十三年，署武昌知府。吴三桂犯湖南，师方攻岳州，檄成龙造浮桥济师，甫成，山水发，桥圮，坐夺官。三桂散伪札遍湖北州县，麻城、大冶、黄冈、黄安诸盗，皆倚山结寨应三桂。妖人黄金龙匿兴宁山中，谋内乱。刘君孚者，尝为成龙役，善捕盗，亦得三桂札，与金龙等结大盗周铁爪，据曹家河以叛。朝珍以成龙旧治得民心，檄往招抚。成龙诇知君孚虽反，众未合，犹豫持两端。兼程趋贼砦，距十里许止宿，榜示自首者免罪，来者日千计，皆贷之。先遣乡约谕君孚，降者待以不死。乃策黑骡往，从者二，张盖鸣钲，迳入贼舍。呼君孚出见，叩头受抚，降其众数千，分立区保，籍其勇力者，督令进讨。金龙走纸棚河，与其渠邹君申往保山砦，成龙擒斩之。朝珍以闻，请复官，即擢黄州知府，上允之。
诸盗何士荣反永宁乡，陈鼎业反阳逻，刘启业反石陂，周铁爪、鲍世庸反泉畈，各有众数千，号东山贼，遥与湖口、宁州诸盗合，将趋黄州。时诸镇兵皆从师湖南，州中吏民裁数百，议退保麻城。成龙曰：“黄州，七郡门户，我师屯荆、岳，转运取道于此。弃此不守，荆、岳且瓦解。”誓死不去。遂集乡勇得二千人，遣黄冈知县李经政攻阳逻，得鼎业诛之。士荣率贼数犯，自牧马崖分两路来犯。成龙遣千总罗登云以千人当东路，而自当西路。令千总吴之兰攻左，武举张尚圣攻右，成龙力冲其中坚。战合，之兰中枪死，师少却；成龙策马冒矢石迳前，顾千总李茂升曰：“我死，汝归报巡抚！”茂升战甚力，尚圣自右出贼后，贼大败，生致士荣，槛送朝珍，遂进克泉畈。凡二十四日，东山贼悉平。十五年，岁馑，讹言复起。成龙修治赤壁亭榭，日与僚吏啸咏其中，民心大定。会丁继母忧，总督蔡毓荣奏请夺情视事。十六年，增设江防道，驻黄州，即以命成龙。
十七年，迁福建按察使。时郑成功迭犯泉、漳诸郡，民以通海获罪，株连数千人，狱成，当骈戮。成龙白康亲王杰书，言所连引多平民，宜省释。王素重成龙，悉从其请。遇疑狱，辄令讯鞫。判决明允，狱无淹滞。军中多掠良民子女没为奴婢，成龙集资赎归之。巡抚吴兴祚疏荐廉能第一，迁布政使。师驻福建，月征莝夫数万，累民，成龙白王罢之。
十九年，擢直隶巡抚，莅任，戒州县私加火耗馈遗上官。令既行，道府劾州县，州县即讦道府不得馈遗挟嫌，疏请严定处分，下部议行。宣化所属东西二城与怀安、蔚州二卫旧有水冲沙压地千八百顷，前政金世德请除粮，未行，为民累；成龙复疏请，从之。又以其地夏秋屡被灾，请治赈。别疏劾青县知县赵履谦贪墨，论如律。二十年，入觐，召对，上褒为“清官第一”，因问剿抚黄州土贼状，成龙对：“臣惟宣布上威德，未有他能。”问：“属吏中亦有清廉否？”成龙以知县谢锡衮，同知何如玉、罗京对。复谕劾赵履谦甚当，成龙奏：“履谦过而不改，臣不得已劾之。”上曰：“为政当知大体，小聪小察不足尚。人贵始终一节，尔其勉旃！”旋赐帑金千、亲乘良马一，制诗褒宠，并命户部遣官助成龙赈济宣化等处饥民。成龙复疏请缓真定府属五县房租，并全蠲霸州本年钱粮，均报可。是年冬，乞假丧母，优诏许之。
