古格王朝的前身可以上溯到象雄国，王朝的建立大概从9世纪开始，在统一西藏高原的吐蕃王朝瓦解后建立的，到17世纪结束，前后世袭了16个国王。它是吐蕃王室后裔在吐蕃西部阿里地方建立的地方政权，其统治范围最盛时遍及阿里全境。它不仅是吐蕃世系的延续，而且使佛教在吐蕃瓦解后重新找到立足点，并由此逐渐达到全盛。因此古格王朝在西藏历史上具有重要意义。
吐蕃王朝末代赞普郎达玛时期，灭佛毁寺，不少避难僧人远遁阿里。阿里地处西部边境，深受大食、印度的影响，加上又是苯教的发源地，所以便成为各种思潮、各种力量汇集之地。公元843年（唐武宗会昌三年），朗达玛被一位僧人刺杀，内战纷起，4年后平民起义，吐蕃王朝崩溃。之后先后曾出现大小7个王国，西藏长期处于藩王割据局面。
朗达玛的两个儿子奥松与云丹也为争夺王室相互斗争，奥松之子贝考赞为奴隶起义军所杀，贝考赞的儿子吉德尼玛衮见大势已去，回天无力，便带着三个大臣和100多人，投奔阿里，并娶了当地头人的女儿。后来吉德尼玛衮将阿里一分为三，分封给他的3个儿子，古格王国即第三子德祖衮的封地。
17世纪中，古格王朝发生内乱，国王之弟请拉达克军队攻打王宫，王朝被推翻。古格覆亡后，并入拉达克（今克什米尔）一段时间，后被以达赖喇嘛为首的西藏地方政府重新收回。
古格王国的统治中心在扎达象泉河（藏语为朗钦藏布）流域，北抵日土，最北界可达今克什米尔境内的斯诺乌山，南界印度，西邻拉达克（今印占克什米尔），最东面其势力范围一度达到冈底斯山麓。其都城札不让位于现扎达县城西18千米的象泉河南岸。札不让北面的香孜、香巴、东嘎、皮央遗址，西面的多香，南面的达巴、玛那、曲龙遗址等，都具有相当的规模。
古格王朝的崇尚佛教，多次派人到克什米尔学经，翻译佛经108部，得佛教之益，王朝历经数百年不衰。1042年，印度高僧阿底峡到阿里地区弘法，使阿里成为佛教复兴之地，佛教史称之为“上路弘法”。
古格在西藏的经济和文化发展史上占有重要的地位，当时古代印度的许多重要佛教教义，就是从这里传入西藏腹心地区的，这里又是古代西藏对外贸易的重要商埠之一。
古格王国的都城建立在山上，十分雄伟，王国延续了好长时间，居民都是虔诚的藏传佛教徒。后来，葡萄牙人到了印度果阿，又从果阿来到位于西藏阿里的古格王国。葡萄牙传教士首先说服了王后，接着说服国王改信天主教。正在这个时候，不幸的事情发生了，寺院的喇嘛偷偷的和克什米尔人取得了联系，克什米尔人于是打了进来，与喇嘛们里应外合，古格王国就这样被推翻了。
克什米尔人在古格王国的废墟上烧杀抢掠，后来，驻守在西藏的厄鲁特蒙古人出兵把克什米尔人逐出西藏。时间大概相当于明朝末年。
不久前，人们在古格王国遗址的藏经洞里发现一个纸糊的面具（驱鬼用的），糊面具的纸上竞然是用葡萄牙文写成的《圣经》经文，这一发现立即轰动了整个世界。想当初，当喇嘛们手里拿着撕碎的《圣经》，把它糊成驱鬼用的面具的时候，他们的心中大概非常得意吧。
一夜之间神秘失踪
古格王国最神秘的地方在于，拥有如此成熟、灿烂文化的王国是如何在一夜之间突然、彻底消失的。在其后的几个世纪，人类几乎不知其存在，没有人类活动去破坏它的建筑和街道，修正它的文字和宗教，篡改它的壁画和艺术风格。它甚至保留着遭到毁灭的现场，唯一不能够了解的，就是这一切是如何发生的。
