当所有的问题都无法调和的时候，这些有着相同诉求的低级官僚形成了一个新的团体——东林党，从这个时候起，党争开始成为帝国政治生活中的主要议题。天启皇帝虽然只有16岁，但他明显有着比他的万历爷爷高明多的政治手腕，起初他也想任用东林系的官僚，但当他发现这批官僚总是纠住一些鸡毛蒜皮的事情喋喋不休的时候，他开始产生了新的想法。从天启四年起，皇帝开始启用一些被东林党斥退的官僚，还有受到他们打压的宦官来一起对付东林党。在这场打击中，最终导致《三朝要典》的诞生。无论这些文官在万历朝如何疯狂，到了此时，他们也跟曾经的皇帝万历一样拿不出任何的办法。
东林人的恶梦没有持续很久，在高峰过后没多久，天启皇帝就死了。崇祯继位后阉党迅速倒台，东林人似乎迎来了春天。但摆在他们面前的道路依然艰难，其根本原因还是这个团体的政治诉求跟君权相抵触，崇祯皇帝对东林党的反感是从他们在会推中排斥异己官僚开始的，崇祯一朝东林党的日子仍然不好过，崇祯找到了温体仁来对付他们。
当东林人全部被斥退到山野的时候，在帝国的南方产生了大大小小几十个文学团体，他们打着文学复古的旗号来行政治诉求之实，崇祯二年大江南北大大小小的几十个社团合并为复社，从此他们干预科考、把持乡里，无论是在朝还是在野都有着比东林党更为强大的号召力与话语权，但他们依然无法打入帝国的决策层，或许对于高层来说，无论他们如何声势浩大，只是自娱自乐而已。
几乎从崇祯朝一开始，西北的民变就已经发生了，其根源仍然是持续北半球长达70年冰河期的打击，温度比常温要低两度，导致河流、湖泊蒸发量下降，空气中的水份子含量下降，降雨自然要减少，这样土地的干旱也是必然的结果。这种灾害没有办法躲过，但是要将它解释成明朝灭亡的原因也说不通，因为它只是一个诱因而已。
无论当时采取何种措施对付流寇都是无济于事，因为朝廷财政已经破产，早已经是无力平叛，而这个时候朝廷仍旧奉行僵硬的对外政策，一些意志薄弱的分子已经看到王朝将要亡了，他们早就开始了改换门庭的准备。
南明的弘光王朝党争依然在继续，甚至比前面几朝更加激烈，温体仁、钱谦益、阮大铖成了帝国的三个大活宝。弘光王朝值得我们关注的一个现象就是失去了文官系统驾驭的武将是可怕的，所谓的江北四镇包括左良玉的军队都成了不受朝廷节制的藩镇，如果他们仍旧处在朝廷的调配下，南明的御清形势也不会如此不堪一击。藩镇形成的根本原因还是朝廷拿不出钱来供养他们，只得让他们自筹自支。
明王朝跟宋朝一样，奉行儒家体制，而且是一种极端保守、压抑人性的儒家体制，先秦的那种血性、张扬的儒家文化已经被阉割的不成样子。朱元璋时代，帝国由大大小小几百万个乡村组成，朱元璋实行乡村自治的原则，禁止官吏下乡，由村中长老治理一切事物。黄仁宇在《万历十五年》中写道：“中国二千年来，以道德代替法制，至明代而极，这就是一切问题的症结。”
黄的这种观点具备不可原谅之错误，中国的历史跟欧洲不一样，欧洲的气候、河流、多山的地理决定了这是一个商业文明盛行的地方，从公元前的希腊、罗马时期这里就产生了错综复杂的商业关联和借贷纠纷，所以它需要成熟而完备的律法来调节民事和经济纠纷。而中国则不一样，中国作为一个农耕帝国，全国由那么多散居各地大大小小的乡村组成，农业人口一直占据帝国的绝大多数，当帝国管理不过来的时候只有让所有的乡村实行自制，而对于这么多大面积散居的乡村如何治理则是一个问题。用单纯的法制治理乡村已经是不现实，因为我国幅员辽阔、人口众多、每个人的步调又不一致，单纯的法律治国不仅会带来低效率，也会使官员们疲于奔命，更有可能会导致大规模抗法行为的发生。
基于这种现实考量，在秦王嬴政没有统一中国之前，我们的先知圣人就开始制定礼法来建立少数人统治多数人的原则，用道德来约束人的行为。在一定程度上用道德代替法律会使得我们这个国家更安定，会使统治者花费较少的精力来维系社会的稳定，起到了四两拨千金的作用，所以，从这个意义上来说，用道德代替法律不仅不是两千年来问题之症结，而且是我们这个国家治国的优越典范。在这方面，西方人也有相同的看法。
他们说：“中国人用道德代替神学，他们的法律不仅惩恶而且扬善，这个帝国的悠久历史使一切统治者都明白了，要使国家历久不衰，必须仰赖道德。”西方人的看法可谓一针见血，我想这就是中国为什么用儒家治国的根本原因吧。国情不同，必须选择一种有效的治理模式。
我们回过头来看明王朝，它在中国大历史中处于一种什么样的位置？当秦王统一中土后，就标志着东方汉人所制造出来的文化就处于一种死亡的状态，此后汉人国度无论如何演进，它在文化上已死。春秋战国可以看作东方汉人文明的第一世纪，汉唐可以看作第二世纪，宋明可以看作第三世纪。春秋战国是一个充满大争的血性时期，同时也是一个文化昌盛的年代；而汉唐是文明的巅峰时代，它自由、活跃、包容、开放而又显得高瞻远瞩、信心满怀；到了宋、明时期，那种理学思想使得一切都压抑起来，它开始防范一起，封闭一切。但明朝依然有着许多的亮点，它跟宋代一样结束了贵族政治，通过科举考试迎来了文官政治的时代。虽然理学依然禁锢人们的思想，但是启蒙思想却裂土而出，还有它那蓬勃发展的商品经济直接带来了资本主义生产方式的产生和无产阶级工人运动，所有这些都是不同于前朝的亮点。
如果非要指出明王朝的主要特色，那么只能说到它的文官政治和儒家文化。那么究竟什么是文官政治？文官政治是依靠大量通过科举胜出的文人来进行政务的决策与执行，它所依靠的是程序，是一种文牍主义，一种任何人都必须遵循的程式，即使是皇帝也要遵循这套程序，这种文官政治尽可能减少一切不稳定因素，它杜绝了军阀割据、杜绝了外戚专权、杜绝了女人政治和宦官政治，但是他依然有着弊端，他削弱了君主的权力导致政治结构的不平衡，它推诿、扯皮、党争，这些都是帝国面临的必然选项，对于此，君主也是无可奈何，而且它还有着阻碍一切变革的惯性，帝国的决策也变得着眼于局部而非整体。虽然这样，文官政治还是中国封建王朝最优越的政治制度，对于此，我们无疑是要充分肯定和赞誉的。