继崇祯三年乡试中的崭露头角，在崇祯四年的京城会试中，复社再一次一举夺魁，张溥、吴伟业进入翰林院。两次科举大盛使得士子们纷纷加入复社，各地的社员急剧膨胀，在这种情况下，复社的领袖张溥已经酝酿有必要重新举行一次大的集会，以对新入会的社员重新登记注册，并刊刻社稿。崇祯六年苏州的虎丘大会是复社成立以来最大的一次集会，云者数千人，大雄宝殿不能容纳，生公台、千人石都是鳞次栉比，往来如织，游人聚观，无不惊叹，家家户户都挂着“复社”的灯笼，连河中盗贼也挂着“复社”的灯笼从而逃避官府的追查。虎丘大会被誉为大明开国三百年来从未有过之盛况。
复社浩大的声势、科举中的胜出、社稿的畅销都预示着这个社团强大的生命力和无与伦比的号召力，无论中枢如何静默，到了此时已经不能对它等闲视之。中枢对于这样一个政治团体自然不会有好感，以温体仁为代表的新生派官僚开始对复社采取打压状态，而复社此时也在不知不觉中参与到周延儒与温体仁的争斗中来。
复社在崇祯四年的会试中夺魁不是偶然的，它是因为身为会试主考的内阁首辅周延儒为了拉拢士绅名流所做的倾斜，而温体仁纠住这一点发动御史弹劾。崇祯四年的周温斗法既是周温较量的开始，也是复社介入政局的开端。
从崇祯四年到崇祯六年，温体仁先后迫使复社的张溥、吴伟业离开庙堂，当温体仁担任内阁首辅后开始正式向复社开炮。体仁向复社开炮不是没有原因的，复社的社员科举录取率高也不是偶然的，大量的士子竞相投奔复社更不是毫无缘由。这一切都是因为复社操纵了科举，只有加入复社才能够获取科举成功的可能，不入复社则很难实现这个目标。
当张溥离开庙堂之后，他很快成为另外一个顾宪成，他不可避免的干涉朝廷的用人和科举，这是一种惯性，一旦启动就无法停止下来。
复社举荐人才分为三种，一种是公荐，一种是转荐，一种是独荐。公荐就是由张溥写信给朝中要员公开举荐；转荐就是让别的官僚出面推荐；独荐就是张溥给主管科考的大臣私下里写信，通过科场舞弊的方式将被推荐人列入上榜名单。
在这种情况下，帝国的考试权已经纳入张溥手中，很多主管各级科考的官员都是复社成员，在考试还没有举行的情况下，往往考生的名次就已经排出来了，而在这种过程中，入榜考生花钱也是不可避免的，若想获取生员资格120两白银必不可少，而在乡试、会试中考生所花的钱则更多。
关于这一点当时的文人周同谷在《霜猿集》中说道：
娄东月旦品时贤，社谱门生有七千。天子徒劳分座主，两闱名姓已成编。
崇祯七年的会试张溥仍旧是加紧活动，张溥找到担任会考官的文震孟、项煜，要求给陈际泰、杨廷庶排个座次，会考结束后，温体仁立刻拿着复社刊印的《国表》来跟中榜名单进行对照，《国表》上有全部复社成员的名单。据井上进测算，崇祯七年的会试，复社占中榜名单的比例高达35%，不久后，礼部侍郎文震孟被温体仁从内阁中斥退出来。
崇祯七年的确是复社发展史上的一个转折点，在这年的甲戌科考中复社的政治野心暴露无疑，从这一年起对复社的打击也接连不断。先是体仁的弟弟育仁指使宜兴吴炳作戏曲《绿牡丹传奇》来讥讽复社，并让梨园四处宣演，戏曲中尽显复社丑态。复社人也竞相还击，他们命令地方官销毁《绿牡丹传奇》的刻本，并将温育仁的家人逮捕下狱。