未几，迁江南江西总督。成龙先后疏荐直隶守道董秉忠、阜城知县王燮、南路通判陈天栋。濒行，复荐通州知州于成龙等。会江宁知府缺，命即以通州知州于成龙擢补。成龙至江南，进属吏诰诫之。革加派，剔积弊，治事尝至达旦。好微行，察知民间疾苦、属吏贤不肖。自奉简陋，日惟以粗粝蔬食自给。江南俗侈丽，相率易布衣。士大夫家为减舆从、毁丹垩，婚嫁不用音乐，豪猾率家远避。居数月，政化大行。势家惧其不利，构蜚语。明珠秉政，尤与忤。二十二年，副都御史马世济督造漕船还京，劾成龙年衰，为中军副将田万侯所欺蔽。命成龙回奏，成龙引咎乞严谴，诏留任，万侯降调。二十三年，江苏巡抚余国柱入为左都御史，安徽巡抚涂国相迁湖广总督，命成龙兼摄两巡抚事。未几，卒于官。
成龙历官未尝携家属，卒时，将军、都统及僚吏入视，惟笥中绨袍一袭、床头盐豉数器而已。民罢市聚哭，家绘像祀之。赐祭葬，谥清端。内阁学士锡住勘海疆还，上询成龙在官状，锡住奏甚清廉，但因轻信，或为属员欺罔。上曰：“于成龙督江南，或言其变更素行，及卒后，始知其始终廉洁，为百姓所称。殆因素性耿直，不肖挟仇谗害，造为此言耳。居官如成龙，能有几耶？”是年冬，上南巡至江宁，谕知府于成龙曰：“尔务效前总督于成龙正直洁清，乃为不负。”又谕大学士等曰：“朕博采舆评，咸称于成龙实天下廉吏第一。”加赠太子太保，荫一子入监，复制诗褒之。雍正中，祀贤良祠。
孙准，字子绳。自荫生授山东临清知州，有清操。举卓异，入为刑部员外郎，迁户部郎中。出为江南驿盐道，再迁浙江按察使，居成龙丧归，起四川布政使。康熙四十三年，授贵州巡抚。饬州县立义学，令土司子弟及苗民俊秀者悉入肄业，送督学考试。调江苏，岁饥，请发帑赈济上元等十五县及太仓、镇海二卫。滨江海田亩被潮汐冲击，多坍没，疏请豁免钱粮，诏允行。以布政使宜思恭为总督噶礼所劾，准坐失察，罢归。雍正三年，复职衔。寻卒。
（《清史稿?于成龙传》附记的《于准传》，有一点小小失误。于准应该是在于成龙去世后，由荫生入仕的，做到浙江按察使后，父亲于廷翼去世，辞官守制三年，再起为四川布政使，并不是为祖父于成龙“居丧”。）
三、《清史稿》的传论
在《清史稿》中，于成龙与彭鹏、陈瑸、陈鹏年、施世纶等几位同时代的清官能吏列为一传，史官在最后撰写评论说：“于成龙秉刚正之性，苦节自厉，始终不渝，所至民怀其德。彭鹏拒伪命，立身不苟，在官亦以正直称。陈瑸起自海滨，一介不取，行能践言。陈鹏年、施世纶明爱人，不畏强御。之五人者，皆自牧令起，以清节闻于时。成龙、世纶名尤盛，闾巷诵其绩，久而弗渝。康熙间吏治清明，廉吏接踵起，圣祖所以保全诸臣，其效大矣。”
在表扬于成龙等五人时，还赞美康熙皇帝能够“保全诸臣”，才造成了“吏治清明，廉吏接踵起”的良好局面。这确实是事实，于成龙等人固然是清廉能干，但官场环境毕竟险恶，有权臣贪官和他们作对，严格制度下的繁重公务也难免会出错。康熙皇帝明智而仁慈，不但提拔重用清官，还妥善保护清官，让他们能够在比较重要的岗位上长期工作，为国家为百姓做出贡献，也为自己创造美名。如果换一个昏君当政的时代，那可真是不好说了。
其实，康熙皇帝不仅仅保护清官，他也经常保护贪官。他用人最重视的是能力，要能办大事才行。有些贪官，比如余国柱，康熙皇帝就是再三宽容保护的，因为余国柱善于理财，是很能干的官员。他大力提倡清廉，反对腐败，对清官的保护是出于真诚的爱惜，对贪官的保护只是无奈的宽容而已，其中的轻重自是不同的。
四、于成龙的老上级们
于成龙为官二十余年，从知县做到总督，离不开一批有眼光的上级官员的赏识和提拔。前文作过一些介绍，这里简单交代一下这些官员的结局。