努尔哈赤连续八次进攻皆被打回，入夜后，叛军用板车做掩护，猛挖东北角的城墙，其他士兵继续搭梯攻城，东北角的城墙终于被挖开，女真人将同伴的尸体堆在城下，踏着尸体从东北角的缺口杀入城内，城中官民奋起巷战，张旆战死，邹储贤仍旧指挥着众人血战。
努尔哈赤派李永芳劝降邹储贤，李永芳说投降后可像他一样得到高官厚禄，邹储贤大骂李永芳。接着，邹储贤焚毁衙署，杀死妻儿，并下令杀死所有战马，最终城内的一万名军民包括邹储贤在内全部战死，无一人投降。
攻下清河堡后，努尔哈赤下令拆毁清河堡，并将方圆百里内的城堡、民房尽皆拆毁，清河堡周围百姓尽被掳走，将所有粮食、谷物尽皆带走，又放马踏毁方圆五十里内的青苗，造成清河一带数十里内人烟断绝。
经历两次战斗，努尔哈赤拔掉抚顺、清河两颗钉子，扫清了女真人出入辽东的障碍。
清河的陷落使辽东镇暴露在叛军的面前，更加速了官军与叛军的决战。
第二十二章萨尔浒战役——帝国的滑铁卢
由于万历皇帝与文官长年的斗法，此刻大明朝廷缺员严重，内阁只剩首辅方从哲一人。方从哲祖籍浙江，自然被划到浙党的范畴，此时东林党的成员在神宗的罢斥下，尽遭驱逐。抚顺事变后，万历皇帝拒绝努尔哈赤的议和请求，一力要战，那么战争的组织任务便落在了首辅方从哲、兵部尚书黄嘉善、兵科给事中赵兴邦身上。
而此时不仅辽东缺兵缺饷、战马不济，就是朝廷也拿不出钱来组织一次像样的战斗。由于地方官和士绅的一意阻挠，矿税和商业税所收的钱也十分有限，在这种情况下，只有加派辽饷解决问题，任务又加到了农民的头上。
全国田土除贵州外，万历四十六年在正赋外每亩加征银三厘五毫，万历四十七年加征银三厘五毫，万历四十八年加征二厘，前后共九厘，一共增赋五百二十万两。此时，整个大明帝国都运转起来了。
李如柏被任命为辽东总兵，蓟辽总督汪可受移驻广宁，辽东巡抚周永春移驻辽东镇，顺天巡抚和保定总兵移驻山海关，保定巡抚移驻易州，加强黄土岭、一片石的防护，对京城加强管制，严防努尔哈赤的奸细混进紫禁城，同时在辽东和关内募兵三万，往旅顺口、汪家口增派水师，联合镇江、宽甸等处兵马攻击努尔哈赤后方。杨镐为兵部左侍郎兼右佥都御史经略辽东，赐尚方宝剑，御史陈王庭巡按辽东兼监军事，新设辽东饷司于广宁，管理东征粮饷，复开辽东海运，以水路保障物资供应。传令九边严防外敌来犯，并通敕天下，有能擒斩努尔哈赤者赏银一万两，升都指挥，有擒斩其余八大总管、十二亲伯叔弟侄及有名头目者，都从厚从优升赏；被虏如李永芳等，投虏如佟养性等，若能俘献努尔哈赤，俱得免死，叶赫贝勒金台石、布扬古若能擒斩努尔哈赤，将给与建州敕书并封龙虎将军。
万历四十六年冬，宣府、蓟镇、大同、延绥、甘肃各镇、云贵土司、浙江、四川、山东各路兵马向辽东云集，朝鲜光海君派兵一万三千人，女真叶赫部派兵二千人，明军各路主客军七万二千人，一共八万七千人。
作战方案是采取四路分兵的方式。北路军由马林率领二万明军和二千名女真叶赫兵从三岔儿堡出，进攻赫图阿拉；西路军由杜松率领二万五千明军出抚顺关，进攻赫图阿拉；南路军由李如柏率领二万明军出鸦鹘关进攻赫图阿拉；东路军由刘铤率领七千明军和一万三千朝鲜军从宽甸堡出发，进攻赫图阿拉。另外，总兵官牛秉忠、辽东都司张承基驻辽东镇作为机动，李光荣率军驻广宁保后方，副总兵窦承武驻前屯监视蒙古，管屯都司王绍勋总管运输粮草辎重，本部坐镇沈阳，居中指挥。
