人，只不过是为了给后面讲的左宗棠独断专行做铺垫而已，这些描写，其实并不符合当时的实际情况。
事实上，樊燮的事情，正是由骆秉章亲自过问并引发的。
由于湖南提督空缺，骆秉章曾经将担任永州总兵的樊燮作为候选人，打算让他署理这个职务，也正因为有了进行提拔的打算，便格外注意加强对于此人的考察。在一次视察时，他专门来到樊燮的兵营里，突然集合士兵清点人数。这一清点不要紧，发现实际人数大大少于花名册。过了一会儿，樊燮匆匆赶来解释，说这些士兵都生病了，所以没有参加点名，如今他们全都到齐了，请抚台大人再去清点一次。樊燮的这种表现，无异于欲盖弥彰，更加加重了骆秉章对于他吃空饷的疑心，于是就开始对此人进行调查，并通过和永州知府黄文琛等人的交谈，掌握了樊燮大量贪赃枉法的劣迹。
上述事实说明，樊燮受到格外关注的起因，不仅没有包含一丝一毫的恶意，反而是官场中许多人梦寐以求的升职机会所导致的，如果他是一个好人，当然可以通过骆秉章的考察，不仅不会革职，反而会得到提升，成为全省级别最高的武官；但是，他劣迹累累，根本经不起这种考察，那么，提督的位置当然跟他擦肩而过，连他已经担任的总兵官职也保不住了。这件事情的经过，也证明了身为巡抚的骆秉章是一个称职的官员，否则，当时的湖南也不可能在他任内出现那样的局面。
骆秉章在他的自叙年谱中是这样讲述这个事件的：“永州镇总兵樊燮，声名恶劣，同城弁兵无不咨怨。八年（1858年）赴京陛见，先参其私役兵弁，乘坐肩舆，并声明访问各款劣迹俟查实参奏。嗣据委员赴永，查该镇零用皆取自营中，提用银九百余两，公项钱三千三百余串，又动用米折银两，即据实严参，奉上谕拿问审办。嗣有人唆耸樊燮在湖广递禀，又在都察院呈控永州府黄文琛，商同候光裕通知在院襄办军务绅士左某，以图陷害。后奉旨交湖广总督官文、湖北正考官钱宝青审办。旋于八月二十五日将樊燮妄控奏明，将查明账簿、公禀、樊燮亲供等件咨送军机处。左君因此一案，忧谗畏讥，遂定义于十(1860)年正月出署，请咨赴京会试。”
骆秉章的这段讲述，显然与樊燮所说有巨大差异，早在“燮公”所述情节发生的前一年，咸丰八(1858)年秋，骆秉章就已经在赴京陛见时对樊燮进行了参奏，并且说明将在回省后派专人对此案进行调查，届时再将详细材料呈报。应该说，早在左宗棠因为得不到请安而“报复”之前，樊燮一案的调查就已经启动，他被摘去顶戴也只是个时间问题了。
左宗棠后来也对胡林翼谈到了调查的具体情况：“中丞之劾樊燮，乃迟之又久，考究再三而后发者。近时军政之坏，实由武职大员贪纵所致。怕死固然，要钱尤甚。”“自樊燮到任，则日用所需，丝毫皆取自营中，值月弁兵即其管账之人，千、把、外额以之充管厨买办之役，即其印札亦云‘本镇日用，间有取自营中’一语，兵丁米折则挪买绸缎，武职廉俸则摊修上房，皆有簿账供禀可凭，此其贪也。千总因演戏时放赏未到，各棍责数十；管厨之外委因烧煤过多，棍责数十；管轿之兵丁因洋灯不燃，棍责数十；外汛之把总因沿途供给稍迟，即在船边棍责。皆有供禀可凭。此其纵也。”“虚粮占伍，东南各省皆然，不独湖南。湖南亦不独一永镇。向为永镇者皆然，亦不独一樊燮。而贪纵之状，则实无樊燮之过甚者。通镇兵丁二千余，存城者名为四百余，而实存不及三百；镇署当差兵丁乃至一百六十名之多，凡厨役、水夫、花儿匠、点心匠、剃头匠诸役，无非兵者。此不独各弁兵供词所同，即樊燮亲供，亦云永署宽阔，向来旗牌伴当及当差兵丁，实共一百六十名。然则除私役外，其存伍者，计不过数十人而已。”实际上，真正霸道的不是左宗棠，而是樊燮，一个永州城里，总共不足三百人的兵丁，竟然有一百六十人在给总兵大人充当各种杂役，其霸道程度可见一斑。
