“上谕吏部都察院：朕自御极以来日夕冰兢，守我祖宗之法，惟恐失坠。每见科道各官屡次纷嚣，前有旨，不许擅出私揭。昨览报，又见揭帖，显是不遵。全无为国为民，肆行狂噪，嚣讼弗已，是何景象？其中是非公论难泯，自奴酋发难以来，徵兵转饷，军民涂炭已极，皆因偏见党论，致使经抚不和，故将辽左疆土尽行失陷。未见恢复奇谋，朕深痛恨。新进后辈，遽司耳目，全无秉公，专行报复，逞意妄言，淆乱国政。本当杖褫。姑从轻薄惩，已后科道各官俱要虚心尽职，共襄国事。再有结党排诬的，朕遵祖制宪章决不姑息。”
应该说皇帝对外廷的评价是相当有水平的，完全超过了其祖父万历，将万历想说而说不出来的话都说出来了。尤其是“全无为国为民”、“嚣讼弗已”、“皆因偏见党论”、“全无秉公，专行报复”、“逞意妄言，淆乱国政”这几句总结的非常到位，但皇帝对文官的处罚也是隔靴搔痒，跟他的祖父一样，通常只是罚俸了事，大小臣工仍然是喋喋不休，眼看三案翻不动，他们便将矛头对准了魏忠贤，而皇帝依托着魏忠贤也渐渐显出了他的辣手。
天启三年是朝局转向的关键一年，从这一年开始，皇帝逐渐改变东林政局的局面，开始向朝臣中任命一些非东林党人士。先是让顾秉谦代替孙慎行担任礼部尚书，接着又让顾秉谦、魏广微入内阁，而此时魏忠贤也提督东厂，很快又选用反东林党人士郭巩、阮大铖担任给事中。这些都是明确的信号，山雨欲来风满楼，东林这些官僚们感受到了吗？很快，受东林党排挤的齐、楚、浙、昆以及从东林内部分出来的赣党纷纷投靠魏忠贤，从而形成一个整合后的阉党，东林党的命运再次扑朔迷离起来。
汪文言是安徽歙县的一名库吏，因为偷盗仓库被判流放，逃至京城后，结交了王安，充当东林党和王安之间的联络人。天启四年四月，刑科给事中傅魁弹劾御史左光斗、给事中魏大中，说他二人勾结汪文言乱政。汪文言属于在东林党人中间居中联络之人，掌握着大量东林党人活动的秘密，阉党拿这样一个小人物开刀实际上是有考量的，他们是想通过汪文言在东林党身上打开一个缺口。
接到奏疏的魏忠贤下令逮捕汪文言，关进镇抚司严加审讯，试图让他乱咬人。汪文言究竟来路不正，关键时刻东林党人开始弃卒保帅，纷纷上疏撇清跟汪文言的关系。与此同时，左光斗、魏大中也上疏攻击傅魁，说傅魁公报私仇，紧接着，首辅叶向高竟也上疏替左光斗、魏大中辩护，希望能将此事淡化处理。天启接到叶向高的奏疏，也只是说了些不痛不痒的话，所有的人似乎都在等着审讯结果。
经验告诉某些人，一味的傻等绝不是最佳方案，内部的运作才是最佳选择。东林党人惴惴不安，他们知道一旦汪文言供出来了什么，那就是自己末日的到来。御史黄尊素找到了负责此事的锦衣卫同知刘侨，刘侨跟黄尊素交好，而且跟一些东林党人也有来往。魏忠贤考虑周全，到来头没想到却输在了这个岔路上，在刘侨的干涉下，锦衣卫没审出任何名堂，汪文言被无罪释放，紧接着，魏忠贤迅速撤除了刘侨职务，换上了自己人。
天启四年四月份的这场争斗，由于刘侨的作用，东林党人暂时躲过去了，但双方已经是洞若观火，东林党人似乎是骑虎难下，在这场政治斗争中没有退缩者，必须勇往无前扳倒对方才能赢得最终的胜利。
历史上的权臣大都由皇帝支持，皇帝支持他们是出于政局平衡的需要，有些事情帝王不方便去做，便让他们去做。所以，拌倒权臣并不是依靠反对者的强悍，而是要捕捉到那个点，也就是皇帝对其厌烦的那个点，从而抓住时机一击而中。
对于东林党人来说，这个时机很快来到，五月份，魏忠贤因为在皇帝面前骑马得罪了天启，天启便让他回家住几天。东林党人认为这是皇帝对魏氏厌烦的信号，他们便推动御史杨涟上疏弹劾魏忠贤。
杨涟是天启元年致仕，天启三年，皇帝又将其召回，杨涟丝毫没有吸取上次事情的教训，这次又当了别人的靶子，只是这次运气不会再这么好了。事实上，东林党对这件小事情完全是一种误判，皇帝赶魏忠贤回家绝不意味着皇帝对他厌烦，实际情况恰恰相反，皇帝对他的圣眷只是刚刚开始。
对于杨涟上疏一事，东林党内部也有不同看法，他们认为杨涟作为党内翘楚，倘若一击不中，则没有回旋的余地，还不如让小臣试探着攻击，倘若有戏，再让大臣上疏弹劾。但个性急躁的杨涟已经等不及了，六月一日，左副都御史杨涟将写好的奏疏递进了宫里去。接到奏疏的宦官顿时倒吸一口凉气，此份弹劾魏忠贤的奏疏措辞之激烈前所未有，完全是匕首见红，不给人一点余地，杨涟完全是一副要杀人的模样。
杨涟在这份奏疏中列举了魏忠贤的二十四大罪状，从魏忠贤的出身一直谈到魏忠贤平日里所为，并说魏忠贤欺负皇亲国戚，害死了皇帝宠爱的妃子，皇后流产也是他下的黑手，杨涟最后总结道，现在人们只知道有忠贤，而不知道有皇上，所以请皇上立即将魏忠贤明正典刑，并让“奉圣夫人”搬出去住。
门房的宦官看完了此疏便连忙将此疏转交给了魏忠贤，魏忠贤看完此疏大惊失色，他连忙拿着此疏找到内阁次辅韩爌，内阁首辅叶向高和次辅韩爌虽然也属于东林派系，但由于俩人位高权重，所以俩人也不敢跟底下的小臣走的太近，但魏忠贤认为老奸巨猾的叶向高不会替他说话，所以他就找到了韩爌，令他失望的是，韩爌根本就不买账。事情到了这个份上，魏忠贤只有去找皇帝解决。
魏忠贤在天启面前大哭，天启看完奏疏不禁怒从心起，他知道这份奏疏就是对着他来的，魏忠贤是他用的人，现在杨涟弹劾魏忠贤实际上就是弹劾皇帝，这点已经很明显了。朱由校知道必须要保住魏忠贤，这是关系到他权力的问题，一旦在魏忠贤这里顶不住，那么他自己的结局只能是像他的祖父万历皇帝那样。
皇帝降旨对杨涟进行了斥责，说杨涟捕风捉影、造谣中伤，无论杨涟弹劾魏忠贤的理由如何冠冕堂皇，这些都构不成皇帝丢弃魏忠贤的理由，天子处罚宦官的理由往往只有一个，那就是宦官结交外臣，很显然，魏忠贤在这个问题上并没有触犯天子的忌讳。
东林党人一击不中，便希望叶向高能出头，叶向高作为首辅自然跟他们考虑的角度不同，叶向高反对廷臣们这种激烈的方式，这种方式不仅于事无补，反而使事情更加糟糕，这就是阁臣与廷臣总也谈不拢的原因。