于成龙一看形势有变，不能再回武昌了，立即组织防守和进攻。说实话，黄金龙、邹君升的这次起义，时机很不对，正好让于成龙检阅一下自己编制保甲、训练乡勇的实际效果，可以说是撞在了枪口上。
二十二日，于成龙带领一批生员、绅士赶到距离邹君升山寨二十里远的望花山，与刘启祯等人研究对策。各处的官员、区长、乡勇、生员、绅士等等，在于成龙的号召下，纷纷赶赴望花山，配合于成龙的行动。大家的意见十分一致，这次绝不招抚，而应该全力进剿。心怀怨愤的刘启祯，尤其主张进剿，大概上次的刺客，就是邹君升派来的。于成龙认为，黄金龙和邹君升这次仓促起兵，并没有准备好充足的军粮，支持不了几天，与其立即进剿，不如三面设围，一面设伏，将敌人困住，然后相机剿杀。
根据记载，于成龙这次的阵容十分强大。黄冈知县李经政、麻城知县屈振奇闻讯赶来，都被于成龙打发回去，办理日常公务。剿匪战斗，全部用当地的士绅和乡勇。原起义军首领之一的程振邦，这次给于成龙进献了一份地形图，使于成龙得以周密布置。具体的包围、设伏地点，参战人员，笔者不想一一介绍了，只说一句，这次战斗连庙里的和尚都参加了。于成龙的威望和动员能力，于此可见一斑。
二十五日，战斗正式打响。很快，王方远就抓获了方公孝，于成龙下令斩首。这天，于成龙还接到朝廷命令，改任黄州知府，这个好消息也令军心大振。
二十六日，投诚官李懋官杀伤了一部分叛军，向于成龙报功。
二十七日，大批乡勇赶到，参加战斗，把邹君升赶到了油河。
二十八日，各处乡勇继续战斗，杀敌无数。
二十九日，黄金龙等二十人绝粮，逃往马鞍山，中了伏击，全数被擒。另有沈润成、杨克利等二十多人被斩。当天晚上，乡勇们把黄金龙押解到望花山于成龙处，于成龙下令斩首。
这里还有一个有趣的传说，据说黄金龙会法术，在斩首时想施法逃脱。没想到于成龙也懂法术，拔剑朝黄金龙一指，怒喝一声，黄金龙的法术就失灵了，只好乖乖地授首。这个故事，可能是当地人对于成龙的神化。
八月一日，夏仲昆等人生擒邹君升于项家庙，斩首四十余级。其他乡勇四面进攻，杀敌无数，战争进入了尾声。邹君升被擒后也被斩首，首级解往武昌报功。
八月二日，于成龙下令不许再杀一人，允许剩余的起义军投诚。“逃仆”仍归主人所有，“游勇”仍回军营当兵，附逆百姓，都既往不咎。其他善后事宜，于成龙都一一周密布置，务使百姓真正安心。
这场平叛战争，前后只用了六天，而且没有动用官军，全是地方人士。捷报传到武昌，巡抚张朝珍终于长长地出了一口气，他举起捷报向官员们说：“你们都说我不该重用醉汉，现在怎么样？”
战争平息后，于成龙也没有忘了刘启祯。他用了一条比较“毒辣”的计策，自己捐出俸银，典卖衣服，凑足了一百两白银，当众重赏刘启祯。并且向人宣扬，这次能够生擒黄金龙和邹君升，全是刘启祯的秘谋妙计，全靠刘启祯的大力支持。刘启祯的亲信们，都以为他全心全意地投靠了朝廷，再也没有反清复明的理想了。于成龙另外还用了一些离间之计，在刘启祯的亲友们之间制造隔阂，搞得刘启祯众叛亲离，以后再也不可能做起义军的领袖了。几年之后，刘启祯郁郁而终。
十四、第二次东山叛乱
第一次东山叛乱被平定后，于成龙毫无喘息的机会。他于八月六日赶到武昌，向巡抚张朝珍交差，同时接受新的军需任务。八月十日离开武昌，十一日到达黄州，正式上任黄州知府。军需异常繁重，日常公文又堆积如山。年迈体衰的于成龙连夜办公，于十二日夜里大量呕血，重病一场。
这里，我们简要交代一下当时的军需事务。办理军需朝廷是拨给经费的，但预算价格等不可能完全合理，有些物资需要采买，有些则需要制造，数量、质量、期限都有严格规定。于成龙这次领回来的军需任务，有一百万捆草料，还有马槽、铡刀、饭锅等等。旧的任务没有完成，新的任务很快又布置下来，真是千头万绪，焦急万分。清朝又是官僚主义严重的时代，朝廷事事都会发命令，下级事事都要向上级汇报，各种公文像雪片一样在驿路上穿梭，稍一疏忽，稍一繁忙，官府里的未决公文就会积压如山。于成龙在这些日子里，好几次急得想寻死，呕血生病也是在所难免了。
黄金龙、邹君升的叛乱平定之后，东山的局势仍然是暗流汹涌。八月二日，于成龙就接到谍报，说罗山大盗周铁爪，潜入白水畈，聚集多人，正在密谋起事。不久，黄冈县的乡约熊世忠又报永宁乡一带，叛乱蠢蠢欲动。于成龙这时刚刚解散了乡勇，也不好再作计较，只能暂时隐忍。
到了这年十月，吴三桂大军在江西进攻湖口，散兵劫掠兴宁，已经很接近湖北，清军在黄州府下属的蕲州一带增兵戒严，准备应敌。吴三桂在进兵的同时，又发动了新一轮的政治攻势，在湖北各地散布“伪札”，鼓动汉族百姓起兵策应自己，湖北境内便又开始了新一轮的动乱。
十月中，陈鼎业纠合逃兵，抢夺驿马，在阳逻一带起兵；十月二十九日，何士荣纠合黄寅生等人，在黄冈县永宁乡起兵；同日，刘启业在石陂起兵；十一月一日，周铁爪、鲍世荣（鲍洪功）、李公茂、陈顿彻（陈恢恢）、王子之等人，在麻城白水畈起兵。另外，还有广西将军孙延龄的族人“孙将军”、万野予等人，也率部潜入，与周铁爪联合。这几支叛军（义军）各有数千人，加起来则有数万之多，对外号称十万，他们奉何士荣为盟主，计划于十一月上旬，合兵攻打黄州城，然后进攻武昌、汉阳。
读者朋友可能注意到了，这里头有好几个首领，都是曾经接受于成龙招抚，献过“安家乐业”旗的，如今时机一到，又重新举旗造反。只有刘启祯等几股力量，彻底地投靠了于成龙，没有参与这次事件。
十五、奋勇杀敌
根据史书记载，当时黄州的情况是：“高山大湖，烽火相望，城门皆昼闭，墟里寂无人。各镇援兵悉随大军进攻湖南，黄州余吏与兵民才数百人，至不能备阍柝。议者争欲弃黄州，退保麻城。”
于成龙只是一介文官，并不是久经沙场的老将军。他事先知道黄州会发生叛乱，内心也十分紧张，经常是惶惶不可终日，不知道自己治下的这些老百姓，什么时候全变成起兵造反的仇人。等到叛乱真正发生了，敌人已经呈现出眉目，官吏们商量着放弃黄州、退保麻城的时候，于成龙却不再害怕了。因为他发现，敌人虽然有数万人，但自己精心培养训练的乡勇队伍，大部分都还安静地呆在家里，并没有倒向敌人。