康熙十九年（1680）二月，康熙皇帝特简于成龙为直隶巡抚。六月，于成龙抵达保定上任。康熙二十年（1681）十二月，于成龙向康熙皇帝请假，回家葬母。准假后数日，即被提拔为两江总督。次年三月，离开保定，结束直隶巡抚的工作。他在直隶工作的时间，不足两年，主要的政绩是整顿吏治，推荐贤能，赈济灾民，蠲免赋税，教化百姓，移风易俗。作为一省长官，他有资格与著名的康熙皇帝直接接触，深深地享受了一番皇帝的器重、信任和宠爱，可谓皇恩浩荡。垂暮之年的于成龙，至此达到了人生功名事业的高峰。
一、直隶巡抚
清朝时代的直隶省，辖区范围包括今天的北京、天津、河北大部、河南山东的小部。在理论上讲，这些地区属于京师的直属范围，所以称为“直隶”。但事实上，它相当于一个省，省会在保定府，古称为“上谷”。在清朝初年，直隶不设总督，巡抚即是最高长官。又不设布政使和按察使，保定有“守道”管理布政使的事务，“巡道”管理按察使的事务，另外还有通永、霸昌、大名、口北、天津等“道台”分管各地事务，向巡抚汇报工作。
巡抚为从二品官员，年俸一百五十五两，主要职责是：“宣布德意，抚安齐民，修明政刑，兴革利弊，考核群吏……标下有参将、游击等官。其三年大比充监临官，武科充主试官。”另外，还兼任都察院右副都御史，掌有监察权。其实，军政大事，文武官员，全归他管。
康熙十九年（1680），直隶久旱不雨，发生饥荒。康熙皇帝于二月下诏赈济，但巡抚金世德忽然病故，直隶巡抚的位子便空缺下来。年轻的康熙皇帝久闻于成龙的大名，便“特简”于成龙为直隶巡抚，把他调到离自己最近的地方。
于成龙这年虚岁六十四，已经是桑榆暮景，实在是应该辞官退休了。他心里很清楚，自从康熙十六年调任下江防道，他的升官速度就异常的快。十七年升按察使，十八年升布政使，十九年升巡抚，确实是个官场奇迹。按清朝初年的惯例，总督、巡抚等省级地方长官，全由汉军旗人充任，科举出身的普通汉人是没有资格的。于成龙如果没有皇上的特别眷顾，单凭自己的品行、能力和政绩，哪能如此迅速地爬上本不属于汉人阶层的督抚高位？
当年六月，他长途跋涉到达保定上任后，想做的第一件事，就是到北京拜见二十七岁的康熙皇帝。他给皇帝上了一封《请陛见疏》，说：“……窃念臣屡受皇上知遇洪恩，久切觐阙之念。今既谬叨皇恩，优升巡抚，且自保定前赴京都，计程三百余里，与他省相隔迢递者不同。况直隶系畿辅重地，连岁荒旱频仍，黎庶困苦。臣系庸才，必得天语指示，庶足抚莅兹土……”
康熙皇帝的批示很简单：“于成龙简任巡抚，正资料理，不必来京陛见。”意思是：不必客气了，你就给我好好地干吧。
二、大力推行“直隶新政”
直隶省虽然靠近京师，但问题一点都不少。天灾造成了各地的饥荒，需要粜粮赈济，蠲免赋税；社会治安状况极差，盗匪横行，需要大力缉捕；国家连年征战，驿站负担过重，亏空严重，需要增加工料；旗民汉民杂居，矛盾纠纷严重，需要妥善处理；官场腐败，贿赂公行，需要大力整顿；民间风气不良，吃喝嫖赌无所不为，也需要加强教化，移风易俗。
于成龙做了一省长官，位高权重，除了遵守朝廷的大政方针和皇帝的圣旨之外，其他方面基本上无人限制，可以凭着自己的意志办事。皇帝的器重和信任，也让他底气十足。“新官上任三把火”，他到达保定接印之后，就陆陆续续下达一系列命令，推行自己的“直隶新政”。我们根据《于清端政书》中收集的文件，依次介绍。