因为中原汉人在出塞对部落民族作战的时候通常都采取分兵的方式，因为部落民族居无定所，一旦合兵一处找不到其主力，只能空手而归，另外在塞外转个十天半个月，粮草就会不济，所以，李如松时常轻骑出塞寻找敌军主力就是这个道理；另外，分兵是为了获得空间机动性，一旦合兵一处被敌军包围，则会丧失空间机动性，朝鲜战场上的蔚山之战就是如此，后来在万历二十六年的秋季攻势中，明军才兵分三路攻击日军驻点；除此之外，还有一点就是吉林省多山的地理环境也不适合于大军集结在一起行动。
此时，由于朝廷财政困难，所以粮草征调不易，加上首辅方从哲的儿子牵扯到一件案子当中，方从哲本人正遭政敌弹劾，这些都使得这场战争需要速战速决，一来解决粮草问题，二来挽救方从哲正面临的窘迫局面。所以，在这种情况下，兵科给事中赵兴邦每日发红旗促战。
万历四十七（1619年）二月，经略杨镐在辽东镇演武场发兵仪式上颁布十四条罚约：
一，各路信地，距奴贼城寨计道途远近，定出兵日期。如违日期者，明系逗留，主将以下领兵官皆斩。
二，本路虽杀贼收兵，见别路为贼所乘，不即救援者，明系观望，主将以下领兵官皆斩。
三，主将与将领、千把总及军士，或有私仇于阵中，乘机陷害者，审实处斩。
四，官军临阵退缩不前者，登时立斩。
五，马步兵前队以冲锋陷阵破敌为功，不许割级，俟贼败走之后，方许后队割级，验功之时，前后三七分赏。如贼未败，而争先割级、来抢级者皆斩。
六，临阵私逃及诈称病规免者斩。
七，营中蓄藏妇女者斩。
八，营中不加紧严防，致失火延烧火药粮草者斩。
九，杀被掳人民报功者斩。
十，滥杀投降夷人及老幼妇女充功者斩。
十一，争夺高丽及叶赫部所获首级者斩。
十二，攻克贼寨争抢财物致有失机者斩，仍罪及本路将领。
十三，俘获贼属子女及被掳汉人妇女隐匿不报者斩。
十四，督运及护粮草官违误军兴者斩。
接着，杨镐取尚方剑把抚顺之战临阵逃脱的白云龙当场枭首示众，并决定二月二十一日出师。后因天降大雪，行军困难，将出发日改为二十五日，接着，杜松说现在大雪迷路，请求延后发兵，刘铤也说对地形不熟悉，要求缓兵，杨镐勃然大怒曰：“国家养士，正为今日，若复临机推阻，有军法从事耳！”说完，把皇上钦赐的尚方剑挂于军门。
实际上，这个时间点上出兵也正恰当，因为经历了一个冬天，女真人的食物都消耗差不多了，另外，地上还有积雪，这也不利于女真骑兵的奔跑。
但事实上，此时努尔哈赤手下有常备军六万人，加上在界藩山筑城的二万手持武器的女真农夫，女真士兵已达八万人。而只有七万人的明军在数量上根本不占优势，更为重要的是，女真人的生活习惯早已形成了他们的那种强悍体质，这些士兵身穿两层甲胄，明军的鸟铳和弓箭对他们作用也不大，所以，在这个时刻，没有人知晓这样一个事实上的问题，那就是明军根本不是女真人的对手，此战，明军必败。
西路军山海关总兵杜松为了抢功，于二月二十九日夜晚持火炬出抚顺关，直向赫图阿拉杀去。三月一日清晨，明军抵达浑河，官兵强渡浑河，渡过浑河后，杜松带领大军连克两座寨子。午时刚过，杜松大军抵达萨尔浒，跟埋伏在萨尔浒处的达尔汉辖的四千兵马遭遇，此时西面吉林崖上的代善带领六千军队也向明军冲来。
杜松随即命令都司刘遇节率五千骑兵猛攻达尔汉辖的四千骑兵。一战下来，官兵斩获颇多，达尔汉辖逃走后，刘遇节随即在萨尔浒扎下大营，官兵开始一拥而上争抢女真人首级。
此时杜松亲率二万大军开始攻打吉林崖，无数的鸟铳、箭镞向崖上射去，代善指挥着军队用弓箭和石块还击。杜松让人架起佛朗机火炮对着崖上猛轰，火炮崩裂出的铅子打得女真人尸横遍野，代善带着剩下的人从崖后面逃了下去。杜松遂在崖上立营，跟崖下官军大营互为犄角，并拨掉五十辆火炮车给刘遇节。