然后说：“值今时届农忙，乱后孑遗，方得归农乐业，大小衙门俱应停讼。”他说，民间的细小纷争，告到官府的，官府不准受理，不准拘审人犯，骚扰百姓，妨害农业。不准擅自拟定罪行、赎金，不准借官司向百姓勒索财物。关系重大的案件，上边派下来的案件，官府不得不受理的，审案人员必须心平气和，倾听百姓申诉，获取真实情况。不许官吏严刑拷打，主观办案。也不许上下其手，徇私卖法。
于成龙是从基层一步一步干上来的，熟悉衙门里的办案弊端。他对下属，既有正面的指导，也有威胁和警告。如果下属“拟议妥确，狱不兹烦”，他会以此作为官吏的考核成绩，向上级推荐；如果下属“苛酷淫刑，草菅民命，徇私卖法，巧为轻重”，他不但要重审案件，为民平反，还要依律追究“报参”相关责任人。
有读者朋友可能要问，于成龙不许受理民间细小纷争，那百姓真有细小的冤屈该怎么办？难道就没人管了吗？其实，于成龙此举是权衡利弊，对症下药，当时各级官府中的贪官污吏们借着办案，骚扰勒索百姓，中饱私囊，徇私卖法，这是大病。百姓们一打官司，自己的冤屈得不到伸张，反而要受官吏之害。于成龙下令“停讼”，其实是要束缚住贪官污吏们的手脚，让他们不能明目张胆地害民。至于那些细小的冤屈，比如谁打谁一拳，谁欠谁几两银子等等，本来就还有很多调解的办法。
四、澄清吏治有力有节
按察使的另一项重要职责，就是监察管理官吏，奖励推举清官廉吏，剔除惩办贪官污吏，澄清吏治，提高效率。但当时是特殊的战争时期，大量的公务还要依赖现有的这批官吏，不可能真正地进行清理整顿，于成龙就采取了一种“有力有节”的整顿办法。
他发布了《严戢衙蠹檄》，指出：“衙役犯赃，首严功令。本司法纪攸司，剔蠹除奸，尤为急务。”说自己上任以来，就开始留心察访衙役犯赃这一地方流弊。调查的结果是，福建全省向来是“丛奸薮恶”，地方上的恶棍全藏身于衙门之中，这些人“巨猾老奸，机深术巧”，用花言巧语和微薄小利蒙骗诱惑长官上钩，取得长官信任，然后官吏勾结，坑害百姓。愚昧善良的百姓十分畏惧这些人，而狡诈的百姓则与衙蠹们勾结，再去坑害其他良民百姓，地方上的事务就这样败坏了。
于成龙声称，自己已经察访到了很多具体的事实，他举例说：采买军需时，这些人会在其中滥加杂派；征调差役时，这些人会卖富差贫，从中取利；处理诉讼案件时，他们会唯利是图，是非颠倒。自己本应当立即指名锁拿这些衙蠹，揭发参劾这些贪官，但考虑到地方连遭战乱，法纪废弛，对犯法的官吏也没有三令五申，及时教育，所以这次姑且从宽处理，既往不咎。希望这些官吏“痛改前非，洗心易辙，奉公守法，保守身家”，如果怙恶不悛，继续作恶，那绝对不会“宽假”，官员要以“贪纵揭参”，衙役要以大法重处。
于成龙这是一种“敲山震虎”的手段，话说得很重，但处理很轻，也可以说是“先礼后兵”，重在警告。
他还发布了《申饬招格檄》，规范司法文书的格式，要求简易扼要，清晰准确，方便案件的复查和上报。
五、妥善解决按察使衙门的“衙蠹”问题
于成龙自己的“提刑按察使司”衙门，和别的衙门一样，也存在着“衙蠹”的问题。他在监察别的衙门时，自己派下去的差役也常常恐吓下级，勒索财物，为非作歹。下级各衙门因此也产生抗拒心理，不能很好地执行于成龙的命令。
于成龙发布了《申饬差扰檄》，一方面指责各级官吏玩忽职守，不能很好地完成朝廷紧急公务，自己不得已才派差役前去催办。这样做，是为了避免各级官吏因为迟误公事受到“参罚”，并不是想让差役们去骚扰地方。另一方面，他也承认按察使衙门的差役有违法犯罪行为，以前的事情查无实据，可以既往不咎。以后，若再有类似事件发生，下级官府可以“据实具文”，将犯法差役押送回按察使衙门，依法重处。如果下级官吏“投鼠忌器”，不敢对上级差役下手，也可以密信揭发，由按察使衙门另派差役捉拿追究。如果下级官吏既不敢公开查究，又不愿密信揭发，而是隐忍不报，那一定是自己有把柄捏在了差役手中。于成龙说，对这种情况，自己一旦查出，就会以“委靡无能”“揭报”该官吏。最后他说：“法在必行，务各恪遵。本司将以此觇该府之风力才干矣！”意思是，揭发上级差役的事情确实很难办，但我会借此考查你们的胆魄和能力。
于成龙是精明厉害的官员，他明白这种事件中的“狗咬狗”成分，下级官吏和自己的差役，都会存在问题，所以双方都要敲打敲打。
为了解决办事效率和“衙蠹”滋扰问题，于成龙还发明了两种新方法。第一种是“风火雷三催号票”，设计了风、火、雷三种号票，一种比一种紧急，用于催办公务。如果“雷票”发下，还不能如期完成，那就要派差役捉拿相关人员问罪。这种方法，免不了仍要派遣差役，即使是奉公守法的好差役，到了下级地方，也会有一番接待应酬，花地方上许多钱。于成龙考虑到这个问题，又设计了一种木签，在木签上注明期限，随公文发往各地，这样就不必派遣差役了。木签一到，说明事件紧急，必须按期完成。办事的“经承”，完事后拿着木签到省交令。如果“事已妥当，不烦驳诘”，该“经承”可以法外从宽，不受追究。如果“苟且塞责，仍不能完结”，要对“经承”进行“责惩”，还要派差役押回去重新办理。如果地方官府收到木签，置之不理，到期不报，就要选派差役星夜锁拿办事的“经承”，并以“违玩职名”罪揭报该地方的长官。
笔者阅读这一段记载，感觉真是复杂，麻烦。当地官场风气不正，效率不高，但又军情紧急，有大量的军需事务要办。于成龙既要考虑到如期完成公务，又要防止贪官污吏们从中作弊，还要设法为地方上减轻负担，只能够绞尽脑汁，想尽各种办法，惨淡经营。他的风火雷三票和木签制度，到底起到多大的效果，我们并不知道。我们只知道，于成龙做得很努力，很尽心，对得起自己的“天理良心”，也对得起国家和百姓。
六、集资赎买奴婢
战争时期，双方的将士们，冒着生命危险杀来杀去，难道就只为赚几个军饷？领几个赏？升几级官？肯定不是！战争是他们发横财的机会。他们不但会毁坏百姓的田园房舍，抢劫金银细软，还会奸淫妇女，掳掠人口。这是战争的潜规则，谁都没有办法彻底治理这个弊病。不让士兵抢劫，士兵们就没有打仗的积极性。