柳成龙听李如松这么一说，也只好长叹一口气。碧蹄馆虽然是明军与日军的第一场野战，它由于李如松的冒险导致数千精锐损失，但此一役打得十几万日军龟缩在汉城内不敢出来，为接下来的收复汉城打下基础，可以说具有极强的正面意义。
明军退回开城后，李如松打听到日军的粮仓位于汉城附近的龙山，便派查大受和朝将高彦伯点燃了日军在龙山的粮仓，这样一来，汉城的十几万日军顿时陷入困境。朝鲜的战况已经传到了京师，皇帝嫌打仗费钱便有了议和的心思，石星将议和的旨意传达给了李如松。
第二次和谈的代表仍旧是沈惟敬，沈惟敬进入汉城见到了宇喜多秀家，监军石田三成等人，最后达成的条件是日军撤出汉城，保留一部分军队在釜山，明朝派使臣去日本谈判。
明朝派往日本的使臣是经略宋应昌下面的两个文官，谢用梓和徐一贯，外加游击沈惟敬，一共三人。万历二十一年（1593年）五月十五日，日本名护屋码头上锣鼓齐鸣、弦乐震天，日本的乐队奏起了中土音乐欢迎大明使臣。自朱元璋时代派遣使臣来日本，明朝已经有两百多年没有派遣使臣过来，听说有来自中土的使臣，各地的老百姓争先涌向码头一睹中土使臣的风采。明使们举着“钦命”的牌子，敲着锣鼓登上了日本国土，谢用梓、徐一贯、沈惟敬看着这热闹的场面，仿佛置身于中土，一路上都是欢迎的人群，穿着汉服的日本女人跳起了汉舞，接下来，西南部的各大名轮流宴请明国使臣，但谢用梓、徐一贯明显对这一切并不感兴趣。
五月二十三日谈判正式开始，双方围绕着日军彻底从朝鲜撤军问题扯了一通皮，随着双方的谈判陷入僵持，日军却在悄悄酝酿一起大屠杀。此时在朝日军都集结在釜山，晋州城位于釜山西面，里面有各地云集在这里的六万百姓，以及八千朝鲜军队，为了解除来自晋州方面的威胁，以及逼迫在日本的明朝使节尽快结束谈判，在朝的日军高层决定对晋州发动攻击。消息传来，明朝联军各方纷纷请战，而李如松显然对这一切并不感兴趣，此时刘铤带着他的五千川军已经来到朝鲜，刘铤对李如松破口大骂。
六月份加藤清正带着九万大军向晋州挺进，刘铤带着川军向晋州进发，半路上被日军一阵截杀，刘铤退了回去。六月二十九日，经过全城军民七日的殊死防守，晋州城破，八千朝鲜士兵和六万百姓全部殉国，消息传来，中、朝、日三国一片哗然，弹劾李如松的奏章顿时堆积如山，万历皇帝一概留中。
明日双方在日本的谈判仍旧继续在进行，日方谈判使节宗义智提了七项条款：第一，大明将一名公主嫁给天皇陛下；第二，开放贸易，允许日本商人在大明沿海城市通商、居住；第三，两国交换和平友好的誓书；第四，朝鲜南部四道划归日本，北方四道返还朝鲜；第五，大军撤退之日，朝鲜应派大臣前往日本作为人质；第六，日本送还朝鲜被俘的两位王子；第七，朝鲜向日本递交永远臣服的誓书。
可以说这七项条款根本就是天方夜谭，古代东方只奉行以中国皇帝为中心的朝贡体系，日本的天皇并不具备法理性，属于自娱自乐，明代的公主也只嫁平民，从不嫁外藩。宗义智提出的这七项条款谢用梓、徐一贯自然无法接受，最后达成的条件是日本方面派一使臣去明国，再跟明朝就细节方面进行敲定。
就这样，谢用梓、徐一贯、沈惟敬带着小西行长的门人内藤如安回到了朝鲜。在李如松的一再斥责下，丰臣秀吉于八月份撤了五万人马回国，剩下的继续驻扎在釜山，看看形势稳定了，李如松便准备回国，他让刘铤带一万人马驻扎在汉城、大邱，监视釜山的日军。