咸丰八年十一月二十九日（1859年1月2日），骆秉章正式上折奏参樊燮违例乘坐肩舆，私役兵弁，冒领军饷等等劣迹，并声明“臣现委员赴永详查一切，俟得实据，再行奏参。”同年十二月十一日（1859年1月14日），咸丰下旨，“樊燮着交部严加议处，即行开缺”，将樊燮革职。咸丰九年二月二十八日（1859年4月1日），湖南将从永州调查的结果具折呈报。九年三月十三日(1859年5月2日)，清廷颁发上谕：“实属恣意侵亏，大干功令，亟应彻底研究，以儆官邪。樊燮着即行拿问，交骆秉章提同人证，严审究办。”
既然已经奉旨拿问，当然应该提取相关证人对质，将各条罪状逐一落实。于是，已经革职回籍的樊燮被解到湖南。[待续]
[续前]
然而，自这一年正月起，石达开率部由江西南安、崇义进入湘南，桂阳、兴宁、宜章、郴州先后被太平军接连攻克。石达开的部队，“人马行六昼夜不绝”，号称三十万，扬言“先取宝庆，再攻长沙，自常、辰、沅、澧，经酉、秀、忠、涪，取荆州，从夔万入巴蜀自王”，一时之间，形势万分紧急。樊燮案的调查，必须和永州地区的许多证人对质，永州地处湘南，正是吃紧的所在，在这时候当然不可能实现，此案也就被暂时搁置。照道理，如果左宗棠真的逼樊燮下跪，由于樊燮坚决不肯请安而勃然大怒，开始拳打脚踢动起手来，并且于事后报复，让樊燮丢了顶戴，那么，樊燮被革职之后，他已经达到了目的，事情也就了结了；而樊燮则受了莫大委屈，应该在被左宗棠侮辱之后就立刻向官文进行控告，至迟也应该在咸丰八年十二月二十一日（1859年1月14日）被革职的时候，就忍无可忍地进行控诉了。可是，实际情况并非如此，本该立即上告的樊燮在罢官后悄悄地回了湖北，并没有任何申辩的举动；相反，倒是湖南方面对已经被革职的樊燮继续上报调查材料，并且还将按照朝廷的命令对他做进一步的追究，这种情况是否有点不合常理呢？
由于湖南官场内一些人物的活动，总督官文便于咸丰九年四月间将樊燮提到了湖北，而樊燮也就在这时才控告左宗棠，接着，官文于咸丰九年六月二十七日（1859年7月26日）根据樊燮的控告亲自拟写奏折，严参左宗棠。也就是说，樊燮的所有控告，是在已经被革职之后好几个月、在被官文提到湖北之后才进行的，这种情况下的控告，当然就不会没有什么内幕了，与其将它说成是樊燮在受到左宗棠侮辱之后的忍无可忍之举，不如说是经过文格、官文等人的怂恿产生侥幸心理之后的一种表现更加令人信服吧？
樊燮的诬告得到当时湖广总督官文的支持，有的人说官文和樊燮是亲戚，所以决心为他撑腰，这些说法和关于左宗棠批颊大骂，要樊燮滚出去之类传说一样，恐怕都是局外人为了使故事更加引人而增加的情节，未必可信。官文之所以对这件事如此上心，其实另有原因，长期以来，湖南方面对这位旗人总督并不买帐，许多事情都让他下不来台，日久天长，当然怀恨在心，可一时之间又找不到什么发泄的机会。这样的例子很多，比较典型的一次是，此前湖北形势吃紧时，湖南曾派候补道王錱领兵支援，事后，身任湖广总督的官文行文湖南称：“王道一军极为可靠，除已由本大臣奏留驻扎崇、通一带，督率地方官实力搜捕，所有王道一军勇粮等项，不得不由湖南筹发。”他不仅要凭空截留湖南的一支军队，而且“每年可潜取湖南十余万之饷”，湖南当然不能答应。左宗棠写信给王錱，告诉他形势缓和之后，“尊军自须拔营回岳”，“行止久速，一听尊裁”。王錱对左宗棠言听计从，湖北军务告竣之后，立刻率队退回湖南，这样，不仅让官文的如意算盘落了空，还驳了这位总督大人的面子，截留这支队伍的打算即使向朝廷打了报告也没用。