除了班图人的扩张外，伊斯兰教传入非洲也非常引人注目。伊斯兰教对非洲具有重要影响。7世纪，随着阿拉伯人的扩张伊斯兰教迅速在传入北非。尽管当地柏柏尔人的顽强抵抗伊斯兰教，但是最终他们接受了伊斯兰教，并跟随阿拉伯人对外扩张。柏柏尔人对伊斯兰教的传播具有重要作用，这些北非的土著居民协助阿拉伯人征服了伊比利亚，并且穿越撒哈拉沙漠，将伊斯兰教传入了非洲南部。他们之所以能频繁的穿越撒哈拉沙漠这很大程度上要感谢罗马人。当罗马人征服北非的时候，他们将骆驼从中亚引进到非洲。当罗马人征服北非的时候，他们将骆驼从中亚引进到非洲，解决了跨越撒哈拉沙漠的大问题。伊斯兰教得到了当地黑人统治者的宽容，很快在这些黑人国家传播。大约9-10世纪，伊斯兰教已经在非洲东部广泛传播。而地区间的贸易更加促进了伊斯兰教的扩展和伊斯兰教国家的出现。在撒哈拉以南，最早出现伊斯兰大国的地区是乍得湖以西、几内亚湾以北的西苏丹地区。这一地区出现了三大帝国；11世纪的加纳帝国，14世纪的马里帝国，16世纪的桑海帝国。这三个帝国都以商业为基础，他们通过控制撒哈拉商线的贸易而繁荣，贸易是他们主要的国家财政来源。阿拉伯人征服北非为撒哈拉南北之间的贸易带来了新的动力。这些财政则使得帝国的行政管理更为复杂。同时，伊斯兰教迅速的成为这些帝国人民的信仰，伊斯兰教及伊斯兰学校也为他们提供了高素质的官僚阶层，并很大程度上维系着帝国的统治。伊斯兰教在东北非和东非的传播和影响，使其进入了一个新的历史时期，即史学家认为的封建化时期。
13世纪伊斯兰教已经在西非重要的马里帝国进行广泛传播，并成为马里帝国的国教。马里本是尼日尔河支流桑卡拉尼河地区的一个小酋长国,臣属于加纳王国，到11世纪中叶逐渐强大，13世纪上半叶马里帝国兴起，成为继加纳王国之后的西非苏丹大帝国。据阿拉伯文献记载，其全盛时期南起热带雨林，北至撒哈拉大沙漠，西抵大西洋岸，东达豪萨人居住地区。马里帝国盛产黄金，并控制着西非地区广大的贸易网。伊斯兰教传入后，伊斯兰文化在马里帝国得到了极大的发展，尼日尔河上的廷巴克图不仅是经济中心，而且是著名的伊斯兰教文化中心，同时也是伊斯兰文化向非洲传播的中心。
廷巴克图这座城市很有有趣，从公元14世纪中叶起，这座城市相继成为马里帝国和桑海帝国的重要都市，并成为这两个帝国乃至伊斯兰世界重要的文化和精神中心。这里建有巨大的清真寺，来自世界各地的伊斯兰学者纷纷到这里讲学布道。廷巴克图的桑科尔大学在伊斯兰世界享有盛誉。据文献记载，16世纪中叶，廷巴克图有150多所教授古兰经的学校，极象一座大学城。而这些穆斯林学校和大学培养出的一批文人，可以组成有效的帝国官僚机构。这些人对于统治者来说是可以信任的，他们能够帮助统治者进行有效的统治。伊斯兰教极大的加强了那些苏丹国家的统治。
资料：廷巴克图
廷巴克图，又译为“丁布各都”，亦称“通布图”，位于沙漠中心一个叫做“尼日尔河之岸”的地方，距尼日尔河7公里，座落在尼日尔河河道和萨赫勒地区陆地通道的交汇处，为1087年（另一说：1100年）图阿雷格人所建。图阿雷格人是非洲著名的游牧民族，在漫长的历史岁月里，为了寻找水源，他们赶着牛羊、带着骆驼，驮着帐篷和其他生活用品，常年往返于阿鲁万纳和尼日尔河沿岸之间。据传说，当年图阿雷格人每逢旱季，他们南下来到廷巴克图所在地的一口水井旁，围着水井安营扎寨，雨季时便留下多余物品返回北方。这口水井由一名叫布克图的老妇人看守，他们每次南下都说去“廷—布克图”，意为“布克图之地”，后来建立的城镇也称之为“廷—布克图”，廷巴克图便是从“廷—布克图”演化而来的。图阿雷格人的这口水井迄今依然保留着，供游人观赏，成为这座城市的历史见证。