眼看形势稳定了，朝鲜的党争又开始，而且由于各地义军做大，朝鲜国王李昖担心威胁到自己的地位，便开始对义军进行裁撤，并对一些义军首领进行迫害，水军指挥李舜臣因为不听指挥，加之声望太高，也被宣宗下狱。
除了政治斗争和政治迫害外，朝鲜军队在大邱一线修筑长城，抵挡日军的攻击，四方军士也在按照骆尚志留下的《纪效新书》操练中。
万历二十二年（1594年）四月份日军只留下五千军队驻扎在釜山，其他军队都撤回国内，眼见大批日军回国，刘铤也留下二千军队驻扎大邱，自己带着剩下的军队和一千多名投降的日军回到国内。
十月份，在朝鲜呆上一年多的内藤如安终于获准前往明国谈判，因为贵州的形势已经被带上了战争的发动机，贵州巡抚派去讨伐杨应龙的三千军队全军覆没，杨应龙次子也被官府处死在狱中，为了尽快解决朝鲜问题，好腾出手应对播州问题，万历传旨内藤如安来京谈判。
内藤如安一行渡过鸭绿江，穿越辽东，跨过山海关抵达京师。第一次来到中土的内藤如安心情复杂，他努力的在这片土地上寻找着“唐”的感觉，很明显他找不到这种感觉，大唐文化只存在于日本，它早已经淹没在华夏的历史变迁之中。当他骑着马进入京城的时候，没有欢迎的人群，没有迎接的官员，他自己寻到了礼部，礼部官员将他安排在馆驿。后来在沈惟敬的安排下，他见到了兵部尚书石星。
“你们提的几点要求都是无稽之谈，若想和谈贵国必须做到以下几点：一，贵国剩下的五千兵马必须限期撤出朝鲜，且贵国军队不允许在对马岛驻扎；二，封平秀吉为日本王，不许入贡；三，贵国必须立誓，永不侵犯朝鲜。”石星说道。
石星的一番话说的内藤如安有如天旋地转，16世纪的明帝国为天下共主，石星的口气不容置疑，在沈惟敬的斡旋下，内藤如安竟然答应了。万历二十三年（1595年）正月，大明钦封临淮侯李宗诚为册封使节，杨方亨为副使，带着印信、诏书、袍服前往日本册封丰臣秀吉为日本王。
册封一事是沈惟敬、内藤如安瞒着丰臣秀吉干的，如今明使已经抵达釜山，这可急坏了内藤如安，他连忙去找沈惟敬。这临淮侯李宗诚乃是一世袭的侯爵，没有经临过大场面，沈惟敬一番恐吓，竟然将其吓回去了。万历得知后勃然大怒，将李宗诚下狱，另派杨方亨为册封正使前往日本。
万历二十四年（1596年）九月，明使杨方亨一行抵达大阪，地震后的大阪修缮一新，到处张灯结彩。九月二日，五大老：德川家康、前田利家、宇喜多秀家、毛利辉元、小早川隆景；三中老：生驹正亲、堀尾吉晴、中村一氏；五奉行：浅野长政、石田三成、前田玄以、长束正家、增田长盛以及丰臣秀吉端坐在大厅内。
杨方亨、沈惟敬进去后，杨方亨等待丰臣秀吉行跪拜礼，只见丰臣秀吉仍坐在那里，杨方亨不禁皱了皱眉头。丰臣秀吉穿上大明亲赐的亲王式样的冠服在那里秀了一圈，众人齐声夸好，但是丰臣秀吉身材瘦小，穿上这袍子有些不伦不类。
一名懂汉语的僧人拿过诏书开始念了起来，当他念道了“兹特封尔为日本国王，赐之诰命”的时候，丰臣秀吉脸色铁青，他一把将诏书扯过来撕的粉碎，怒道：“我欲为日本王便为日本王，还用尔来封？”
万历二十四年的这场册封仪式就这样不欢而散，主导议和的兵部尚书石星被神宗下狱，整个朝鲜半岛上顿时阴云密布。