1．饬查劣员
于成龙在下发的《饬查劣员檄》中说，直隶连年灾荒，百姓困苦不堪，“仅存皮骨”，正需要贤良的州县官“加意调剂”，也需要道台、知府等官“实力整顿”，才不至于流离失所。自己上任以后，“切切以察吏安民为念”。经过初步察访，发现各地官员并不能“洁己奉公”：有的官员在征赋时滥收“火耗”；有的官员在办差时摊派民间；有的官员用严刑峻法，“贻累地方”；有的官员听信衙蠹之言，恣意勒索百姓。“种种不法，殊可痛恨。”
他说，自己的初步察访，证据未足，还需要进一步秘密察访。命令各地的道台、知府，接到文件后，“细加体察，务将不肖贪酷官员，据实揭报，以凭飞章参处。”除上述不法情况之外，也要将昏庸衰老、废弛公务的官员查实揭报。各位道府官员必须认真调查，不许“以平日之喜怒为属员之贤否”，也不许照顾情面，“止以微员塞责”。如果道府官员阳奉阴违，拖延不办，巡抚要追究其责任。
2．严禁火耗
严禁“火耗”，是于成龙的一贯作风。所谓“火耗”，原指熔铸银锭时的损耗部分，后来成为任意增收附加税的名目。这笔钱，既可以是地方官府的“小金库”，也可以是官吏们的额外俸禄，用现在的话说就是“灰色收入”。因为明清时代地方官府经费太少，官员俸禄太低，于是想出这么一个对策，借着“火耗”略为贴补，朝廷对这种“陋规”其实也是睁一只眼闭一只眼。但征收“火耗”形成风气之后，原来的“贴补”作用演变成了发财手段，给百姓造成了沉重的负担，有违朝廷“轻徭薄赋”的大政方针。于成龙一向淡薄自甘，清廉自励，对征收“火耗”深恶痛绝。
他在《严禁火耗谕》中说：“朝廷则壤以定赋，百姓按则以输粮，原有一定之规。在州县各官，身为民牧，亦当上体朝廷德意，下念百姓困苦，按则征收，更不可意为轻重。”但很多地方官无视朝廷法令，任意增收“火耗”，有加二分的，有加三分的，还有明加一分而暗中实加三分的。于成龙说他们是“种种窃脂之行，无异窃盗，相沿成风，恬不知怪”。他要求各位官员“洗心涤虑，痛除积习”，停止征收“火耗”。既爱护自己的功名，也爱护治下的百姓，这样不但能做一名“循良”的好官，也会有“阴骘之报”。自己作为巡抚，会乐于看到这种现象，并会特疏举荐。如果各位官员不思改悔，“狃于故智，甘蹈陋规，不恤民怨，不顾鬼谴。或快意于轻裘肥马，或肆志于田宅妻妾，或近为耳目之娱，或远为子孙之贻，当民穷财尽之日，饥馑洊臻之时……敲鸠形鹄面之骨，吸卖儿鬻女之髓，以遂一身一家之欲。忍心害理，祸必不远，天道好报，决不爽期。总以为幽眇难凭，且顾目前。然国法具在，本院决不敢循纵以玩功令。”
于成龙在这篇词藻精彩的文章中，仍然打出朝廷王法和因果报应的旗号，苦口婆心，威逼利诱，想彻底改变加收“火耗”的弊端。
3．严禁馈送
官员之间馈送礼品，原是很常见的现象。平级之间，讲的是交情，你敬我一尺，我敬你一丈，投桃报李，礼尚往来。上级给下级呢，一般没有送礼之说，只算是赏赐。以前，于成龙在武昌时，总督蔡毓荣就赏赐过他一套官服，巡抚张朝珍则经常请他喝酒吃饭。而下级给上级送礼，却有很重大的意义，一是打通关节，寻求庇护，让上级多关照自己，包涵自己，提拔自己；二是上级的俸禄十分微薄，经济拮据，又不直接治理百姓，没有弄钱的渠道，只能靠下级的馈送过日子。