在17世纪的时候，古格里面已经有了西方来的传教士，当时的古格王和古格的宗教领袖——其实是国王的弟弟矛盾比较深，为了巩固自己的势力，古格国王开始借助西方传教士的力量削弱佛教的影响。1633年，僧侣们发动叛乱，古格王的弟弟勾结了与古格同宗的拉达克王室利用拉达克的军队攻打古格都城，企图推翻古格王朝，于是一场残酷的攻坚战就在这里打响。
而建在一座山上的古格王宫是西藏防守能力最强的建筑，整个王宫只有一条隧道可以通到山上，从这里绝对没有可能攻打上去，而另外的地方全都是悬崖。战斗持续了很长时间之后，拉达克开始驱赶古格的老百姓在古格的半山腰修建一座石头楼，他们的想法是等这座建筑的和山顶一样高的时候，他们就可以最终拿下古格了。
在古格的半山腰可以看到这座石楼的遗址，并没有修完，大概有十几米高。
没有修完的原因是因为,在修的时候，古格王出了变故。据说，由于拉达克人强迫古格的老百姓日以继夜的修石楼，老百姓在下面非常凄苦地唱歌，被国王听到了.国王非常难过，于是做出了决定，一种说法是，国王最后从悬崖上跳了下去，国王一死，古格自然也就城破了；另一种说法是，为了挽救百姓，国王率古格投降了。
从历史记载上来看，似乎后一种情况更可靠。根据历史记载，古格的最后一个国王及全家都被拉达克人带回拉达克都城关进了监狱。
不管国王最后的下场怎么样，古格老百姓的结局却都很惨，古格下面的无头藏尸洞就是证明。
无头藏尸洞洞窟开凿在距地表近3米高的山沟崖壁上，洞口很小，宽0．8米，高仅l．2米。这个洞是一组三室洞窟，主室平面是不大规整的方形，面积约10平方米。后室和南侧室都很小，各有一个小洞口与主室相通，主室后壁上还挖有小龛。这两个洞室内都叠压着二三层尸体。
主洞室和两个小洞室内横七竖八地堆放着30厘米厚的散骨骼、破衣、碎布、绳子和小木棍等。骨骼非常杂乱，根本无法-一辨识每具尸体，粗略统计了残肢，估计洞内堆有30多具尸体。
洞里的尸骨没有一具是完整的，都是身首异处，奇怪的是洞内没有发现一个颅骨，只找到两件下颌骨，更奇怪的是，洞里虽然看不到一具头颅和头骨的痕迹，但却找到许多发辫和绑扎着的发束，说明尸体本来应当是带着头颅被堆进洞内的，后来这些头颅却神秘地不翼而飞。在一些腿骨、脊骨上面，附着已经干枯的人皮和人肉，这实际上是一种没有完全脱水干化的干尸。
有近10具尸骨用藏式无领粗布长袍和毛质粗呢包裹，腰部紧系毛织绳，绳两端绕长袍将尸骨曲折捆绑成团。
根据乱骨堆中夹杂大量破衣、布块和多节毛织绳以及捆绑迹象分析，堆放到此的尸体最初全都是穿着衣袍，有些还裹着大块毛织布，用绳子捆绑成屈肢状放入洞中的。
关于这个“干尸洞”内的尸体，据说是古格与拉达克争战时，古格国王不忍心眼看着自己的百姓受累，于是与拉达克人达成城下之盟：同意投降，但不得伤害百姓！当古格国王和战士们放下武器之后，背信弃义的拉达克人却将他们全部押解至干尸洞前处以极刑，抛尸于洞内，并把所有被俘的古格子民掠往拉达克，将古格残酷灭国。
这确是一个动人的故事，但根根洞内发现的年轻女性的尸体，从考古学与民俗学的角度分析，似乎这又是一种有一定仪礼的葬式。
究竟这些尸体是古格王国时期的，还是古格王国以后的？他们的身分是贵族、战士，还是一般的平民？这种集体置尸于洞内的丛葬，是当时的一种特殊的葬式，还是一种惩罚性的手段？
但是，藏尸洞里的尸体远没有十万之多，而现在又找不到古格人的后裔，那么当日十万之众的古格人如何消失得无影无踪了呢？