接着又发生苏州推官周之夔借张采的《军储说》攻击复社张溥、张采事件，周之夔是崇祯四年进士，本来也是复社成员，与二张交好，但其人比较清高，加上看不惯张溥、张采的专横霸道，于是与复社产生分裂。由于江南的商品化经济，很多地方种植了棉花，这导致大米的价格腾贵，为了减轻太仓本地百姓的负担，张采写了《军储说》，建议将太仓要运往北方的漕粮改为直接支付给本地的驻军，加上张溥也为《军储说》写了跋语，所以，周之夔以此弹劾复社“悖违祖制，紊乱漕规”。接着，张溥便指使应天巡抚将周之夔免职，周之夔去职之前刊印《复社或问》怒骂复社。
周之夔事件还没结束时，又发生陆文声弹劾复社事件。陆文声也是太仓人，任临西县知县，因为曾被张采鞭笞，陆文声便上疏弹劾复社道：“风俗之弊，皆原于士子。溥、采为主盟，倡复社，乱天下。”接到奏疏后的崇祯命江南学政倪元珙调查此事，眼看风声鹤唳，复社方面马上让陆文声的儿子陆茂贞对其父施加压力，陆茂贞说道：“复社之党占天下之半，迎其锋刃，恐对子孙不利。”与此同时，复社也对调查此事倪元珙施加压力，最终倪元珙只将此事草率了结。
若说这三件事弹劾复社还不是很激烈，那么崇祯九年托名徐怀丹的佚名檄文更是对着复社猛烈开火，这片文章列举复社十大罪状。
一曰张溥僭拟天王。张溥有何权力敢自称天王？
二曰妄称圣人之名。张溥、张采自称西南两圣人，仿孔子学派，以弟子赵自新等为四配，以吕云孚、吴伟业等称十哲，所到之处，拥弟子三千，虽口诵诗书，实多行无赖。
三曰煽聚朋党。他们在各地劝诱朋党，要求盟约。一开大会，人们不远千里来集，舟船号近万艘。推荐官僚名册满箱，用邮传递的推荐信，比军事信件还快。僧、道、优、倡只要入社，身价骤高。即使清流人望的君子，如果组党，也会给国家造成莫大的危害，如此之辈的朋党，只能使国家陷于丧乱。
四曰妨碍贤者的登用。赏罚之权，当由君主执掌。然后，还没有考试，合格的顺位就已经决定，如非张溥一党，就不会合格，考试官被无视，采否由党人决定，黜陟出于私门，恩威不出主上。
五曰召集非人。集于他们之下的有“名豪权贵之家”或“财虏雄势之子”，廉耻扫地，怀金挟刺。
六曰败坏风俗。他们群中，或士子而插盟当道，或缙绅而奴隶衣冠。成富贵则父逐其子，得名势则弟倾其兄。五伦之中，长幼、朋友、兄弟已失，只有父子和夫妇。其父子也是父不爱子，子不知父。夫妇也重离合。
七曰诽谤中伤官僚。他们党横议政治得失。政治得失，只有有言责者和职守者当议论，而党人不被采用，则以为是君主之恶，左迁党人，则是宰相之恶。总之，只有复社的社友才是好的，非党者都被排除。
八曰使士人品性堕落。复社的社友聚在一起，游博马吊之戏，谈话则专说女人和商人。
九曰窃取官位，丧失功业。由于复社专以党派的利益为优先，堂堂天朝，几无持廉颇、李牧之策者，至于持管仲、乐毅之略者，就更不用说。使得天子只能叹息，由于科举中得不到人才，天子只得把政治委托给宦官，由于文臣中得不到人才，天子不得不把军事委托给武弁。
十曰招来灾害。现在党社占据政界，覆盖朝野，主司都是社友，府县皆为朋徒。杯酒的庸才、贿赂的极恶都被登用，真正的人才在野感叹无聊。
如此十大罪状可以说将复社搅的个天翻地覆，但此时复社也正值当年，加上针对复社的主要打手温体仁正在打击钱谦益，对于复社则是力有不逮，而随后温体仁在钱谦益一案中败北，这标志着从崇祯七年开始到崇祯十年为止，反对派对复社的打压告一段落。