廷巴克图历史上是贸易和文化中心，是古代西非和北非骆驼商队的必经之地，也是伊斯兰文化向非洲传播的中心。它享有“苏丹的珍珠”、“神秘的通布图”、“荒漠中的女王”之美称，是马里历史上最悠久的一个古城。此外，它还以具有伊斯兰建筑风格的清真寺而闻名于世。
公元13世纪，随着以尼日尔河为经济中心的马里帝国的崛起，廷巴克图日渐重要。由于它与杰姆之间发展的食盐、谷粮和黄金贸易，其商业影响远远超过了它的军事作用。它不仅接纳了许多从撒哈拉沙漠边界城镇逃出来的外国商人，而且吸引了众多伊斯兰学者。所有这些人为廷巴克图的发展及其包括贡达姆等邻近地区的确立作出了贡献。廷巴克图的清真寺以及圣地在其发展的鼎盛时期伊斯兰教在非洲的传播过程中发挥了巨大的作用。
历史名城廷巴克图从公元14世纪中叶起，相继成为马里帝国和桑海帝国的重要都市，修建了防卫城墙和清真寺。此时的廷巴克图在曼丁哥帝国的统治下已成为重要的文化中心。
公元16世纪末期，摩洛哥人侵占，城市遭到破坏，开始衰落。法国殖民者于1893年占领此地后，廷巴克图更加衰落破败，而且从此一蹶不起。今天的廷巴克图，是在马里独立后得到建设和发展的，是马里最北部的一座重要城市，也是通布图区（全国八大行政区之一）首府。
廷巴克图被人们誉为“沙漠之都”。不仅如此，而且廷巴克图在中世纪是伊斯兰教学术和文化中心。现为商队贸易要站和物资集散中心。这样，人们又称它为“撒哈拉明珠”。
皈依了伊斯兰教的马里帝国曾因为富庶和强大而引起伊斯兰世界和西欧的关注。据记载，1324～1326年马里国王曼萨•穆萨曾赴麦加朝觐，朝觐队伍有8000人以上，其中奴隶数百人，每人手执一根2公斤重的金仪仗。随后是上百头骆驼组成的运输队，每头驮130公斤黄金，此外还有上千头骆驼驮运所需物品。穆萨在朝觐途中挥金如土，仅送给埃及素丹的礼物就有5.5万第纳尔，他的施舍使开罗金价下跌12％，这使得埃及金价12年后还没有恢复到当年水平。
继马里帝国之后，桑海帝国兴起。7世纪桑海人的祖先在尼日尔河中游的登迪建立小王国，都城为库吉亚。该王国因为穿越撒哈拉的贸易而兴盛，约从8世纪中叶至10世纪中叶，登迪的统治者将都城迁至商业城市加奥。桑海曾先后臣服于加纳王国和马里帝国。14世纪末桑海人获得独立。15世纪中叶，桑尼•阿里建桑海帝国，从此桑海帝国日益兴盛，并逐步取代了马里帝国，称霸西非。最盛时期桑海帝国西达大西洋岸，东抵豪萨地区，向北几达摩洛哥南部。桑海帝国地处南北交通要冲，贸易极为发达。1010年，桑海帝国国王迪亚皈依伊斯兰教，成为桑海历史上第一个穆斯林国王。它与加纳王国和马里帝国一样，依靠对撒哈拉商路的控制而繁盛，他们与穆斯林人以及非洲其他黑人贸易，用奴隶、黄金等物品与穆斯林及其他黑人王国贸易。桑海帝国广泛受到伊斯兰教影响，文化教育事业非常发达，他们拥有比加纳和马里更加复杂的行政机构。16世纪末桑海帝国被摩洛哥人所灭。
廷巴克图、杰内和加奥是桑海帝国最大和最重要的三座城市。。廷巴克图是帝国的经济重镇和文化中心，也是整个苏丹地区的圣城，在当时的伊斯兰教世界中享有盛誉。杰内在经济和宗教方面与廷巴克图有密切联系，是苏丹内地最重要的黑人聚居地，那里高耸着威严的清真寺，可称为苏丹艺术的明珠，也是南方的大市场。加奥则是政治首都，比其他城市更古老。
除三大帝国外，南部非洲还存在一些较小的受到伊斯兰严重影响的国家和城邦。据记载，在加纳、马里、桑海等大帝国的之东有11～13世纪陆续出现的豪萨城邦和巴吉尔米帝国等国家。11世纪，位于乍得湖周围地区的加涅姆—博尔努王国接受伊斯兰教，13世纪该王国进入强盛时期，14～15世纪逐渐衰落，16世纪博尔努王国重新崛起，并一直延续到1846年。