十一月十一日，孙将军、万野予、假周铁爪等人在麻城县石壁起兵，李公茂等人率残兵与孙将军联合一处，叛军的势力一时间又扩大起来。于成龙的大军驻在白水畈，因山路阻隔，无法赶到石壁。麻城知县屈振奇向分巡道徐惺请示，调来党、伊两位参将，率正规军赶到石壁平叛。
十一月十三日，官军和乡勇攻入石壁，大战一场，擒获孙将军、万野予，李公茂等人乘乱逃走，叛军基本上已被瓦解。
官军乡勇继续搜捕，过了几天，李茂升、鲁试等人先后擒获了李公茂、假周铁爪、鲍世荣、陈顿彻、鲍自性、王子之等叛乱首领。李公茂被俘后撞石自杀，伤重而死，其余首领被押送到了武昌，献给巡抚张朝珍，不久全被斩首。于成龙当时并不知道俘获的周铁爪是假的，到武昌后才被张朝珍审了出来，真周铁爪不久也被擒获斩首。
十一月十九日，搜捕小股残匪的行动仍在进行，但东山叛乱大局已定，于成龙于是下令班师。他当时驻扎在麻城县黄市村，在村口郑重立了一块纪功石碑，上边刻着：
龟山以平，龙潭以清。
既耕既织，东方永宁。
后世史家评价这场平叛战争说：“自出军至是仅二十四日，以乡民数千破砦党数万，不费公家粒粟，不烦师旅，徒手奋身、摧锋陷坚而奏肤功，近世所希也。”严格地说，这场战争动用了少量的正规军，不能说是“不烦师旅”，只是大军未动而已。另外，这场战争也不全是于成龙一个人的功劳，湖北按察使某人、分巡道徐惺、王宗臣、佟世俊等一大批文武官员和地方绅士都有战功。但毋庸置疑，于成龙是这场战争最主要的策划者、指挥者，也是最关键的人物。
他在大家束手无策时，首先提出不能放弃黄州，并且定下了以攻为守，先打何士荣，然后各个击破的战略；五千余人的精壮乡勇，是于成龙凭个人威望动员起来的；箔金寨大战，官军本已败退，是于成龙拼死杀入敌阵，成功地扭转了败局；焚毁叛贼名册，瓦解大量敌军，是于成龙的计谋；一鼓作气，乘胜追击，不给敌人喘息撤退的时间，是于成龙做的说服和动员；各处的堵截防守，主要出自于成龙事先的布置。综合这几条，我们可以确定，于成龙在此战中立了首功。
于成龙并非职业军人，他为什么能够成功组织这么一次以少胜多的大型战斗？他的制胜之道是什么？
首先，我们谈谈叛军（义军）的情况。中国历代的农民起义，都必须具备充足的外部条件，这个条件很简单，那就是天灾人祸，官逼民反。如果有严重的水旱灾荒，百姓家家断粮，贪官污吏们不但不赈济百姓，反而增加苛捐杂税，逼得老百姓实在没有活路了，这才会坚决地走上武装反抗之路。东山的叛乱显然并不具备这个条件，大部分百姓都有地可种，有饭可吃，有“老婆孩子热炕头”的天伦之乐。只是因为当地民风强悍尚武，民间隐藏了很多英雄豪杰，这批人不甘心接受清朝统治，一有机会就想起兵造反，百姓们是在他们的鼓动或者欺骗胁迫下才加入队伍的，立场并不坚定。而且，“蕲黄四十八寨”的秘密组织，派系众多，各行其是，居住地又很分散，既容易联合起事，又容易土崩瓦解，缺乏真正的凝聚力。几位叛军首领，虽然都是英雄豪杰，有一定的文韬武略和号召力，但水平无疑不算是很高的。
再说说于成龙这边。于成龙是一位大清官，在黄州为官多年，威望非常高。他多年来致力的，就是让历经明末战乱的广大老百姓能够过上耕田读书的太平生活，这是很有吸引力的。他的办事风格又十分特别，霹雳手段与慈悲心肠并存，如果要打，就打得非常狠，如果要抚，就抚得周密细致。他成功地团结了一大批地方官吏、乡绅、豪强、知识分子，通过建立保甲，训练乡勇，把黄州强悍尚武的民风化为己用，“以民治民”，让拥护太平生活的黄州百姓去打击想造反的黄州百姓。在“武装征剿”的过程中，他时时不忘“宽大招抚”，给广大参加叛乱的百姓留下一条十分宽阔可靠的“后路”，孤立极少数的叛乱首领。战争双方都注意争取民心，但相比较之下，于成龙争取到的民心更多一些。
再说说这几场战争的性质。很多近现代的文献中，都把这几场战争定义为农民起义，镇压起义的于成龙自然就成了穷凶极恶的刽子手。但笔者认为，这只是一场“反清战争”，有吴三桂“伪札”煽惑的因素，也有“蕲黄四十八寨”传统的“反清复明”因素，战争的组织者领导者，并非是纯粹的农民，而是民间的“英雄豪杰”，有秘密宗教领袖，有江湖侠客，有当地土豪，成分是十分复杂的。中国古话说：“成者王侯败者贼。”其中原没有明确的是非可言。反清复明运动如果能够最终成功，黄金龙、何士荣这些人自然都是功臣，都是英雄，于成龙就真成了罪人。但他们失败了，于成龙平息叛乱，安抚百姓，恢复太平，自然就是大功臣、大英雄。
让我们再用更高一些的历史角度来考察这几场战争。所谓“兴，百姓苦；亡，百姓苦”，清廷平定吴三桂等人的“三藩之乱”总共用了八年时间，天下百姓受了八年的战争之苦。如果吴三桂一方能够更加顺利一些，不断取胜，最终打败清朝，建立一个新王朝，重新统一天下，重新恢复民生，那八年时间是远远不够的，至少需要十年二十年，那时还将会有更多的地区卷入战火，则天下百姓的“水深火热”生活，就会更为严重和持久。我们算算这笔大账就能发现，汉族官员于成龙这时候选择效忠满族皇帝，努力平叛，恢复太平，对历史对苍生，都是有贡献的。他在纪功石碑上刻下的“既耕既织，东方永宁”的简单话语，其实包含了他复杂的思想感情和远大的人生理想。
黄州百姓对境内众多的“山寨”无疑是有感情的，那是他们反抗暴政的堡垒，也是躲避战乱的避难所。对各位“山寨领袖”，他们也是有感情的，毕竟是这块土地上的英雄豪杰啊。而对于成龙，同样很有感情，那是他们的“父母官”，是关爱百姓、保护百姓的好官。于成龙在黄市村树立的那块石碑，至今仍然保存着。当地老百姓谈起于成龙，仍然是充满好感。
历史是复杂的，感情也是复杂的。
十七、招抚多处叛军
战争还没有完全结束的时候，于成龙就已经萌生退意，向巡抚张朝珍上书请求退休。主要原因是自己年龄太大，疾病缠身，工作又过于繁重。继母李氏风烛残年，也需要儿子回家行孝。当时的某些同僚，见于成龙功名日盛，就以“不孝”为借口，在背后攻击他，使于成龙的思想负担倍加沉重。他写过一首《自叹》诗，其中有几句为：“小官缺养母，浮誉恼群贤。久欲归林卧，岂为升斗牵。”战争结束后，于成龙又多次向张朝珍和湖广总督蔡毓荣请求退休，都没有得到同意。在特殊时期，上级太需要于成龙这样的能吏了，于成龙只能硬着头皮，顶着压力，继续在官场上干下去。