六月二十二日，李如松统率的大军抵达宁夏镇，官军声威大震，李如松单独立营，似乎在这场平叛战争中要跟魏学曾划清开来，眼见李如松高傲的姿态，魏学曾不禁怒从心起。二十三日，魏学曾命李如松跟他一起攻城，李如松不理，魏学曾拿他也没办法。到了二十四号，李如松命麾下三万命士兵每人提一沙袋放在南城下，这样减少了城墙的高度，然后再命士兵搭着梯子开始攻城，这依然没有起作用，啺莸亩訂承恩指挥着叛军一通火炮打下来迅速将梯子掀翻。

二十五日夜晚，监军梅国桢让李如松的弟弟李如樟率苍头军搭梯子悄悄登南城，有人将这个消息告诉了叶梦熊，叶梦熊害怕梅国桢拔得头功，赶紧让自己手下苗兵也登城，等到苍头兵和苗兵刚登上城楼，早已埋伏在城头上的叛军一声呐喊，就这样，攀上城的苍头军和苗军又纷纷撤了下去。

二十六日，总兵董一奎、游击龚子敬率苗兵开始攻城，这些跟随叶梦熊从贵州来的苗兵的确善战，他们凭着一股狠劲很快登上城楼，与此同时，李如松带着大队人马开始猛烈攻击城门，城门被撞开后，李如松手提大刀当先冲了进去，很快城内叛军如潮水般向李如松涌来，一阵长铳射击，官军倒下不少，眼见叛军越来越多，李如松正陷入苦战，李如松的弟弟李如柏拼死护送李如松撤出城去。此时，攀城的苗兵也撤了回去，但攻城的两座云梯还摆在那里，这时候从城上缒下一人将两座云梯点燃了。

这天夜里从南城上缒下一人，此人直奔魏学曾的中军大帐，见到魏学曾后，此人自称姚钦，乃城内指挥赵承光部下，姚钦言称他们都是受啺莺退牟拷醵珪D所逼，愿意反正，相约于明夜丑时举火为号。

二十七日深夜，城外的官兵密切注视着城上的动静，到了下半夜只听见城内喊杀声四起，城楼上燃起了篝火，城门也被打开了，从城内跑出来几名士兵在拚命招手，呼唤城外官军进城。此时的魏学曾自然瞪着眼睛看着这一切，手下的军队已经准备好了，就等着他一声令下，但他在犹豫，他担心是陷阱，就在这一犹豫间，城内的叛乱已经结束了，从城内出来一拨人将这几个人抓了回去，城门随即关闭了。

二十八日凌晨，昨夜叛乱的赵承光、葛臣、姚钦、张遐龄一共五十一人被绑缚南城门楼上，行刑完毕后，又将这五十一人的首级扔了下来。这件事情结束后，魏学曾亲自上疏朝廷请罪，梅国桢也将这件事情报告了朝廷。事实上，官军就算进了城效果也不大。

二十九日官军开始在北城门外挖地道，三十日啺萦峙扇饲巴貉г笥楹停峁貉г治故潜灰睹涡苋白×恕�

眼见叶梦熊来到后，和谈已经不可能，喅卸鞅阆肱扇讼蚝犹椎淖帕ν貌亢筒肥貌壳笤Ｏ仁强肆σ媛饰迨锉龀窍蜃帕ν貌壳笤钊缢煞⑾趾蟊忝钅诤蠼艚糇犯希倬宦贩徘梗肆σ嬖谀谝还泊蛩蓝鸥觯涣硪宦肥侨倨锉鹨楸Τ龀遣桓倬啦毕虿肥貌壳笤�

接到求援的卜失兔联合庄秃赖部，尽起三万兵马杀奔宁夏镇而来，但是由于萧如熏镇守平虏，使得卜失兔的援军无法从北而下，所以只能绕道从东南方向的沙湃口杀奔而来。消息传来，魏学曾、叶梦熊赶紧制定军事应对方案，此时援军的先锋部队土昧、弭纠雷已经在攻打定边、小盐池，打正率兵一万已经越过沙湃口正向宁夏镇奔来。魏学曾命麻贵率兵五千抵挡打正，董一元率兵三千出塞扫敌巢穴，游击龚子敬率苗兵八百扼守沙湃口，堵住敌军归路。

麻贵的五千骑兵跟打正的一个万人队在石沟城连战两天，明军依托火炮与鸟铳，蒙军始终无法冲破明军的防线。第二天晌午有哨马来报打正，说明军出塞攻击我部，妇孺皆被屠戮，牲畜都被掳走，卜失兔、庄秃赖已经退去。

打正闻听此言，立刻昏厥在地，众人救醒后，打正已无心再战，遂率兵回撤，麻贵在后追赶。蒙军抵达沙湃口的时候，龚子敬的八百苗兵堵住去路，双方展开一场大血战，苗兵的确勇猛，龚子敬战死，八百苗兵以大半战死的代价拖住麻贵的到来。打正奔出沙湃口后正碰上董一元大军出塞归来，满腔怒火的打正率兵迎了上去，双方正在酣战，麻贵又引兵前来，打正又往北撤，麻贵、董一元合兵一处，追出塞外八十里。此战下来，打正一万兵马连死带俘折损大半。打正败退后，土昧、弭纠雷也撤退。就这样，啺莸牡诙吻笤惨允О芏嬷铡�

宁夏城由于处于洼地之中，西北面有金波湖、三塔湖，东南面有观音湖、新渠、红花渠，这些水源都比宁夏城要高，早在三月份啺菖崖业氖焙颍⑼⒁榈氖焙蚓陀腥颂岢鼍鏊喑恰Ｈ缃衲恼蚓霉ゲ幌拢睹涡芫徒ㄒ樗ァ�

与此同时，朝鲜的倭情已经如火如荼，神宗急需解决宁夏问题，好将大军调往朝鲜，但前方传来的消息是魏学曾剿抚不定，各部推诿忌功，皇帝于是罢免魏学曾平叛总督的职务，让叶梦熊节制一切军务，并将尚方宝剑由魏学曾改授予叶梦熊。

魏学曾既然被免职，便待罪军中。七月十七日，环宁夏镇的堤坝建成，魏学曾和叶梦熊是想将大水引入堤坝内，然后再让大水水淹宁夏城。大坝既然建好，叶梦熊便召开总督会议，布置军事进攻战略。

李如松竟然也惧怕叶梦熊，接到叶梦熊的命令，第一次参加了总督会议。

“圣上平叛心意已决，明日决水灌城，各路兵马归我统一调度，有不服从号令者，我有先斩后奏之权。”叶梦熊的一句话不仅预示着和谈的最后破裂，也令李如松交出了兵权。

第二天，官兵挖开了高处的水源，大水沿着挖好的沟渠奔向宁夏镇，大水灌至七月三十日，宁夏城外水深已达八九尺，一阵风吹来，水面竟起波浪，水已透过城墙渗了进来，城内士兵开始堵漏。

当天夜里，城内叛军从城上放下小舟，两名士兵从城头用绳子坠了下来，两人乘着小舟打算挖开外围堤坝放水，埋伏在外面的官兵发现后射死一人，又生擒一人。官兵将此人带到中军大帐见到了叶梦熊。

“城内情况如何？”叶梦熊问道。

“自从官兵淹城以来，城内军民惶恐，夜晚人都睡在房顶上，前些日子，百姓跟军士发生冲突，百姓们要求军士投降。喅卸魉党⒁丫浞⒄邪蔡俦唇囟环ⅲ瞥呛笊惫獍傩眨傩找虼硕猿峭夤俦藓抟斐！！北徊毒克怠