这次谈话透露了很多重要的信息，为什么申时行一再强调皇帝六岁就出阁读书，而皇帝本人却一再更正自己五岁就能读书。皇帝是想强调读书的资质问题，意思是没有资质，即使年龄大也没有效果。而申时行偏偏不顺着神宗的思路往下说。

第二个值得注意的话题是皇帝两次提到郑贵妃也劝皇帝立皇长子为太子，此举完全是维护郑贵妃，平息外界的舆论压力，但皇帝强调这点完全是此地无银三百两。

第三个值得注意的话题是皇帝提到朱常洛不是嫡出，万一将来王皇后又产下男孩怎么办？那么这就透露出一个信息，皇帝不立太子究竟是因为朱常洛是庶出，还是因为别的原因。万历朝的国本之争一直拖到万历二十九年才初步确立朱常洛的太子地位，这就说明万历皇帝绝不是嫌他是庶出才不愿意立其为太子，真实的原因仍旧是郑贵妃所生的那个小皇子朱常洵。

第四个值得注意的问题，也是这次召对录最重要的问题，那就是为什么在申时行等人第一次退出去的时候，皇帝又让太监唤他们回来，说让他们瞧瞧朱常洛，难道皇帝对这位儿子有着浓浓的父子之情。真相绝不是这样，这位皇帝又在演戏，他希望通过此举在群臣面前展现一幅父子情深的场景，来让文官们相信自己绝不是不想立这位孩子为太子，从而缓和内外气氛。事实表明，这样的戏皇帝以后还会继续表演。

万历十八年正月间皇帝的这场戏是失败的，他本想在群臣面前展现父子情深的场景，谁知却给文臣们以更大的遐想空间，人们认为这位皇帝是想立皇长子为皇储的。

从二月份开始，内阁大学士们不断上疏，要么要求册立东宫，要么要求对皇长子进行出阁预教，万历这才发现自己弄巧成拙。到了四月份，内阁大臣竟然以集体辞职来威胁。

在这种情况下，神宗又打起了太极拳，他传令各部衙门、科道官员，明年开始准备东宫册典大礼，后年正式册封。

所有的人都知道皇帝又在演戏，我们这位皇帝根本没个皇帝的样子，他完全像一个家庭妇女一样，说话婆婆妈妈、罗罗嗦嗦，家长里短非常在行。既然知道皇帝又在演戏，大臣们自然不肯放过，万历十八年的国本之争骤时突兀起来。

册立东宫，礼部当然是首当其冲，礼部尚书于慎行率领全体礼部同僚上疏催促万历立即正位东宫，神宗大怒，罚于慎行和他的同僚们三个月的俸禄。

万历十八年的争论就此结束，很快到了万历十九年，整个一年没见任何动静，群臣又将准备新一轮的攻击。此次攻击不是由内阁阁臣发动，而是由低级官吏发动，最后仍然是由内阁阁臣联名上了个奏疏。内阁首辅申时行、次辅许国、四辅王家屏联名上了一道奏疏，奏疏是由许国草拟，许国将申时行的名字列在了第一个。

皇帝看完奏疏后命内侍去责问申时行为何跟小臣混在一起，申时行有口难辨，只好说他们将我名字列上去了，我根本不知道。

虽然如此解释，但谨小慎微的申时行还是内心不安，于是他给皇帝上了一道密揭，在密揭中申时行说道：“臣不知道他们联名上疏的事情，圣上既然有自己的计划，就按照自己的计划来，不要因为一些小臣而妨碍册立大典。”

神宗看完这张密揭，还随手批复了一句，但神宗却将这张密扎跟其他奏折混到了一起，这些经过批复的奏章将会转到内阁，再由内阁下发到六科，申时行写给皇帝的密揭到了科道官员手里其结果可想而知。

这份密揭最终到了礼科给事中罗大纮的手里，罗大纮将申时行的密揭捅了出去，指责申时行阳里一套、阴里一套，后来申时行府上来人将这份密揭要了回去，罗大纮再去要时，申时行竟然不给。

神宗接到罗大纮的奏疏将罗大纮流放边疆，申时行也上疏补救，皇帝的处罚和申时行的行为在帝国引起了激愤，人们纷纷将矛头对准申时行。很快，这种攻击的矛头由申时行本人转移到全体内阁大臣，这些低级文官得出的结论是内阁大臣在立储问题上集体跟皇帝合谋，背叛了全体臣僚。

这个罪名是令人可怕的，在内阁三辅王锡爵已经辞职的情况下，内阁首辅申时行和内阁次辅许国也被迫致仕，此时的内阁只剩下礼部侍郎，四辅王家屏。

在申时行和许国辞职后，皇帝将赵志皋、张位补进了内阁。万历二十年的形势更加艰难，在申时行离去后，内阁再也不敢再跟皇帝保持一致，即便在立储问题上皇帝屈服了群臣，在其他事项上也不会换取文官的合作，所以关于国本斗争的问题已经不仅仅是儒家伦法原则，而是皇权政治跟文官政治的较量问题，不管皇帝与文官本身有没有意识到这个问题，历史已经走到了这一步。

从万历二十年开始斗争更加激烈化，元月份，礼科给事中李献可上疏要求让皇长子出阁读书，皇帝将李献可的奏疏下到内阁，让王家屏开票处罚，哪知道却被王家屏原封不动的驳了回来，而且还附上了王家屏自己要求皇长子预教的奏疏。

皇帝依然不依不饶，坚决要处罚李献可，科道言官一共十几人纷纷上疏，他们都遭到罢免或杖责，在这种情况下首辅王家屏于三月份致仕。

王家屏既去，老迈的赵志皋成了首辅，神宗看他那个样子也很为难，便将王锡爵又召了回来。王锡爵回到朝堂后立即上疏要求皇帝册立东宫，皇帝却让一名内侍在深夜来到王锡爵的府上带来了皇帝的密函。

皇帝在密信中写道：“立储规则为立嫡不立庶，现在皇后还年轻，万一将来皇后又生子，到时候该如何安置？所以朕的意思是将常洛、常洵、常浩三子一并封王，等数年后皇后再无男嗣，再行册立，卿就按照朕的意思拟一票来。”

王锡爵看完这道密函后，犯起难来，这很明显是皇帝又在演戏。皇帝想通过三王并封来消除皇长子与皇幼子在身份上的差别，然后再从中捣鬼。

如果不顺从皇帝的意思，内阁的工作也不好开展，如果顺从皇帝的意思，后果也是灾难性的，在这种情况下，王锡爵采取了折中的办法。他给皇帝拟了两票，要么让皇长子认皇后为母，这样可以解决皇长子的嫡长子身份，或者将三个皇子实行三王并封，但同时对何时册立东宫定下一个时间表。

万历二十一年正月二十六日就在王锡爵刚刚回到京城不到一个月的时间，神宗突然发出三王并封的旨意，并说日后有嫡立嫡，无嫡立长。群臣等了几年，不仅没等到册立皇长子的旨意，反而等来了三王并封，顿时有了被欺骗感觉，群臣纷纷指责皇帝言而无信。